Второй вопрос, возникавший в связи с этим, касался того, нужно ли духовенству участвовать в деятельности политических партий? Позиция митрополита Антония (Вадковского) была в этом отношении очень определенная. Он был категорически против участия духовенства в деятельности политических партий — каких бы то ни было. Он был категорически против того, чтобы духовенство получило активное избирательное право, он признавал возможным только пассивное избирательное право. Представители духовенства могут участвовать в выборах как граждане России, но баллотироваться на выборах, выставлять свои кандидатуры они не должны иметь права. Он очень опасался, что Церковь начнут использовать различные политические силы в своих интересах, что будет предпринята попытка создать клерикальную партию. И, таким образом, если церковная иерархия будет занимать ту или иную политическую позицию, это может подорвать и без того уже не очень прочный ее авторитет в обществе.
В общем и целом нужно сказать, что позиция митрополита Антония была весьма в этом отношении последовательная и правильная. Но не все так смотрели на ситуацию. В частности, синодальные чиновники были настроены подчас иначе. И уже в 1906 году произошел конфликт, который прогремел по стране.
В 1905 году возникло несколько крайне правых монархических организаций, которые считали, что именно они выражают интересы Церкви, а значит — Церковь должна поддерживать их и всю силу своего авторитета полагать для их победы на выборах и в политической жизни страны в целом. Крупнейшая из организаций такого рода была организация «Союз Русского Народа», у которой был даже свой храм недалеко от Конюшенной площади. И в 1906 году руководитель этой партии, Дубровин, пригласил митрополита Антония освятить знамена этой организации в Михайловском манеже. Митрополит Антоний категорически отказался. В органе «Союза Русского Народа», в газете «Русское знамя», была опубликована статья с гнусной клеветой на митрополита Антония, еще несколько правых газет выступили с такими же статьями. Говорили, что он — сторонник разрушения монархии и заигрывает с либералами. Это многих возмутило, потом самому Дубровину пришлось публично приносить извинения митрополиту Антонию. Но митрополит Антоний был непреклонен. Он до конца своих дней настаивал на том, что духовенство не должно участвовать в политических партиях и даже в деятельности Государственной Думы. В 1906 году он демонстративно отказался от должности в Государственном Совете.
Вся дальнейшая деятельность митрополита Антония после 1905 года была, в основном, сконцентрирована на предсоборной работе, и, когда эта работа была искусственно прервана в 1907 году, он это очень глубоко переживал. Последние дни его жизни, а он тяжело болел несколько лет, были отмечены ощущением того, что насущнейший вопрос нашей церковной истории, вопрос о созыве Собора и восстановлении патриаршества, так и не решался.
Болезнь митрополита Антония стала усугубляться в 1910–11 годах. Последний раз он посетил Синод 16 октября 1912 года, будучи тяжело больным. Скончался же он 2 ноября 1912 года.
Его уход из церковной жизни был, конечно, очень печальным явлением, потому что личность митрополита Антония была настолько авторитетна, что во все эти годы общероссийских смут ему удавалось объединять нашу церковную иерархию, в особенности, в вопросах церковных преобразований. Он умел расшевелить пассивную массу нашего духовенства, доказать им необходимость преобразований, он умел умерять требования радикальных реформаторов, и, пока он был жив, серьезных конфликтов среди иерархии не было. Единственная сфера, в которой ему не всегда удавалось предотвратить конфликты, — это сфера политики. Тут у нас, к сожалению, началось дробление духовенства по политическим признакам, духовенство оказывалось в различных фракциях Думы и выступало не с единой церковной точки зрения, а с точки зрения своей фракции.
Хочу завершить рассказ о митрополите Антонии одним очень выразительным эпизодом. Отпевали его в Троицком Соборе Александро–Невской Лавры. Возглавлял заупокойную службу Владимир (Богоявленский), митрополит Московский, который стал его преемником на Петербургской кафедре, сослужило с ним 22 архиерея, и во второй паре архиереев на этом богослужении стояли два архиепископа: Антоний (Храповицкий) и Сергий (Страгородский). Оба они очень уважали митрополита Антония, оба были ближайшими его сподвижниками в работе Предсоборного Присутствия и, вообще, во всей предсоборной деятельности. Эти два человека, которые потом, через 15 лет, окажутся непримиримыми противниками, возглавят две основные Русские Православные церковные юрисдикции, в тот момент были рядом, и как будто с митрополитом Антонием они хоронили того иерарха, который, может быть, смог бы их примирить, доживи он до того времени. Вообще отпевание было удивительным событием: 23 архиерея, 60 архимандритов и митрофорных протоиереев, около 150 священников и иеромонахов. Почти 250 служащих священнослужителей.