По сравнению с предыдущими годами организация концентрационной системы отличалась рационализацией использования заключенных, созданием для политзаключенных специальных лагерей и ростом числа серьезных попыток восстаний заключенных.
Можно полагать, что в отличие от послесталинского ГУЛАГа, если информация о насыщенности европейской части СССР лагерями не была сильно приуменьшена, основная часть лагерей находилась тогда в самых удаленных и суровых районах нового освоения, от безводных пустынь Средней Азии до полюса холода в Якутии. В конце 40–х гг. советская концентрационная система имела уже четвертьвековую историю. Местом, где началось ее формирование, были Соловецкие острова. Достаточно символично то, что центром, вокруг которого стала создаваться в 1923 г. структура архипелага ГУЛАГ, послужил крупный монастырь на этих островах, который до революции был стратегической крепостью, а затем тюрьмой, В конце 20–х гг. «население» Соловков было разбросано по стройкам железных дорог и лесоповалам Карелии, Мурманской, Архангельской и Вологодской областей. Первой большой сталинской стройкой с использованием заключенных стала прокладка Беломоро–Балтийского канала (1931 — 1933 гг.). В то же время было начато поэтапное строительство «Северо–Восточной дороги», вдоль которой были разбросаны более или менее постоянные лагеря. Эта транспортная артерия, берущая начало от стратегического Котласского перекрестка, продвигалась со своими рельсами, лесосеками и рудниками сначала к Усть–Илиму, а затем к Ухте, Печоре и Воркуте. Она делилась на две ветки: одна на Северный Урал, в район Соликамска, а другая — в арктические районы (Салехард, затем Норильск), куда в 1939 г. были переведены последние соловецкие узники. Во второй половине 30–х гг. заключенные начали строить еще одну линию от Южного Урала к Кузбассу, Байкалу (группа лагерей ОЗЕРЛаг) и Амуру (группа лагерей БАМЛаг). В тот же период по крайней мере центральная часть Казахстана и Колыма также покрылись сетью лагерей.
Полностью изолированная — добраться туда можно было только морем — Колыма стала регионом–символом ГУЛАГа. Ее административный центр и порт приема заключенных Магадан был построен ими самими, как и жизненно важное Магаданское шоссе, соединявшее только лагеря. Добыча золота в нечеловечески тяжелых условиях, позднее детально описанных бывшими узниками, составляла основной вид их деятельности. В Казахстане заключенные начали разработку месторождений угля и медной руды в районе Караганды. Оттуда лагеря распространились в Джезказган и Экибастуз, получившие известность благодаря восстаниям, которые там произошли в 1953 г. Немного севернее сельскохозяйственное освоение степей обеспечивал СТЕПЛаг, насчитывавший в 1949 г. 200 тыс. заключенных.
В сложной системе лагерей заключенные направлялись преимущественно на лесоповал («летучие лагеря» в тайге передвигались вместе с лесосеками), в горнодобывающую промышленность, главным образом (за исключением угольных шахт Воркуты и Караганды) в отрасли с высокой степенью риска для жизни (добыча урана, свинца, асбеста, золота, алмазов — большинство этих рудничных лагерей, где смертность была особенно высокой, относилось к СВИТЛагу, разбросанному по огромной территории от Якутска, Ногаевой бухты до устья Колымы с центром в Магадане), на строительство железных дорог (железная дорога Байкал — Амур, прокладка которой велась заключенными из БАМЛага, насчитывавшего в своих трех десятках «лагпунктов» несколько сотен тысяч заключенных; арктическая железная дорога Салехард — Игарка длиной 1200 км, так и не введенная в строй), на строительство крупных плотин (Усть–Каменогорск, Братск), городов (Комсомольск, Находка, Магадан, Братск, Норильск, Воркута, Балхаш, если называть только самые большие), на осуществление таких престижных проектов, как Волго–Донской канал, строительство которого закончилось в 1952 г.
В 1948 г., в обстановке общей нехватки рабочей силы из‑за понесенных в войне потерь, когда особенно пострадало население наиболее трудоспособных возрастов, власти распорядились использовать заключенных более «экономно» и «рентабельно». В 1945 — 1948 гг. особенно высокой была смертность среди заключенных, отправленных в лагеря за пребывание в немецком плену. Этим ослабленным и больным людям не удавалось выполнять норму выработки больше, чем на 30—40%, за что им соответственно урезалось питание. Поэтому «доходяги», как их называли на лагерном жаргоне, быстро умирали. Чтобы стимулировать производительность труда, с 1948 г. власти разрешили выдачу дополнительной зарплаты «ударникам»; также были увеличены пайки для выполнявших нормы выработки. Экономическая рентабельность ГУЛАГа получила различные оценки: некоторые (А. Солженицын, С. Розенфельд) подчеркивают невероятную дешевизну этой рабочей силы, «оплачиваемой» из расчета обеспечения ее воспроизводства; другие (Амальрик, Буковский) настаивают на широком распространении всякого рода «приписок», очень низкой производительности лагерной рабочей силы и огромных расходах на содержание многочисленного и коррумпированного лагерного персонала. Как бы то ни было, «население» ГУЛАГа внесло основной вклад в освоение новых районов, ресурсы которых могли бы эксплуатироваться вольной наемной рабочей силой, как это делается в настоящее время, правда, с очень большими экономическими затратами.