Подчинять оппозицию и усмирять последние революционные беспорядки выпало на долю сменившему Горемыкина на посту премьер–министра П. Столыпину, министру внутренних дел в предыдущем кабинете. Борец за сохранение монархии путем ее модернизации, монархист–консерватор по воззрениям, бывший предводитель дворянства в Ковно, где, наблюдая жизнь польско–литовских крестьян, стал убежденным сторонником частной собственности, он направил свою деятельность на решение трех основных задач: подавление волнений, контроль за выборами во Вторую Думу и аграрный вопрос.
Крестьянские бунты, вспыхнувшие во время обсуждения аграрного вопроса на заседаниях Первой Думы, были жестоко подавлены с помощью специальных карательных отрядов и массовых репрессий. Чудом избежав покушения со стороны эсеров (12 августа 1906 г.), Столыпин учредил множество военно–полевых судов, которые в течение восьми месяцев вынесли около 1000 смертных приговоров. Одновременно с этим в ходе подготовки новой избирательной кампании Столыпин направил свои усилия на подрыв деятельности оппозиционных партий. 260 ежедневных и периодических изданий были приостановлены с июля по октябрь 1906 г. Обещанная в 1905 г. свобода слова была забыта. Власти прибегли еще к одному достаточно действенному средству борьбы с оппозицией: оппозиционным партиям было отказано в «административной санкции», своего рода свидетельстве лояльности по отношению к властям, без которой ни одна партия не могла проводить публичных заседаний. Воспользовавшись роспуском Думы, Столыпин подготовил два ставших знаменитыми земельных закона. Согласно первому (от 5 октября 1906 г.), крестьянам наконец‑то предоставлялись равные с остальным населением страны юридические права. Второй закон (9 ноября 1906 г.) разрешал любому крестьянину, обрабатывающему землю на условиях общинного землепользования, в любой момент потребовать причитавшуюся ему долю в полную собственность. Цель данного закона, подписавшего смертный приговор извечной крестьянской общине, — повернуть аграрную проблему другой стороной: вместо того чтобы экспроприировать помещиков, обезземеливалась община, так как принадлежащие ей земли распределялись между крестьянами. Однако требовалось еще согласие последних на разрушение института, только укрепившегося в ходе революционных событий. За это время — пока составлялись крестьянские запросы и проходили земельные бунты — община утвердилась как настоящий орган крестьянского самоуправления. И вновь в центре конфликта между правительством и Второй Думой, собравшейся 20 февраля 1907 г., встал земельный вопрос.
Предвыборная кампания прошла не без вмешательства и давления на избирателей со стороны властей, однако Вторая Дума оказалась еще более радикальной, чем Первая. В нее вошли более 100 депутатов–социалистов (37 эсеров, 66 социал–демократов, на 2/3 меньшевиков), около 100 трудовиков, 100 кадетов и 80 депутатов от национальных меньшинств трудно определяемой политической ориентации; октябристов было всего лишь 19, монархистов — 33. В итоге кандидаты от правительственных партий составили в Думе весьма незначительную фракцию, в то время как подавляющее большинство оказалось в оппозиции.
Наученная предшествующим опытом, Дума решила действовать в рамках законности, избегая ненужных конфликтов. Комиссии приступили к разработке многочисленных законопроектов. После начального периода затишья с марта по апрель 1907 г. споры разгорелись по двум вопросам: аграрной политике и принятию чрезвычайных мер против революционеров. Правительство потребовало осуждения революционного терроризма, но большинство депутатов отказались это сделать. Более того, 17 мая Дума проголосовала против «незаконных действий» полиции. Тем временем повсюду возобновились террористические и контртеррористические акции (только за май погибло несколько сот человек). Под давлением консервативной прессы, в которой Дума называлась «рассадником бунтов и неповиновения», «прибежищем еврейского мракобесия и терроризма», правительство решило объявить о ее роспуске, но, чтобы не связывать его вновь с аграрным вопросом, обвинило многих депутатов в заговоре против царской семьи. 1 июня Столыпин потребовал от Думы исключения 5 5 депутатов (социал–демократов) и лишения 16 из них парламентской неприкосновенности. Не дожидаясь ее решения, Николай II сам объявил 3 июня о роспуске Думы и назначил созыв очередной Думы на 1 ноября 1907 г. В манифесте, провозгласившем роспуск Думы, было также объявлено о коренных изменениях в законе о выборах. Данная мера полностью противоречила Основным законам, принятым в 1905 г., согласно которым любые изменения требовали предварительного согласия двух палат. Новый закон разрабатывался в условиях абсолютной секретности в течение нескольких последних месяцев. Он ужесточал избирательный ценз основных избирателей, сокращал представительство крестьян и национальных меньшинств, увеличивал неравенство в представительстве различных социальных категорий. Теперь голос одного помещика равнялся голосам 7 горожан, 30 крестьянских избирателей или 60 рабочих. Период, который открывался Манифестом 17 октября 1905 г., когда была сделана первая в истории попытка сочетать самодержавный режим с конституционной формой правления, пришел к концу. «Проклятый закон», как прозвали в народе закон о выборах, вновь возвращал страну к самодержавию.