Епископы, не одобрившие этого шага и стремившиеся к сохранению единства с Русской Православной Церковью, — Елевферий (Богоявленский), Пантелеймон (Рожновский), Алексий (Громадский) подверглись преследованиям.
При Пилсудском Польское правительство, стремившееся к полонизации украинцев и белорусов, подвергло Православную Церковь — национальную святыню народов, исторически восходящих к древней Руси, — жестоким гонениям. В Польше было уничтожено более 200 православных храмов, разрушен кафедральный собор в Варшаве. В течение одного только месяца в 1937 году было взорвано 114 церквей. Часть православных церквей власти передали униатам, но попытки Польского правительства возродить унию в Западной Белоруссии и на Волыни не увенчались успехом. Очагом Православия в Польше в 20–30–е годы были Почаевская Лавра и Жировицкий Успенский монастырь.
Нормализация отношений между Русской Православной Церковью и Православной Церковью в Польше произошла уже после второй мировой войны на пути канонической законности и братского любовного снисхождения. Вмешательство Константинопольской Патриархии, провозгласившей при Патриархе Мелетии IV несостоятельную теорию о своей юрисдикции над всей православной диаспорой, возымело негативные последствия для устроения церковной жизни в Латвии, Эстонии и Финляндии. Патриарх Тихон даровал Финской Церкви автономный статус. Однако правительство Финляндии хотело, чтобы канонические узы Финской Православной Церкви с Московской Патриархией были разорваны: Вопреки протесту правящего архиепископа Серафима (Лукьянова) Герман (Аав) без пострига был хиротонисан в Константинополе в епископский сан. Архиепископ Серафим был удален из Финляндии, а Герман (Аав) возглавил Русскую Церковь, которая при нем перешла в юрисдикцию Константинопольского Патриархата. Этот шаг имел тяжелые последствия для Валаамского монастыря. Часть иноков выслали из монастыря, из оставшихся одни признали юрисдикцию Германа (Аава), другие — старостильники — не признали. Лишь в 1957 году было восстановлено молитвенно–каноническое общение между Русской Православной Церковью и Финской автономной Церковью.
Русская Церковь своим снисхождением покрыла канонические нарушения, которые учинены были финской иерархией.
В 1923 году под нажимом Эстонского правительства в юрисдикцию Константинопольского Патриарха перешла автономная Эстонская Церковь, которую возглавлял архиепископ Александр (Паулус), возведенный Константинопольским Патриархом в сан митрополита.
Правительство Латвии также оказывало давление на православных, ставя своей целью отторжение их от Матери–Церкви. Латвийские власти не разрешили въезд в Латвию ни митрополиту Серафиму (Чичагову), ни архиепископу Геннадию (Туберозову), которых святитель Тихон предполагал назначить на Рижскую кафедру. Лишь после провозглашения самостоятельности Латвийской Православной Церкви власти разрешили приехать в Ригу архиепископу Иоанну (Поммеру), латышу по национальности. Патриарх Тихон предоставил ему широкие полномочия в рамках церковной автономии. Архиепископ Иоанн хранил верность Московской Патриархии, хотя, во избежание конфликтов с властями, и не афишировал этой верности. В ночь с 11 по 12 октября 1934 года он был убит. После его мученической кончины Латвийская епархия вошла в юрисдикцию Константинопольского Патриархата. Правящим архиереем ее стал митрополит Августин.
Митрополит Литовский Елевферий (Богоявленский), вынужденный перебраться из своего кафедрального города Вильнюса, где он подвергся преследованиям со стороны Польских властей, в столицу независимой Литвы Каунас, до конца своих дней хранил молитвенно–каноническое единение с Московской Патриархией; с 1930 года, помимо управления Литовской епархией, он возглавил приходы в Западной Европе, оставшиеся в юрисдикции Патриархии.