Возвращение Западной Украины в состав СССР сопровождалось преследованиями униатов. После смерти в ноябре 1944 г. митрополита Западной Украины Шептицкого Униатской церкви было рекомендовано слиться с Русской православной церковью. Вскоре новый митрополит Слипый и несколько других иерархов были арестованы и осуждены за сотрудничество с немцами. В марте 1946 г. в Киеве состоялся объединительный Синод, на котором председательствовал патриарх Алексий. В 1951 г., после убийства Закарпатского епископа Ромши, униаты этого региона были также присоединены к Русской православной церкви.
В прибалтийских странах советские власти, прежде чем приступить к коллективизации, провели депортацию «классово враждебных» элементов, конфисковали земли крупных собственников, которые были распределены среди бедных крестьян, подавили сопротивление аннексии со стороны вооруженных групп партизан (1945 — 1948 гг.). В 1948 г. удельный вес коллективизированных хозяйств не превышал 2,4% в Латвии, 3,5 — в Литве и 4,6% в Эстонии. Насильственная коллективизация была проведена в два года (1949 — 1950 гг.). В 1950 г. в этих республиках было коллективизировано соответственно 90,8, 84 и 76% хозяйств по той же модели, что и во всей стране в 1929 — 1933 гг.: ликвидация имевшихся форм добровольной кооперации, охватывавших в этих районах три четверти крестьянских хозяйств, раскулачивание, экономическое и полицейское давление на крестьян, вынуждавшее их забивать свой скот и вступать в колхозы. Коллективизация сопровождалась депортацией примерно 400 тыс. литовцев, 150 тыс. латышей и 50 тыс. эстонцев.
26 июня 1946 г. «Известия» опубликовали указ о высылке за коллективное предательство чеченцев, ингушей и крымских татар, ликвидации Чечено–Ингушской автономной республики, а также «разжаловании» Крымской автономной республики в Крымскую область. На самом деле депортация этих и других не названных в указе народов была произведена уже за несколько лет до этого. Указ от 28 августа 1941 г. объявил о «переселении» немцев Поволжья (400 тыс. человек в 1939 г.) под предлогом наличия среди них «диверсантов» и «шпионов». С октября 1943 по июнь 1944 г. за «сотрудничество с оккупантами» были депортированы в Сибирь и Среднюю Азию шесть других народов: крымские татары (примерно 200 тыс. человек), чеченцы (400 тыс.), ингуши (100 тыс.), калмыки (140 тыс.), карачаевцы (80 тыс.), балкарцы (40 тыс.). В течение примерно десяти лет депортированные народы официально как бы не существовали.
Политика репрессий против некоторых национальностей и отказа от удовлетворения их национальных чаяний в известном смысле была продолжена в «речи Победы», произнесенной Сталиным 24 мая 1945 г. Поднимая тост не за советский, а за русский народ, Сталин объяснил, что последний — «руководящая сила Советского Союза» — сыграл решающую роль в войне. Своими «ясным умом», «стойким характером» и «терпением» он заслужил право быть признанным вождем «наиболее выдающейся нации из всех наций, входящих в состав Советского Союза».