Когда все поняли, что регент Пруссии считает неутомимого "полицейрата" чиновником дрянным и бесполезным, для Штибера началась полоса серьезных неприятностей. При всей своей ловкости он никогда не был популярен ни в одном из лагерей, даже когда изображал общественного деятеля и оказывал бесплатные адвокатские услуги бедным и угнетенным. Он пытался выставить свою кандидатуру (конечно, как либерал) на выборах в ландтаг и с треском провалился. Теперь все враги, которых после тринадцати лет шпионской деятельности у него оказалось немало, объединили свои усилия и добились, чтобы его отдали под суд.
Штибер, припертый, наконец, к стене, не видел никакой возможности удержаться на каком-нибудь посту в государственном аппарате или в адвокатуре. И все же он недаром защищал в судах 3 000 людей сомнительной репутации: он изучил все уловки, необходимые для самооправдания. Протоколы показывают, что он справился и с выдвинутыми против него обвинениями, применив неожиданный тактический ход. На суде он утверждал, что провоцировал, шпионил и предавал, но делал это по прямому приказу бывшего короля. Не отрицая справедливости многочисленных предъявленных ему обвинений, он ссылался лишь на то, что не совершал ни одного из инкриминируемых ему деяний без ведома и санкции Фридрих-Вильгельма. Этим ходом он сбил своих противников с их позиций, ибо осуждение его было бы равносильно публичному осуждению моральных качеств жалкого представителя царствующей династии, заключенного в закрытую лечебницу. В результате этого маневра Штибер хотя и был уволен со службы, зато оправдал по суду.
Учитывая его позднейшую руководящую роль в развитии военного шпионажа, контршнионажа и техники секретной службы, интересно проследить, как он провел годы своих вынужденных каникул (1858-1863), когда регент Пруссии обрек его на жизнь частного лица. Штибер и в эти годы не сидел без дела, а приступил к реорганизации секретной полицейской службы русского царя. В свое время он безболезненно ликвидировал скандал, в котором была замешана жена русского атташе в Берлине. Об этом его умении действовать в обстоятельствах, требующих особой деликатности, вспомнили в России как раз тогда, когда он подыскивал службу за границей. Штибер не остался в Петербурге, но получил предложение разработать систему, которая дала бы возможность царским агентам выслеживать и арестовывать преступников, бежавших из России. Ему назначили жалование и выдали крупную сумму на расходы по слежке за уголовными и главным образом политическими преступниками и вообще всеми, находившимися в оппозиции к царскому правительству.
Следовательно, именно Штибер фактически создал систему зарубежной слежки, которая существовала до 1917 года как иностранный отдел российской охранки.
Но и в эти годы, находясь в немилости у себя на родине, он не прекращал шпионажа в пользу Пруссии. В течение всего времени работы по найму у русских властей он тщательно собирал сведения о России и союзных ей странах.
Все это продолжалось до тех пор, пока в один знаменательный для Штибера день его не представили Отто фон Бисмарку.
Экс-комиссара полиции представил Бисмарку газетный магнат Брасс, основатель "Норддейче Альгемайне Цейтунг"; тот рекомендовал Штибера, несмотря на его непопулярность у регента, ставшего королем. Так сошлись пути двух крупнейших конспираторов, взаимная связь которых прекратилась лишь после смерти одного из них и списания в тираж другого.
В это время Бисмарк готовил свой первый большой ход на тевтонской шахматной доске. Он решил, что разгром Австрии мог произвести нужный эффект и послужить толчком к созданию новой империи. Новая прусская армия была весьма боеспособна, находилась в состоянии полной готовности и, несомненно, превосходила австрийскую; но осторожность требовала тщательной проверки готовности Австрии к войне. Бисмарк предложил Штиберу взять на себя предварительное обследование военного потенциала Австрии, и шпион охотно принял поручение. Он заявил, что в состоянии сделать это единолично. Отправившись в Австрию под видом странствующего торговца, он обзавелся лошадью и бричкой, которую нагрузил ходовым товаром - дешевыми статуэтками святых угодников и порнографическими картинками.
