Уже 6 марта приближенные Сталина приступили к первому разделу руководящих постов. Они сократили избранный XIX съездом партии Президиум до 10 членов и 4 кандидатов, отстранив таким образом сталинских выдвиженцев последних месяцев, из которых членами Президиума остались только Сабуров и Первухин — оба хозяйственные руководители. Восемь других могли, благодаря своему прошлому, рассматривать себя законными наследниками. Первое место в новой иерархии занял Маленков, который получил пост председателя Совета Министров и встал во главе Секретариата ЦК. В Совмине у него было четыре заместителя, двое из которых могли питать значительные надежды: Берия, близкий соратник Маленкова, вновь возглавивший воссоединенное МВД, поглотившее МГБ; Молотов, вернувшийся на пост министра иностранных дел. Два других поста зампредов Совета Министров занимали Булганин и Каганович. Ворошилов был поставлен на пост формального главы государства. Хрущев не имел никаких государственных должностей, но занимал второе место в Секретариате ЦК КПСС.
Это распределение руководящих постов, осуществленное в страшной спешке на следующий день после смерти Сталина и, несомненно, дававшее тройке Маленков — Берия — Молотов наибольшие преимущества, было сочтено другими членами Президиума несправедливым. Уже 14 марта Маленков, не успевший даже легитимизировать свои полномочия, был поставлен перед необходимостью выбора между руководством правительством и руководством Секретариатом ЦК. Он выбрал первое, что означало передачу Секретариата ЦК Хрущеву, который, вызывая у своих коллег столь же мало подозрений, как в 1922 г. Сталин, теперь занял ключевой пост, благодаря которому контролировал деятельность и карьеру секретарей обкомов партии, настоящих «баронов» системы, составлявших опору и основной контингент Центрального Комитета.
С первых же дней новое руководство предприняло шаги, направленные против злоупотреблений прошлых лет. Личный секретариат Сталина был распущен, а Поскребышев отстранен от дел. 27 марта Верховный Совет СССР объявил амнистию для всех заключенных, чей срок не превышал пяти лет. Амнистия предусматривала освобождение несовершеннолетних и матерей, имевших детей в возрасте до десяти лет, а также всех осужденных, независимо от величины срока, за взяточничество, экономические преступления, административные и военные правонарушения, большую часть которых совершили хозяйственники и партработники, ставшие жертвами последних кампаний 1951 — 1952 гг. Главным результатом указа об амнистии, не коснувшегося политических заключенных, неизменно получавших сроки больше чем пять лет, стало освобождение большого числа уголовников, которые, выйдя из тюрем, создали в городах, и особенно в Москве, такую опасную обстановку, что потребовалось усилить полицейские меры и держать в состоянии повышенной готовности многочисленные подразделения МВД, чтобы противостоять тем, кого Е. Гинзбург иронически назвала «дорогими Берии друзьями народа». 4 апреля 1953 г. «Правда» объявила, что «врачи–убийцы» стали жертвами провокации и что их так широко подхваченные пропагандой признания были на самом деле получены путем применения «недопустимых и строжайше запрещенных советскими законами приемов следствия». Это сообщение было опубликовано руководимым отныне Берией МВД, то есть той самой инстанцией, которая несла ответственность за происшедшее.
События получили еще больший резонанс благодаря принятому спустя несколько дней постановлению ЦК КПСС, в котором речь шла о «нарушении законности органами госбезопасности». Из него следовало, что дело «врачей–убийц» не было единичным случаем, что госбезопасность, присвоив себе непомерные права, творила беззаконие и что партия, открыто разоблачая ее, отвергает эти методы и осуждает всевластие политической полиции. Порожденная этими документами надежда вызвала поток сотен тысяч просьб о реабилитации, захлестнувший органы прокуратуры. Заключенные же, и особенно находившиеся в «спецлагерях», ожесточенные выборочной амнистией 27 марта и чувствовавшие неуверенность охраны и неустойчивость системы в целом, уже летом 1953 г. подняли восстания в Воркуте, на Игарке, в Кингире и многих других местах. Растерянность населения возросла, когда выяснилось, что борьбу за восстановление «социалистической законности» возглавил сам Берия. Сразу же после смерти Сталина, если верить его выступлению на похоронах, он превратился в «либерала». Именно по инициативе Берии, имевшего прекрасную возможность свалить вину за «дело врачей» на арестованных по его приказу Игнатьева и Рюмина, было опубликовано сообщение 4 апреля. В течение следующих недель он распространил свой «либерализм» на самые разные сферы. Подчеркивая в отличие от своих коллег «разнообразие» и «равноправие» народов, он содействовал продвижению национальных кадров в надежде обеспечить себе их поддержку в будущем. Особенно тщательно Берия вычистил от сторонников Сталина Компартию Грузии, а во главе нескольких республик поставил своих многочисленных нерусских сподвижников. Берия даже предлагал в определенной степени смягчить коллективизацию, а во внешнеполитической сфере выступил как главный поборник разрядки международной напряженности.