Двенадцатого июля 1951 года был арестован В. С. Абакумов, бывший министром государственной безопасности СССР с марта 1946 года (его преемником, занимавший этот пост вплоть до ликвидации МГБ в марте 1953 года, стал С. Д. Игнатьев).
Аресту, казалось бы, всесильного министра предшествовало решение Политбюро ЦК ВКП(б) от 11 июля 1951 года «О неблагополучном положении в МГБ»:
Абакумову инкриминировались «обман партии», затягивание следственных дел, злоупотребления властью. Позднее к этим обвинениям присоединилось также и «участие в сионистском заговоре в МГБ». За арестом министра последовали аресты ряда руководителей подразделений министерства.
Как информировал в ноябре 1952 года Сталина заместитель министра госбезопасности С. А. Гоглидзе, с 1 июля 1951 по 1 июля 1952 года были освобождены «как не справлявшиеся с работой» 1583 сотрудника МГБ и уволены «за нарушение дисциплины, советской законности, злоупотребление служебным положением и морально-бытовое разложение» еще свыше 3000, в том числе 500 сотрудников центрального аппарата министерства.
В той же докладной записке «О положении дел в МГБ» отмечалось, что «требуемого улучшения работы органов государственной безопасности не произошло», и подчеркивалось, что необходима «коренная перестройка агентурно-оперативной работы».
На заседании Президиума ЦК КПСС 1 декабря 1952 года помимо вопроса «О положении дел в МГБ СССР» рассматривался также и другой, тесно с ним связанный, — «О вредительстве в лечебном деле» (тогда как раз началось следствие по так называемому делу врачей).
В разосланном в партийные органы совершенно секретном Постановлении ЦК КПСС от 4 декабря 1952 года «О положении дел в МГБ СССР» подчеркивалось: «Считать важнейшей и неотложной задачей партии, руководящих партийных органов, партийных организаций осуществление контроля за работой органов Министерства государственной безопасности. Необходимо решительно покончить с бесконтрольностью в деятельности органов МГБ и поставить их работу в Центре и на местах под систематический и постоянный контроль партии, ее руководящих партийных органов, партийных организаций». В этом документе также говорилось, что «первые секретари обкомов, крайкомов партии и ЦК компартий союзных республик обязаны интересоваться агентурной работой органов МГБ», а Бюро Президиума ЦК поручалось «провести мероприятия по обеспечению постоянного контроля со стороны ЦК КПСС за работой Министерства государственной безопасности СССР и по значительному укреплению его центрального аппарата».
Следствием рассматривавшегося на том же заседании Президиума ЦК вопроса «О вредительстве в лечебном деле» стало появившееся в «Правде» 13 января 1953 года сообщение об аресте группы «врачей-вредителей». Там рассказывалось о сотрудниках Лечебно-санитарного управления Кремля, которые якобы умышленно убивали своих высокопоставленных пациентов, назначая им неправильное лечение. Это дело, начавшееся еще в конце 1951 года, стало впоследствии символом использования незаконных методов ведения следствия и фальсификации уголовных дел.
Одиннадцатого марта 1953 года Берия направил председателю Совета министров СССР Г. М. Маленкову и Первому секретарю ЦК КПСС Н. С. Хрущёву доклад, в котором дал удручающую характеристику того, что происходило в последние годы в МГБ: «Значительная часть чекистских кадров, имеющих опыт — разгромлена… Необходимо будет рассмотреть материал на арестованных чекистов и в зависимости от результатов принять решение об использовании их на работе в МГБ».
Была образована следственная группа для пересмотра ряда особо важных дел: дела врачей, дела арестованных сотрудников МГБ и так называемого Мингрельского дела (начатого в ноябре 1951 года органами госбезопасности Грузинской СССР в отношении руководящих работников, выходцев из Мингрелии, по обвинению в национализме и ориентации на Турцию).
Проходит меньше месяца, и уже 3 апреля Берия докладывает Президиуму ЦК КПСС о результатах проведенной проверки. На основе его доклада было принято решение о полной реабилитации и освобождении обвиняемых и членов их семей (всего тридцать семь человек). Президиум ЦК КПСС принял специальное постановление (оно было опубликовано в печати 4 апреля) о реабилитации и освобождении всех арестованных по так называемому делу врачей-отравителей. Несколько позже последовали и другие освобождения из-под ареста и снятие обвинений.
Были возвращены на работу в МВД ССР некоторые чекисты, уволенные или арестованные при В. С. Абакумове и С. Д. Игнатьеве, что, впрочем, пагубно сказалось на судьбе многих из них после «разоблачения банды Берии» в июле того же года.