Митрополит Антоний понимал, что Победоносцев отнесется к этому чрезвычайно критически и поэтому предпочел отправить свою записку как в правительство, так и непосредственно Императору Николаю II. Витте, возглавлявший комитет министров, поддержал идеи, содержавшиеся в записке. Это интересная деталь, ведь Витте, в отличие от Столыпина, не отличался особой личной религиозностью, он был индифферентен к церковной жизни, но здесь он оказывается со работником митрополита Антония, а такой верующий человек, как Победоносцев, встанет у него на пути самым решительным образом. Подача этой записки непосредственно Императору создавала очень интересный прецедент: через голову обер–прокурора, но в соответствии с буквой российских законов, первенствующий член Синода обращался к тому, кто по закону являлся главой церковной иерархии. Император принял записку благосклонно и начал изучать. Нужно помнить, что Победоносцев, который был воспитателем Николая II, по сути обладал почти монопольным правом на консультирование Императора по всем церковным вопросам.
Особое Совещание при комитете министров
В то же время, в феврале 1905 года, Витте образовал при комитете министров Особое Совещание по церковным вопросам, в которое вошли: один из самых образованных и блистательных наших иерархов того времени — епископ Сергий (Страгородский) и группа профессоров Духовной Академии. Они должны были более конкретно разработать проект возможных изменений в положении Церкви. Среди профессоров: Заозерский, Тихомиров, Павлов, Суворов. Это Особое Совещание разработало еще один документ — «О современном положении Церкви». Будучи приглашенными главой комитета, профессора чувствовали себя более свободно, чем митрополит Антоний, и многие вещи называли своими именами.
В документе Особого Совещания синодальная система прямо называется неканоничной, ставится вопрос о немедленном созыве Поместного Собора с участием приходского духовенства и мирян. Предлагается ряд мер, направленных на децентрализацию управления (речь шла о возвращении законных права епархиальным архиереям), на улучшение положения духовенства, реформу Духовных школ.
Записка привела в ярость Константина Петровича Победоносцева по ряду причин. Во–первых, это было явным вмешательством в сферу деятельности обер–прокурора; во–вторых., Победоносцев был не только против церковных преобразований, но и против государственных, и считал Витте одним из самых зловредных государственных деятелей России. В–третьих, он был возмущен, что правительство через его голову обращается к царю по церковным вопросам. 12 марта 1905 года Победоносцев поручил обер–секретарю синодальной канцелярии Рункевичу составить возражение против записки Витте. Аргументация этого возражения была очень слаба и сводилась к попытке доказать каноничность синодальной системы.
Мнение Победоносцева было следующим: синодальная система стала органичной составной частью русской церковной жизни. И хотя он не мог не видеть противоречия между синодальной системой и канонами, он исходил из следующего: Россия идет по особому пути, синодальная система — плод самобытной жизни Русской Православной Церкви.
Действительно, Государи в России и до Петра I вмешивались в церковную жизнь. Петр это вмешательство юридически оформил, но оформил, исходя из опыта протестантских государств. Последнее обстоятельство Победоносцев игнорировал, считая, что ограничение прав Императора в церковной жизни приведет к ее разрушению. Он искренне отстаивал эту точку зрения, считая, что мир идет к концу, и любые перемены могут оказаться очень вредными. Это был консерватор, который, по характеристике К. Леонтьева, «умерщвлял все живое, что появлялось вокруг него». В то же время для народа Победоносцев был тем, кто отстаивал традиционные формы церковной жизни. В каком–то смысле слова, у него был менталитет протестанта, который ценил Православие как форму культурно–исторического самовыражения Русского народа, и это делало его, сильнейшего юриста, совершенно равнодушным к аргументам иерархов, говоривших о неканоничности синодальной системы. В ответ на возражение Победоносцева в марте 1905 года появляется записка Витте, подготовленная для него профессорами Духовной Академии, в которой очень четко развенчивается аргументация Победоносцева.
Между митрополитом Антонием и Победоносцевым возникает конфликт. Победоносцев считает, что митрополит Антоний интригует против него, и настаивает на том, чтобы обсуждение церковных проблем было перенесено в Синод, а Особое Совещание — упразднено. Он надеялся, что в Синоде все архиереи выступят вместе с ним против митрополита Антония.