На пороге Нового времени в этом регионе произошли две принципиальных трансформации, каждая из которых по-своему укрепила его органическую целостность, и обе придали культурно-историческому развитию более или менее единый характер. Первая связана с возникновением Габсбургской монархии: значительная часть Центральной Европы (ее восточный регион как целое) стала составляющей одного и того же государственного образования. Совместное проживание многих центральноевропейских народов с народами Балканского полуострова (Хорватия, часть Сербии) и восточной Европы (Галиция, Волынь) на протяжении четырех веков существования Габсбургской монархии не только создавало предпосылки для политического и культурного развития в одном направлении, но и придавало входящим в этот государственный конгломерат землям несомненные признаки региона, расположенного на стыке двух европейских миров. Специфичность местоположения восточной части Центральной Европы особенно ощутимо проявилась накануне Нового времени. Восточной части Центральной Европы с начала XVI в. до начала XVIII в. угрожала опасность турецкой экспансии, которая затронула самые основы территории и цивилизации Центральной Европы. Турецкая угроза способствовала интеграционным стремлениям и тенденциям Центральной Европы, которая как целое в меньшей (Польша, Чехия) или большей степени (Венгрия и в ее рамках Словакия) действительно испытала ее на себе. Центральная Европа (в данном случае прежде всего Словакия) в этом процессе вновь сыграла свою традиционную роль межкультурного пространства, на котором не только совершались междоусобные военные действия и битвы, но где приходили в соприкосновение два мира — Словакия выступала в этой роли особенно интенсивно по сравнению с остальными частями центральноевропейского региона. Но благодаря тому, что на ее территорию временно переместились все важнейшие венгерские институты, она одновременно сохранила преемственность политического и культурного развития. Двоякая роль Словакии в данную эпоху и в данном процессе является типично центральноевропейским феноменом как с геополитической точки зрения (соприкосновение двух миров), так и с культурно-исторической (сохранение собственной идентичности). Подобные задачи решали и Венгрия, и Австрия, север Балкан (Хорватия) и Польша. (Характерно, что Вену в 1683 г. вызволил из турецкой осады польский король Ян Собеский).
Турецкая опасность на время как бы сузила рамки Центральной Европы, вычтя из нее восточную часть. Последующий важный процесс, Реформация, реинтегрировал восточную часть Центральной Европы вместе со Словакией в более широкий геополитический регион. Центральная Европа как более или менее гомогенное целое решала проблему Реформации в сущности снова единообразно и по-своему. Ведь в остальных частях Европы судьбы Реформации складывались весьма драматично и, почти как правило, решались однозначно: Реформация или полностью побеждала, или была подавлена. В Центральной Европе, напротив, после длительного периода борьбы установился определенный модус вивенди, который сделал возможным сосуществование двух вероисповеданий — католического и протестантского, продолжающееся до наших дней и ставшее характерной особенностью центральноевропейской религиозной жизни. Принцип культурного и религиозного сосуществования, восходящий к древней центральноевропейской традиции, победил и на этот раз.
Между прочим, примером этой терпимости может служить история анабаптистов (перекрещенцев), радикальной секты Реформации с социальной подкладкой: вынужденные уйти из немецких областей, а впоследствии и из Моравии, они нашли прибежище в юго-западной Словакии. Здесь они были снова обращены в католичество только в конце XVII— начале XVTH вв. Тем самым небольшая область Центральной Европы, пусть и на короткое время, доказала возможность совместимости нескольких конфессий.
На востоке Европы опыт религиозного сосуществования проявился и в еще одном конфликте. Православное население в польско-литовском государстве согласилось пойти на унию (объединение) с Римом в 1596 г. в Брест-Литовске, а православные на территории Габсбургской монархии сделали это на сейме 1649 г. в Ужгороде. Суть унии заключалась в том, что бывшие православные признавали папу главой церкви, и за это им было разрешено по-прежнему совершать богослужение по восточному обряду на церковнославянском языке. Разделение церкви на православную (ортодоксную, традиционную) и греко-католическую (униатскую, новую) привело к созданию новой церковно-административной и правовой базы в польских и габсбургских — восточных — областях, отличавшейся в принципе взаимным уважением обеих церквей и обрядов.