Совсем другой смысл носила дискуссия о биологии. Она была связана с экономическими, в первую очередь сельскохозяйственными, трудностями страны и торжеством псевдонаучной теории о наследственности шарлатана Т. Лысенко, обещавшего Центральному Комитету «и лично товарищу Сталину» в минимальные сроки обеспечить изобилие сельскохозяйственных продуктов. Карьера Лысенко началась в феврале 1935 г. на II съезде колхозников–ударников, где он, тогда молодой агробиолог, обрушился на «кулаков от науки». Очень скоро он был назначен президентом Всесоюзной академии сельскохозяйственных наук имени В. И. Ленина, откуда изгнал настоящих генетиков, своих научных оппонентов, и добился в 1940 г. ареста знаменитого генетика и ботаника Н. Вавилова, который умер в тюрьме в 1943 г. Начавшиеся накануне войнч преследования генетиков и биологов были с удвоенной энергией возобновлены в 1947 — 1948 гг. Под влиянием Лысенко ЦК навязал такую интерпретацию понимания изменчивости, которая соединяла марксистский детерминизм с признанием возможности влиять на человеческую природу. Собравшаяся в августе 1948 г. сессия ВАСХНИЛ послужила сигналом для преследования всех генетиков и биологов-»менделистов» (среди которых было много евреев). Академики А. Жебрак, П. Жуковский, Л. Орбели, А. Сперанский, И. Шмальгаузен и их ученики — в общей сложности несколько сотен исследователей — были изгнаны из Академии и со своих факультетов. В стране была запрещена генетика Менделя, а также все отрасли знания, которые рассматривали ту или иную форму неопределенности: квантовая физика, теория вероятностей, статистический анализ в социологии и т. д.
В той же мере, что и занятие Лысенко и его сторонниками ключевых постов в ВАСХНИЛ, лысенковщина была выражением политики партии по отношению ко всему научному знанию, триумфом той волюнтаристской псевдонауки, которая позволяла руководству страны, находящейся на грани голода, утверждать, что советское сельское хозяйство в ближайшем будущем ждет впечатляющий подъем. Лысенковщина вдохновляла абсурдные «сталинские планы преобразования природы», а также «планы преобразования человека», под которыми «специалисты по психологии» типа академика К. Быкова понимали систематическое применение теорий Павлова для создания «нового человека».
Идеологическое и политическое ужесточение 1945 — 1953 гг. привело к разрастанию репрессивных органов и концентрационной системы. С 1946 г. деятельность по охране порядка и подавлению инакомыслия осуществлялась двумя органами, чьи права и обязанности оставались туманными и не регламентировались никаким законом: Министерством внутренних дел (МВД) и Министерством государственной безопасности (МГБ). Многочисленные перестановки в их руководстве, произошедшие в эти годы, отражали сложные перипетии той борьбы за власть, которой в политическом плане был отмечен конец сталинской эры. В 1946 г., оставаясь заместителем председателя Совета Министров и членом Политбюро, Берия уступил руководство МВД генералу Круглову. МГБ, могущество которого постоянно росло, отошло к одному из подчиненных Берии Абакумову, заместителем которого Круглое работал в течение некоторого времени. В ноябре 1951 г. Абакумов был заменен Игнатьевым, ставленником Сталина. Если верить некоторым свидетельствам, Сталин перестал тогда доверять Берии и поставил политическую полицию под усиленный контроль «специального сектора» своего Секретариата.
Учитывая численность новых категорий приговоренных к лагерям (бывшие военнопленные, «чуждые элементы» из регионов, недавно включенных в СССР, пособники оккупантов, представители подвергшихся массовой депортации народностей), следует признать, что в послевоенные годы советская концентрационная система достигла своего апогея. Так же как и для конца 30–х гг., оценки численности заключенных ГУЛАГа колеблются от 4,5 до 12 млн. человек. Тем не менее все историки признают, что число заключенных в лагерях и тюрьмах достигло своего максимального уровня в 1948 — 1952 гг., когда многие приговоренные в 1937 — 1938 гг. к десяти годам лагерей без суда получили новый срок на основании административного решения. С другой стороны, есть основания полагать, что и смертность среди заключенных после 1948 г. значительно сократилась благодаря осознанию властями необходимости «беречь» экономически выгодную рабочую силу.