Захват Борисом власти не обошелся, разумеется, без борьбы, но долгая служба в опричнине выучила Годунова не стесняться в средствах при ее ведении. Приближенные люди при царе Феодоре разделились, за несколько времени до смерти Никиты Романовича, на две партии: во главе одной был Борис Годунов, сблизившийся с братьями Щелкаловыми, верно оценившими, что сила на его стороне, причем Андрея Щелкалова Борис назвал даже себе отцом, хотя незадолго перед этим он назвал себе отцом и князя И. Ф. Мстиславского; к другой партии принадлежали: помянутый князь И. Ф. Мстиславский, князь Воротынский, Головины, Колычевы, а также и князья Шуйские, очень любимые всем московским населением – купцами, горожанами и чернью.
Говорят, что Мстиславский, после долгих отказов, согласился извести Годунова отравой у себя на пиру; но это было вовремя открыто; его схватили и насильно постригли в Кирилло-Белозерском монастыре, где он и умер. Воротынские же, Головины, Колычевы и многие другие были заточены по разным городам или отправлены в ссылку; при этом один из Головиных – Михайло – бежал за рубеж к королю Стефану Баторию.
Шуйских Борис пока не тронул, опасаясь, очевидно, большой любви к ним со стороны московских жителей; он даже пошел с ними на мировую. Посредником в этом был митрополит Дионисий, человек тонкого ума и сладкоречивый, но достойный и добрый пастырь, искренно служивший делу умиротворения. Когда, после примирения своего с Годуновым, князь Иван Петрович Шуйский вышел из Грановитой палаты, то был встречен на площади толпой торговых людей, причем два купца подошли к нему и сказали: «Помирились вы нашими головами; и вам от Бориса пропасть, да и нам погибнуть».
По рассказу летописца, Борис, злобясь на Шуйских, научил их дворовых людей – Феодора Старкова с товарищами обвинить своих господ в «измене». Шуйские были перехвачены вместе со своими друзьями – князьями Татевыми, Урусовыми, Колычевыми, Быкасовыми и другими. Началось следствие, сопровождавшееся страшными пытками и великим кровопролитием, ничего, однако, не обнаружившее. Кроме перечисленных выше лиц, пытали также семь человек московских гостей, но и они ничего не показали.
После следствия доблестный князь Иван Петрович Шуйский был отправлен на Белоозеро и там, по свидетельству летописца, удавлен; другой Шуйский – князь Андрей Иванович, по тому же свидетельству, был удавлен в Каргополе; сторонники Шуйских были разосланы по разным городам и тюрьмам, а семи московским гостям были отрублены головы.
Доблестно исполнив святой долг свой – печалования за невинных, Дионисий и Варлаам были свергнуты, обнесенные Годуновым, и заточены в новгородские монастыри. Вместо же Дионисия митрополитом был поставлен ростовский епископ Иов, человек, всецело преданный Борису.
Таким образом, после низвержения Дионисия Годунов освободился от всех опасных себе людей и безгранично захватил власть в свои руки. Это было достигнуто им в течение трех с небольшим лет. Во всех отраслях управления, как в Москве, так и в городах, были поставлены люди, на безусловную преданность которых он мог рассчитывать. Английский посол Флетчер, прибывший в Москву в начале 1589 года, говорит по этому поводу, что «в настоящее время многие из этих важных мест занимают и вместе с тем правят почти всем государством Годуновы и их приспешники».
Вместе с тем, чтобы выделиться от всех остальных подданных, Борис создал для себя несколько весьма пышных наименований и величался: «Царский шурин и правитель, конюший боярин, и дворовый воевода, и содержатель великих государств, царств Казанского и Астраханского». Доходы его были огромны: он получал до 93 700 рублей ежегодно и, говорят, мог с родственниками, которые все были щедро наделены, выставить со своих имений до 100 000 вооруженных людей.
Кроме того, для вселения в народе как можно большего уважения к царице Ирине и к ее роду, Борис создал целый полк, весьма нарядно одетый, особых царицыных телохранителей, сопровождавших ее вместе со знатнейшими боярынями на всех выходах и во время богомольных походов. Наконец, по приговорам Боярской думы в 1588 и 1589 годах, Годунов получил важное право сноситься с иностранными государями от собственного имени, и в Посольском приказе были заведены особые «книги, а в них писаны ссылки царского величества шурина» с иностранными правительствами.
Двор Бориса представлял точное подобие царского. Он с теми же обрядами, как и царь, принимал иностранных послов и, как истый выскочка, при всяком удобном случае давал им ясно понять, что, собственно, все зависит не от государя, а от его воли. Ловкие иностранцы, разумеется, быстро сообразили, с кем имеют дело; они рассыпались перед ним в льстивых выражениях, величали его «пресветлейшим вельможеством» и «пресветлым величеством» и получали от восхищенного этим Бориса огромные льготы, зачастую прямо в ущерб русским выгодам, причем на их челобитные ответ писался «по повелению великого Государя, а по приказу царского величества шурина».