Организация первых дешифровальных органов в Европе относится к середине XVI столетия, когда разведка и контрразведка в большинстве стран начинают оформляться в специальные службы, бюро, отделы.
Оливер Кромвель, основатель разведывательной службы в Англии (1530 г.), утверждал, что «управлять — значит предвидеть», а предвидеть можно только тогда, когда глава государства своевременно и хорошо информирован. Исходя из этих посылок, в Англии была создана разведывательная служба «Интеллидженс сервис», в которой на правах отделения — так называемого «черного кабинета» — была сформирована специальная дешифровальная служба.
В бытность на английском престоле дочери Генриха XVIII королевы Елизаветы (1558—1603) английская разведка и особенно дешифровальная служба сыграли огромную роль в разоблачении заговора претендовавшей на английский престол Марии Шотландской и ее приверженцев. В то время начальником «Интеллидженс сервис» был Фрэнсис Волсингхэм, а его правой рукой — начальник «черного кабинета» Кристофор Марло. Заговорщики вели переписку с помощью шифра пропорциональной замены, усложненного «пустышками». Кристофору Марло и работавшим с ним дешифровальщикам удалось прочесть перехваченные письма и представить их как обвинительные документы.
В начале XVII века аналогичное разведывательное бюро было создано во Франции. Его организатором стал кардинал де Ришелье, о котором справедливо заметили: он сделал слишком много хорошего, чтобы говорить о нем плохо, и слишком много плохого, чтобы говорить о нем хорошо.
В 1626 году Ришелье создал французское дешифровальное отделение при следующих обстоятельствах. Принц Конде, командовавший армией Людовика XIII, осаждал город Реанмольд, где засели гугеноты. Королевская армия была деморализована бесплодными попытками овладеть крепостью. Принц хотел уже снять осаду, когда случайно у одного из пленных было найдено письмо, написанное на условном языке. Это была длинная и неумело сочиненная поэма. Ни одному из офицеров не удалось понять ее тайный смысл. Тогда был приглашен писец Антуан Россиньоль. После нескольких часов исследования ему удалось прочитать поэму. Оказалось, что это шифрованное письмо, в котором осажденные уведомляли своих сообщников о том, что остались без боеприпасов. Вернув осажденным шифрованное письмо, Конде добился капитуляции города Реанмольда.
Кардинал Ришелье осыпал Антуана Россиньоля почестями и назначил начальником «счетной части» — дешифровального отделения. Россиньоль до глубокой старости занимал этот пост. Его работа сводилась в основном к дешифрованию, которое он производил столь блестяще, что во Франции до сих пор способ, при помощи которого открывается ключ шифра, называется «россиньоль».
Этому великому криптографу принадлежит доктрина, согласно которой стойкость военно–полевого шифра должна быть такой, чтобы обеспечить секретность шифрдонесения до получения его армейским подразделением и выполнения приказа. Дипломатический же шифр должен быть таким, чтобы раскрытие его заняло несколько десятков, а может быть, и сотен лет, так как в дипломатии зашифрованный документ часто должен оставаться секретным еще очень продолжительное время после его зашифрования.
Антуан Россиньоль знал, конечно, шифры системы де ла Порты, Виженера, Жерома Кардано и др. Когда ему поручили составить шифр для дипломатической переписки, Россиньоль изобрел такой шифр, который не был дешифрован на протяжении двух столетий и получил название «великого шифра».
В Германии начальником первого дешифровального отделения — «криптографической лаборатории» был граф Гронсфельд, создавший один из вариантов усовершенствования «шифра Виженера». Вместо буквенного лозунга Гронсфельд взял цифровой, состоявший из нескольких цифр, порядок которых было легко запомнить. Вместо большого квадрата использовался только один алфавит с правильным расположением букв. При шифровании знаки открытого текста выписывались под буквами алфавита, цифровой лозунг воспроизводился в памяти и не выписывался. Буква шифруемого текста заменялась буквой алфавита, отстоявшей от нее вправо на количество букв, равное соответствующей цифре лозунга.