Убийство 14 февраля 1901 года министра народного просвещения Н. П. Боголепова, знаменовавшее собой начало нового этапа террористической борьбы в России — выход на политическую сцену «Боевой организации партии социалистов-революционеров», о чем еще не подозревала имперская полиция, — показало неэффективность предпринимавшихся охранно-розыскных мер.
Дополнительный удар как по самодержавию, так и по Департаменту полиции нанесла революция 1905 года. Как впоследствии вспоминал товарищ министра внутренних дел С. П. Белецкий, «события 1905 года — результат непринятия своевременно решительных мер, что в свое время было результатом неосведомленности розыскных органов вследствие неудовлетворительной постановки политического розыска, почему все подготовительные работы революционеров происходили незамеченными или были учтены недостаточно серьезно местными розыскными органами».
События, последовавшие в России за Кровавым воскресеньем 9 января 1905 года, не только наглядно продемонстрировали слабость охранно-полицейских органов империи и провал их предыдущей стратегии «умиротворения» общественных движений, но и повлекли за собой перестройку всей работы в связи с появлением царского Манифеста об усовершенствовании государственного порядка от 17 октября.
При этом первостепенное внимание было уделено борьбе с посягательствами на общественную безопасность, связанными как с террористическими действиями, так и с попытками инспирировать вооруженное противодействие властям.
В циркуляре Департамента полиции отмечалось: «Противоправительственное движение, органами борьбы с которым являются, главным образом, жандармские управления и охранные отделения, получило за последнее время весьма широкое развитие, выразившееся в образовании целого ряда самостоятельных революционных партий и организаций, действующих каждая по собственной программе и системе.
Ближайшее знакомство с характером, целями и способами действий тайных организаций, несомненно, должно составлять первейшую обязанность офицеров Отдельного корпуса жандармов, призванных к непосредственной борьбе с ними, так как только полная в этом отношении осведомленность может дать розыскным органам правительства правильный взгляд на дело и содействовать выработке целесообразных приемов борьбы, которые в противном случае будут сводиться к временному, чисто случайному изъятию из преступной среды отдельных ее представителей».
Но в том же циркуляре подчеркивалось, что многие представители розыска на местах «не проявляют надлежащего интереса к теоретическому ознакомлению с программами и тактикой отдельных революционных организаций, не имеют посему ясного представления о характере противоправительственного движения во вверенных им районах».
По результатам проверки за неспособность к руководству розыскными органами были уволены четырнадцать начальников губернских жандармских управлений, а еще четыре были перемещены.
Предвидя возрастание революционной активности в стране, Департамент полиции предпринимает ряд мер по изысканию наиболее эффективных методов и противодействия этому.
Исходя из опыта борьбы с революционным движением, Особый отдел разрабатывает новые организационные подходы к борьбе с оппозиционерами. Так, с 1 января 1906 года вводится линейный принцип организации работы данной структуры.
На 1-е отделение возлагается общее руководство деятельностью всех политико-розыскных органов в империи.
2-е отделение специализируется на оперативно-розыскной работе по Партии социалистов-революционеров (эсеров) и связанных с нею союзов и групп, включая анархистов и террористические организации.
3-е отделение специализируется на борьбе с деятельностью РСДРП и других социал-демократических организаций.
4-е отделение ведет наблюдение за профсоюзами и несоциалистическими партиями.
Об определенной успешности работы Департамента полиции по проникновению в политические партии свидетельствует тот факт, что отчет на ста листах об итогах V съезда РСДРП, закончившего работу в Лондоне 19 мая 1907 года, был представлен Заграничной агентурой в Особый отдел уже 26 мая. Вот что входило в этот документ: исчерпывающее описание каждого дня работы съезда; подробное содержание выступлений и характеристика каждого из ораторов; резолюции (как принятые, так и отклоненные); список избранных членов ЦК (включая резервные кандидатуры на случай кооптации) — всего 163 фамилии.