Уже в исторических документах древних цивилизаций — Индии, Египта, Месопотамии — имеются сведения о системах и способах составления шифрованного письма.
В древнеиндийских рукописях приводится более 60 способов письма. Среди них есть и такие, которые можно рассматривать как криптографические, то есть обеспечивающие секретность переписки. Так, встречается описание системы замены гласных букв согласными, и наоборот. В этих рукописях упоминается о тайнописи как об одном из 64 искусств, которым должны овладеть и женщины.
Один из самых старых шифрованных текстов Месопотамии представляет собой табличку, написанную клинописью и содержащую рецепт изготовления глазури для гончарных изделий. Автор этой клинописи, стремясь скрыть содержание написанного, использовал редко употребляемые знаки, игнорировал некоторые гласные и согласные, вместо имен употребил цифры.
Использовалась тайнопись и в рукописных памятниках Древнего Египта. Здесь шифровались религиозные тексты и медицинские рецепты.
Сохранились достоверные сведения о системах шифров, применявшихся в Древней Греции. Известно, что в Спарте в V—IV веках до н. э. существовала тайнопись. Образованные греки того времени применяли шифровальный прибор «Сцитала». Он представлял собой два цилиндра одинакового диаметра. Каждая из переписывающихся сторон имела у себя один из цилиндров. Шифрование осуществлялось следующим образом: на цилиндр наматывали узкую полоску пергамента; текст, подлежащий зашифрованию, выписывали на ленту вдоль цилиндра, затем ленту сматывали и отправляли корреспонденту. Он, обернув лентой свой цилиндр, читал сообщение. Это был первый шифр, осуществляющий перестановку букв в тексте, где буквы шифруемого (открытого) текста переставлялись и отстояли друг от друга на длину окружности цилиндра. Сохранение в тайне диаметра цилиндров обеспечивало секретность переписки. Вместо специальных цилиндров применялись жезлы, рукоятки мечей, кинжалов, копий и др. Известен также и метод дешифрования данного шифра, приписываемый Аристотелю. Предлагалось сделать длинный конус и, обернув его у основания полоской перехваченного пергамента, сдвигать пергамент к вершине конуса. Там, где диаметр конуса совпадал с диаметром «Сциталы», буквы на пергаменте сочетались в слоги и слова.
Другим шифровальным прибором времен Спарты был прибор, называемый «табличка Энея». На небольшой табличке горизонтально располагался алфавит, а по ее боковым сторонам имелись выемки для наматывания шнура. Для зашифрования текста шнур закрепляли у одной из сторон таблички и наматывали на нее. При этом на шнуре делали отметки в местах, которые находились напротив букв алфавита, соответствующих буквам шифруемого текста. По алфавиту можно было идти только в одну сторону, то есть делать по одной отметке на каждом витке. После зашифрования шнур сматывали и отсылали корреспонденту. Этот шифр есть шифр замены букв открытого текста знаками, которые передавали расстояния на шнуре между отметками. Размер таблички, а также порядок расположения букв на ней обеспечивали секретность.
В Древней Греции криптография широко использовалась в разных областях деятельности. Так, Плутарх сообщает, что жрецы хранили в форме тайнописи свои прорицания. Однако наиболее широкое применение криптография получила в государственной сфере. Во все времена криптография была одним из основных орудий в межгосударственной борьбе, надежным средством сокрытия политических, дипломатических, экономических и иных секретов государства, с одной стороны, и средством проникновения в секреты государства–противника — с другой.
Эней в своем сочинении «Об обороне укрепленных мест» предложил использовать для шифрования военной переписки книжный шифр, в котором буквам открытого текста соответствуют буквы, находящиеся на определенных местах в являющемся ключом книжном тексте. Эта система шифра установила рекорд долголетия: она применялась даже в середине XX века, в период Второй мировой войны.
Полибий предложил систему шифра, вошедшего в историю как «квадрат Полибия», и представлявшего собой замену каждой буквы парой чисел — координатами буквы в квадрате, где написан весь алфавит. О криптографии упоминается и в «Илиаде» Гомера.
Криптография сыграла значительную роль в укреплении могущества Римской империи. В частности, особая роль в обеспечении государственной тайны принадлежит новому способу шифрования, изобретенному Юлием Цезарем и изложенному им в «Записках о галльской войне» (I в. до н. э.). «Шифр Цезаря» представляет собой замену букв в соответствии с подстановкой, нижняя строка которой — алфавит открытого текста, сдвинутый на три буквы влево.