Во втором послании Собора, обращенного к чадам Русской Церкви в рассеянии и изгнании сущим, были такие слова: "И ныне пусть неусыпно пламенеет молитва наша — да укажет Господь пути спасения и строительства родной земли; да даст защиту Вере и Церкви и всей земле Русской и да осенит Он сердце народное; да вернет на всероссийский Престол Помазанника, сильного любовью народа, законного православного Царя из Дома Романовых". Против этого места из обращения возражали многие на Соборе. Архиепископ Евлогий призывал к благоразумию: "Поберегите Церковь, Патриарха. Заявление несвоевременно. Из провозглашения ничего не выйдет. А как мы отягчим положение! Патриарху и так уже тяжело!". 34 члена Собора, в том числе архиепископы Евлогий и Анастасий, епископы Вениамин (Федченков), Аполлинарий (Кошевой), Сергий (Королев), Максимилиан, 12 священников, сделали письменное заявление: "Мы, нижеподписавшиеся, заявляем, что данная большинством Отдела "Духовное возрождение России" постановка вопроса о монархии с упоминанием при том и династии носит политический характер и, как таковая, обсуждению Церковного Собрания не подлежит, почему мы в решении этого вопроса и голосовании не считали возможным принять участие". Но Собор не внял голосу оппозиции. Митрополит Антоний, возражая тридцати четырем, сказал: "Вопрос династии — не политический, а чисто церковный, ибо отвергать этот вопрос — значит отвергать существующие, никем не отмененные основные законы, соглашаться с так называемыми "завоеваниями революции", то есть одобрять низвержение Государя с царственной династией, уничтожение русского народа и вместе с тем подвергать народ русский кровопролитию и ужасам бонапартизма и самозванщины. Вопрос этот моральный, нравственный, и следовательно — чисто церковный". Впоследствии митрополит Евлогий писал: "Только злой дух мог продиктовать "Обращение".
Карловацкий Собор образовал Высшее церковное управление за границей под председательством митрополита Антония, которому Собор усвоил звание Заместителя Патриарха. Высшее Церковное Управление состояло из Архиерейского Синода и Церковного Совета. Оно претендовало на возглавление церковной жизни всего русского зарубежья.
Вскоре после окончания карловацкого Собора Патриарх Тихон направил Сербскому Патриарху Димитрию грамоту: "Сердце Наше тем более исполнено чувством радости и благодарности Вашему Блаженству, что Мы живо сознаем все то добро, какое сделано и делается Вами по отношению к русским изгнанникам — епископам, клирикам и мирянам, которые силою обстоятельств, оказавшись за пределами своей Родины, нашли себе радушие и приют в пределах Сербской Патриархии". Многими русскими клириками эти слова были восприняты как косвенное одобрение постановлений карловацкого Собора.
Между тем, 5 мая 1922 года в Москве на соединенном присутствии Священного Синода и Высшего Церковного Совета под председательством Патриарха Тихона было вынесено постановление, которое в виде Указа Патриарха было выслано митрополиту Антонию и возведенному 30 января 1922 года в сан митрополита Евлогию, временному управляющему Западноевропейскими русскими приходами: "1. Я признаю карловацкий Собор заграничного духовенства и мирян не имеющим канонического значения и послание его о восстановлении династии Романовых и обращение к Генуэзской конференции не выражающими официального голоса Русской Церкви. 2. Ввиду того, что заграничное русское церковное управление увлекается в область политических выступлений, а с другой стороны, заграничные русские приходы уже поручены попечению проживающего в Германии Высокопреосвященнейшего митрополита Евлогия, Высшее Церковное Управление упразднить. 3. Священному Синоду иметь суждение о церковной ответственности некоторых духовных лиц за границей за их политические от имени Церкви выступления".
Получив этот Указ, митрополит Антоний решил подчиниться ему, но большая часть членов Высшего Церковного Управления склонялась к тому, чтобы не исполнять воли Патриарха. 1 сентября 1922 года в Карловцах состоялось заседание Высшего Церковного Управления, на котором доклад об Указе Патриарха сделал секретарь Высшего Церковного Управления Е. И. Махароблидзе. Он высказал ряд доводов против подчинения Патриаршему Указу. Митрополит Евлогий заявил о недопустимости тона, которым ведется обсуждение Указа Святейшего Патриарха.
На следующий день в Карловцы из Константинополя прибыл архиепископ Анастасий, и 2 сентября 1922 года там состоялся Архиерейский Собор, в котором участвовали митрополиты Антоний и Евлогий, архиепископы Анастасий и Феофан, епископы Черноморский Сергий, Курский Феофан, Челябинский Гавриил, бывший Екатеринославский Гермоген, управляющий приходами в Греции Александровский Михаил, Царицинский Дамиан, Севастопольский Вениамин и Лубенский Серафим — управляющий русскими приходами в Болгарии. Собор постановил выразить сыновнее послушание Патриарху, упразднить Высшее Церковное Управление, созвать Русский Всезаграничный Церковный Собор Русской Православной Церкви, которому и были впоследствии переданы все полномочия Высшего Церковного Управления.