Михаил (Грибановский) принадлежал к той плеяде русских богословов, которые поставили остро вопрос о необходимости освобождения русского богословия из пут западной схоластики. Он рано скончался, но продолжателями его идей были и Антоний (Храповицкий), и Сергий (Страгородский), и Иларион (Троицкий) — все те, кто в богословии очень много сделал именно для того, чтобы развенчать стереотипы схоластического сознания, прочно укоренившиеся в наших духовных школах. Например, юридическая теория сатисфакции, с которой боролись и Антоний (Храповицкий), и Сергий (Страгородский). Все они очень хорошо вспоминали об Антонии.
В Академии создавалась удивительная атмосфера. С одной стороны, поднялся ее научный уровень, с другой — епископ Антоний стремился к тому, чтобы студенты активно, уже со студенческой скамьи, приобщались к конкретному церковному служению. Он всячески поощрял участие студентов в приходской жизни, их просветительскую деятельность на приходах. В это время активизируется «Общество распространения религиозно–нравственного просвещения в духе Православной Церкви». В содружестве с ним студенты Духовной Академии начинают активно заниматься просветительской деятельностью на приходах Санкт–Петербурга.
Фигура епископа Антония была чрезвычайно заметной, и через 5 лет, в 1892 году, он получил свою первую кафедру — стал архиепископом Финляндским. В это время его представили императрице Марии Феодоровне, которая весьма покровительствовала митрополиту Антонию, как и многим другим выдающимся деятелям нашей церковной и государственной жизни. Попав в Финляндию, архиепископ Антоний оказался в очень сложном положении. Дело в том, что Великое княжество Финляндское довольно давно получило автономию от российских Государей и жило самостоятельной жизнью. Что касается православных, то нужно иметь в виду, что подавляющая часть православных финнов (карелов) находилась на территории Олонецкой губернии, а в Финляндии православных финнов было очень мало, основную часть православных там составляли русские чиновники и военные; вопрос о Православной Миссии среди финнов в Финляндии стоял остро. Финское население относились к Православию очень настороженно, рассматривая Православие, как одну из форм усиления русского влияния в Финляндии. Этого финны не хотели, и нужно было проявлять чрезвычайную деликатность, что и было свойственно архиепископу Антонию. И он с безусловной деликатностью, но весьма активно осуществлял Православную миссионерскую деятельность.
За короткий промежуток пребывания его на кафедре число приходов в Финляндии возросло с 23 до 37 (это говорит о том, насколько слабые были позиции Православия в Великом княжестве Финляндском), было создано два журнала на русском и на финском языках, начала работу комиссия по переводу богослужебных книг на финский язык. Антоний создал первый женский монастырь в Финляндии, но главным своим делом, исходя из специфики религиозной жизни финнов–лютеран, он считал церковное просвещение. Весьма успешно создавались церковно–приходские школы (70 школ на 37 приходов), начался процесс постепенного обращения финнов в Православие, процесс очень медленный, который существенно не повлиял тогда на религиозную ситуацию в Финляндии, но по существу этот процесс сделал впоследствии неизбежным возникновение существующей и ныне Финской Православной Церкви.
Исходя из специфики миссии в лютеранской стране, большое значение Антоний Вадковский уделял благотворительности. Он создал епархиальное попечительство (богадельню для православного духовенства и его семей). Но при этом он не растворился в деятельности внешней, социально–просветительской, а оставался монахом. Короткие периоды отдыха архиепископ Антоний проводил в Ильинском скиту на одном из островов Ладожского озера, где жил в простой монашеской келье, как простой монах, совершая монашеское правило.
Пребывание в Финляндии не изолировало архиепископа Антония от высшего церковного управления. В 1893 году он возглавил комиссию по диалогу со старокатоликами, которые тогда всерьез рассматривали перспективу возвращения в Православную Церковь. Эта перспектива, действительно, была чрезвычайно реальной: у старокатоликов не было евхаристического общения с протестантами, они не приняли постановлений Первого Ватиканского собора и имели православную догматику.