Пункт 12 гласил: «Органы государственной безопасности во всей своей деятельности должны строго соблюдать социалистическую законность. Они обязаны использовать все предоставленные им законом права, чтобы ни один враг Советского государства не уклонился от заслуженной кары и чтобы ни один гражданин не подвергся необоснованному привлечению к ответственности. Должны сурово пресекаться нарушения социалистической законности и произвол как действия, посягающие на социалистический правопорядок и права советских граждан.
Органы государственной безопасности обязаны непосредственно и через соответствующие организации принимать меры предупредительного характера в отношении тех советских граждан, которые допускают политически неправильные поступки в силу своей недостаточной политической зрелости.
Надзор за следствием в органах госбезопасности осуществляется генеральным прокурором СССР и подчиненными ему прокурорами в соответствии с Положением о прокурорском надзоре в СССР».
Руководители и партийные организации органов и войск КГБ обязывались воспитывать сотрудников «в духе партийной принципиальности, беззаветной преданности Коммунистической партии и социалистической Родине, в духе бдительности, честного отношения к делу и строжайшего соблюдения социалистической законности. Партийные организации проводят партийно-политическую и организационную работу и обеспечивают развитие деловой критики и самокритики. Партийные организации и каждый коммунист имеют право, руководствуясь Уставом КПСС, сигнализировать о недостатках в работе органов государственной безопасности в соответствующие партийные органы».
Заканчивался текст «Положения» следующими словами: «Работники государственной безопасности, облеченные высоким доверием Коммунистической партии и советского народа, должны с честью выполнять возложенную на них почетную задачу по обеспечению государственной безопасности социалистической Родины».
Как отмечали известные исследователи истории органов госбезопасности СССР А. И. Кокурин и Н. В. Петров, выполняя указания Хрущёва, Шелепин провел в КГБ серию кардинальных преобразований, направленных на упрощение его структуры и сокращение численности сотрудников. Если при Серове у председателя КГБ было шестеро заместителей, то летом 1959 года, в русле начатой перестройки, Шелепин сократил их число до трех, произведя попутно и кадровые замены.
Первым заместителем председателя КГБ остался опытный чекист П. И. Ивашутин, двумя другими стали председатель КГБ Белоруссии А. И. Перепелицын и заместитель заведующего Административным отделом ЦК КПСС В. С. Тикунов, ранее не имевший отношения к работе в правоохранительных органах. (Впоследствии, в июле 1961 года, Тикунов был назначен министром внутренних дел РСФСР.) Перепелицын также был недостаточно опытным профессионалом, начавшим свою чекистскую карьеру в апреле 1954 года сразу с должности заместителя председателя КГБ при Совете министров Белорусской ССР.
Таким образом, основное повседневное руководство деятельностью оперативных подразделений КГБ объективно ложилось на Ивашутина.
Столь кардинальная замена руководства в ведомстве, вступившем в очередную полосу длительного реформирования, при замене опытных профессионалов недостаточно компетентными «варягами», вряд ли может считаться оптимальным решением. Уже в апреле 1959 года председатель КГБ Шелепин вновь предложил сократить штат оперативных работников в центре и на местах еще на 3200 единиц, а штат рабочих и служащих — на 8500 человек.
Неудивительно, что подобная затянувшаяся кампания чисток и сокращений не лучшим образом сказывалась как на результатах оперативно-следственной работы органов КГБ, так и на морально-психологическом климате в чекистских коллективах, порождая у сотрудников чувство недооценки важности и нужности общественно-политической значимости их работы по обеспечению безопасности государства и его граждан.
В соответствии с Постановлением Президиума ЦК КПСС и Совета министров СССР от 17 июня 1959 года, продолжилось изменение структуры центрального аппарата КГБ. Конкретно это выразилось в следующем.
Двадцать третьего июня 1959 года был упразднен Тюремный отдел, а функции руководства следственными изоляторами в центре и на местах были переданы в учетно-архивные подразделения КГБ.