Берия заверял Президиум ЦК в том, что в МВД «проводятся меры, исключающие возможность повторения впредь подобных извращений в работе». Позднее Президиум ЦК постановил, что «ввиду допущенных серьезных ошибок в руководстве бывшим МГБ» невозможно оставить на посту секретаря ЦК С. Д. Игнатьева.
Пункт IX Постановления Президиума ЦК КПСС от 10 апреля 1953 года гласил: «Одобрить проводимые товарищем Берия Л. П. мероприятия по вскрытию преступных действий, совершавшихся на протяжении ряда лет бывшим МГБ СССР, выражавшихся в фабрикации и фальсификации дел на честных людей, а также мероприятия по исправлению последствий нарушения советских законов, имея в виду, что эти меры направлены на укрепление Советского государства и социалистической законности».
Мы привели эти факты для того, чтобы еще раз подчеркнуть: пересмотр следственных дел бывшего НКГБ — МГБ начался задолго до XX съезда КПСС.
Как видно из упомянутых фактов и документов, положение в органах госбезопасности продолжало оставаться по-прежнему сложным и напряженным.
Однако уже 26 июня 1953 года на заседании Президиума ЦК КПСС Берия был арестован по обвинению в руководстве заговором с целью захвата власти (одновременно арестовали также ряд его заместителей по МВД). Правда, официально о снятии Берии со всех постов и его аресте было сообщено только на пленуме ЦК 2 июля 1953 года. После этого министром внутренних дел был назначен Сергей Никифорович Круглов.
Политическое решение о выделении структур органов госбезопасности из МВД в самостоятельное ведомство было принято Президиумом ЦК КПСС 8 февраля 1954 года, на основании докладной записки министра внутренних дел СССР Круглова. В ней подчеркивалось, что МВД «не в состоянии обеспечить должного уровня агентурно-оперативной работы в свете задач, поставленных перед советской разведкой Центральным комитетом КПСС и советским правительством». Там также содержалось предложение выделить оперативно-чекистские управления и отделы (всего в сорока структурных подразделениях министерства их насчитывалось шестнадцать) и на их базе образовать Комитет по делам государственной безопасности при Совете министров СССР.
Круглов также предлагал в процессе реформирования органов госбезопасности сократить численность их оперативного состава на двадцать процентов. Это должно было составить 15 956 штатных единиц и дать годовую экономию в 346 миллионов рублей. А в целом, с учетом сокращения численности МВД (на 8839 штатных единиц), реформа обещала экономию в сумме 860 миллионов рублей.
По результатам обсуждения данной записки, с учетом высказанных в ходе него предложений и замечаний, 13 марта 1954 года Президиум Верховного Совета СССР принял Указ об образовании Комитета государственной безопасности (КГБ) при Совете министров СССР. Председателем новой структуры был назначен генерал-полковник И. А. Серов, бывший до этого заместителем министра внутренних дел.
Согласно решению Президиума ЦК КПСС, на Комитет государственной безопасности возлагались следующие задачи:
а) ведение разведывательной работы в капиталистических странах:
б) борьба со шпионской, диверсионной, террористической и иной подрывной деятельностью иностранных разведок внутри СССР;
в) борьба с вражеской деятельностью разного рода антисоветских элементов внутри СССР;
г) контрразведывательная работа в Советской армии и на Военно-морском флоте;
д) организация шифровального и дешифровального дела в стране;
е) охрана руководителей партии и правительства.
Помимо этого в партийном решении была сформулирована и главная на тот момент для КГБ задача: «В кратчайшие сроки ликвидировать последствия вражеской деятельности Берия в органах государственной безопасности и добиться превращения органов госбезопасности в острое оружие нашей партии, направленное против действительных врагов нашего социалистического государства, а не против честных людей».
Приказом председателя КГБ от 18 марта 1954 года была определена структура нового ведомства, в которое, не считая вспомогательных и обеспечивающих подразделений, входили:
Первое Главное управление (ПГУ, разведка за границей):
Второе Главное управление (ВГУ, контрразведка);
Третье Главное управление (военная контрразведка);
Четвертое управление (борьба с антисоветским подпольем, националистическими формированиями и враждебными элементами);
Пятое управление (контрразведывательная работа на особо важных объектах);