Но действительно решающие события по-прежнему происходили в Москве. Требование Горбачева предоставить ему больше президентских полномочий породило опасения, что будет невозможно добиться больших свобод; это заставило Верховный совет Литвы, где большинство принадлежало Саюдису и председателем которого был Витаутас Ландсбергис, 11 марта 1990 г. провозгласить независимость. Верховные советы Латвии и Эстонии приняли более сдержанные резолюции, провозгласившие начало Переходного периода, окончанием которого должно было стать достижение полной независимости.
Эти события сделали прибалтийские республики предметом полемических сражений между теми, кто хотел сохранить Союз, и теми, кто желал избавиться от него. Сначала Горбачев попытался навязать прибалтам свое понимание законности и правопорядка и начал экономическую блокаду Литвы. Однако через несколько месяцев она была прекращена — теперь Горбачев пытался склонить все республики СССР к подписанию нового Союзного договора, который должен был заменить аналогичный документ от 1922 г. Этот новый договор предоставил бы союзным республикам полное самоуправление, но оборона, внешняя политика и общее управление экономикой оставались в ведении Москвы.
В январе 1991 г. люди, имевшие наиболее радикальные взгляды относительно методов защиты существовавшего тогда государственного устройства, начали действовать. Во все три прибалтийские республики были введены десантные войска и специальные части Министерства внутренних дел, предназначенные для подавления бунтов (ОМОН). Все это явно делалось в соответствии с заранее подготовленным планом. Вначале войска взяли под контроль коммуникационные системы, захватив в Вильнюсе здания редакций газет и телецентра. Одновременно анонимные “Комитеты национального спасения” в Литве и Латвии заявили о своей готовности взять власть для того, чтобы “предотвратить экономический крах” и установление “буржуазной диктатуры”. Когда ОМОН и десантники подошли к зданию парламента в Вильнюсе, люди, взявшись за руки, остановили их. По меньшей мере четырнадцать человек погибли. Еще шестеро стали жертвами аналогичных событий в Риге. Ельцин, который тогда был спикером российского парламента, вместе с тремя председателями Верховных советов трех прибалтийских республик незамедлительно обнародовал заявление, где осуждалось применение вооруженной силы, угрожавшее суверенитету этих государств. Столкнувшись с сопротивлением и понимая, что дальнейшие действия в таком роде чреваты еще большим насилием, Горбачев, который был только что удостоен Нобелевской премии мира, воздержался от применения вооруженной силы внутри страны.
Еще одной жертвой пакта Молотова — Риббентропа была Молдавия, и события там напоминали прибалтийские. Первыми здесь стали проявлять недовольство творческие союзы. Вскоре на этой основе был создан Народный фронт. Реакция Коммунистической партии здесь была несколько замедленной, но все же летом 1990 г. Молдавия была переименована в Республику Молдова, и принята Декларация о суверенитете. Многие восприняли это как первый шаг к грядущему воссоединению с Румынией. Реакция живших в Молдавии представителей иных национальностей была очень резкой. Они провозгласили создание собственной Приднестровской республики со столицей в русском по преимуществу городе Тирасполе на восточном берегу реки Днестр. Они не рассчитывали на военную помощь из центра и создали свои формирования. Эти части получали оружие, полученное от советских регулярных войск или купленное у военнослужащих. Приднестровские части сохранились после провозглашения Молдовой независимости и могли стать постоянным источником военного конфликта.
Армянский народ столетиями уничтожался и изгонялся со своей земли могущественными соседями. Самым болезненным для жителей республики был вопрос Нагорного Карабаха — горного сельскохозяйственного региона, по преимуществу населенного армянами. Однако, по решению Наркомнаца он в 1921 г. был присоединен к Азербайджану. Оскорбление, которое было нанесено этим присоединением национальным чувствам армян, усугублялось еще и тем, что в однопартийной системе административная субординация затрагивала буквально все аспекты жизни. Предпочтение оказывалось азербайджанскому меньшинству во всем: в распределении жилья, в приеме на работу, в системе образования и строительстве промышленных предприятий. В 1988 г. недовольство приняло открытые формы. Был создан специальный Комитет по Карабаху. В его состав вошли, в основном, писатели, ученые и журналисты, а также, на правах частных лиц, правительственные чиновники. Отделения Комитета были созданы на заводах, в учреждениях и институтах, что очень напоминало организационную структуру КПСС, причем отделения Комитета стали серьезными соперниками парторганизаций. В феврале в демонстрации, организованной Карабахским комитетом, приняло участие по меньшей мере полмиллиона человек. Демонстранты требовали присоединить Карабах к Армении. Комитет также опубликовал при помощи Верховного совета Армении несколько своих решений.