Свою роль бродячего коммерсанта он играл бесподобно. Сам никому не доверял, держал себя "рубахой-парнем" и легко завоевал доверие незнакомых людей. Австрийцам его поведение ни разу не показалось подозрительным, хотя он месяцами скромно вращался среди них, собирая сведения, которые обилием содержащихся в них точнейших деталей удивили даже начальника генерального штаба прусской армии фон Мольтке.
1865 год принес Пруссии победу над Австрией. Благодаря сведениям, собранным главным шпионом Бисмарка, штаб прусской армии сумел заранее составить форменное расписание своего победоносного марша. Солдаты Пруссии и её союзников были лучше обучены, лучше снаряжены и имели более искусных командиров, чем их противники, и без особых затруднений достигли целей, намеченных этим планом. Единственное серьезное сражение при Садовой положило конец военным действиям, а заодно и влиянию Вены на политику Союза германских государств.
Во время войны с Австрией Вильгельм Штибер впервые за восемь лет играл видную роль руководителя нового отряда тайной полиции, созданной Бисмарком для обслуживания полевого штаба. Штибер несколько неожиданно втерся в главный штаб. Аристократическое штабное офицерство смотрело на эту помесь шпиона и полевого жандарма как на нечто, стоящее ниже лакея, и отказалось допустить Штибера в свою столовую. После этого Бисмарк пригласил Штибера к своему столу. Не удовлетворившись таким афронтом чванному офицерству, канцлер попросил Мольтке наградить шпиона орденом за превосходную работу в Богемии.
Главнокомандующий пожаловал Штиберу медаль, но негласно извинился перед своими коллегами за то, что наградил презираемого ими человека. Бисмарк ответил на это назначением Штибера на пост губернатора Брюнна, столицы Моравии в период прусской оккупации.
С согласия и при поддержке Бисмарка Штибер впервые заложил в Германии основы организованной системы контрразведки в Германии. По собственному почину он внес много улучшений во французскую систему, созданную первыми контрразведчиками Наполеона.
Именно Штибер ввел строгую военную цензуру всех телеграмм и писем, идущих с фронта. Это нововведение привело, прежде всего, к расширению его власти. Оно ничего не давало для победы в войне, исход которой не вызывал сомнений. Австрийская армия была воспитана в духе обороны; личные наблюдения убедили Штибера, что по сравнению с новой прусской винтовкой вооружение австрийцев устарело. Эта пассивность и отсталость австрийцев подсказали Штиберу следующий ход - организованную военную пропаганду.
Штибер убедил Бисмарка, что дух прусской армии и гражданского населения можно здорово поднять, если в ежедневных сводках регулярно сообщать о тяжелых потерях врага, о панике, царящей в его рядах, о болезнях, недостатке боеприпасов, раздорах в руководстве. С этой целью он добился у Бисмарка разрешения организовать Центральное информационное бюро. Под такой, как он сам выразился, "скромной вывеской" Штибер начал наводнять Европу первыми образчиками тенденциозной военной информации.
При публичном праздновании победы над Австрией заслуги мастера шпионажа не были забыты. Он снова снискал расположение в Потсдаме и был произведен в тайные советники. Король Вильгельм, вскоре ставший императором, ещё недавно гнушавшийся Штибером и с недоверием относившийся ко всей его деятельности, стал называть его своим "плохо понятым и недостаточно оцененным подданным" и тайным агентом, заслуживающим не только обычной денежной мзды, но и общественного почета и военных отличий.
В период между 1866 и 1868 годами Бисмарк и Штибер вынашивали планы войны против Франции. Наполеону III не терпелось ввязаться в войну с Пруссией, и канцлер Бисмарк с холодным спокойствием предоставил ему возможность шагнуть в ловушку. Наполеон был весьма легковерен во внешней политике; положившись на многочисленные, но случайные шпионские донесения, он считал, что Австрия разобьет прусскую армию Мольтке. И когда Пруссия продиктовала Австрии позорный мир, французский император решил либо атаковать победителя, либо вырвать у него часть захваченной добычи.