Последствия кубинского кризиса были серьезными. Несмотря на присоединение к социалистическому лагерю нового государства и шумную пропаганду заслуг Советского Союза в сохранении мира во всем мире, СССР подвергся глубокому унижению и его престиж был сильно подорван. Упали и политические акции Хрущева, сыгравшего решающую роль в этом деле. Ракетный кризис заставил его задуматься не только об опасности, но и о пределах своих возможностей в достижении целей путем конфронтации и угроз с сомнительных позиций силы. Ядерный паритет не был панацеей — не меньшее значение имело наличие сил для интервенции и устрашения в том или ином регионе. В годы после кризиса Советский Союз приложил немало усилий, чтобы развить эту часть вооруженных сил (морских, например), которым до сих пор из‑за увлечения Хрущева «всем ядерным» оказывалось явно недостаточное внимание.
Общее стремление предотвратить опасность тотальной войны, ставшую благодаря этому кризису очевидной, проявилось в последующие месяцы в установке прямой линии связи между Кремлем и Белым домом для предупреждения возможных ошибок той и другой стороны в анализе и трактовке событий. Наконец, 15 августа 1963 г. был подписан договор о частичном запрещении ядерных испытаний, первое формальное соглашение по контролю над вооружениями, заключенное «великими державами» и ставшее решающим этапом в их отношениях и установлении форм сосуществования.
Кубинский кризис завершил раскол в китайско–советских отношениях, который вызревал с 1956 — 1957 гг., когда Мао Цзэдун приписал «ревизионизму» провал своей «кампании Ста цветов». По мнению Мао, ревизионизм, объявленный отныне «врагом № 1», имел две причины: внутреннюю (непрекращающееся «буржуазное влияние») и внешнюю («капитуляцию» перед империализмом). Этот тезис стал теоретической основой китайской оппозиции советской политике мирного сосуществования. Эта оппозиция не подразумевала, однако, немедленного столкновения, поскольку Мао надеялся повлиять на советское руководство путем убеждения. На состоявшейся в Москве в ноябре — декабре 1957 г. конференции коммунистических и рабочих партий китайский руководитель истолковал преимущество Советского Союза в области ракетных вооружений как общее превосходство социалистического лагеря над империализмом и объявил, что отныне «ветер с Востока сильнее ветра с Запада». Из этого следовал вывод о необходимости сплотить ряды вокруг Советского Союза и заставить империализм отступить. На конференции Мао объяснял, что, конечно, лучше избежать третьей мировой войны, но бояться ее не стоит, так как в результате ее «многие сотни миллионов людей перейдут на сторону социализма и настанет конец империализму».
Затем, когда стали очевидны попытки Хрущева найти формы сосуществования с империализмом, советско–китайские отношения начали ухудшаться. По мнению китайских руководителей, разрядка напряженности в советско–американских отношениях могла принести китайским интересам только ущерб. За несколько дней до отъезда Хрущева в Соединенные Штаты между Индией и Китаем разразился острый пограничный кризис. Советский Союз выступил с декларацией, в которой выражал сожаление по поводу конфликта между двумя дружественными ему странами. Для Китая эта декларация была равносильна заявлению о нейтралитете в конфликте между социалистическим государством и буржуазным и свидетельствовала о нетерпимом разрыве с принципами пролетарского интернационализма. Сразу после своего визита в Соединенные Штаты Хрущев направился в Пекин на встречу с Мао, во время которой открыто защищал выгоды разрядки напряженности, вплоть до утверждений о действительной заинтересованности Эйзенхауэра в мире. Несколькими месяцами позже, в апреле 1960 г., Мао ответил на доводы Хрущева публикацией обширной передовицы по случаю 90–летия со дня рождения Ленина, которую он озаглавил «Да здравствует ленинизм!». Под маской критики ревизионизма в Югославии статья разоблачала принципиальный отход всей внешней политики СССР от марксизма–ленинизма, пролетарского интернационализма и революции и скатывание ее в ревизионизм. Тем временем Хрущев сообщил китайским руководителям, что совместные работы по созданию атомной бомбы будут прекращены. Летом 19 60 г. Москва неожиданно отозвала тысячи советских экспертов и специалистов, помогавших Китаю в создании его промышленной базы, прервав осуществление многих проектов. Были также сокращены или задержаны поставки сырья, оборудования и запасных частей. Позже Советский Союз потребовал возвращения кредитов, предоставленных начиная с 1950 г.