В ответ азербайджанцы незамедлительно учинили кровопролитие. В промышленном азербайджанском городе Сумгаите, расположенном на побережье Каспийского моря, за два дня погромов были убиты десятки, если не сотни армян. Многие армяне убеждены, что происходило все это при попустительстве местных азербайджанских властей. Реакция Москвы была более сдержанной, но тоже негативной. В конце концов в Карабахе было установлено прямое правление Москвы. Для патрулирования Еревана и предотвращения бегства местных жителей в регион были введены войска. Воспользовавшись замешательством, возникшим в результате страшного землетрясения в Армении в декабре 1988 г., московские власти арестовали одиннадцать ведущих представителей Комитета — но под давлением общественности были вынуждены в июне 1989 г. освободить их. Несколькими месяцами позже Москва признала свою недееспособность и аннулировала особый статус Нагорного Карабаха, снова присоединив его к Азербайджану. В ответ на это Верховный совет Армении провозгласил образование Объединенной Республики Армения, имевшей в своем составе и Нагорный Карабах.
Программа азербайджанского Народного фронта была очень похожа на прибалтийские, однако в ней специально подчеркивалось, что суверенитет Азербайджана подразумевает также контроль над Нагорным Карабахом. Коммунистическое правительство подвергалось острой критике за неспособность его обеспечить. В сентябре 1989 г. Народный фронт призвал к всеобщей забастовке протеста, которая означала также экономическую блокаду Карабаха и Армении. В декабре некоторые наиболее радикальные члены Фронта пришли к власти в пограничном городе Ленкорань. После этого они сломали проволочные заграждения и захватили контрольно-пропускные пункты, чтобы устроить братание со своими соотечественниками по ту сторону иранской границы.
13 января 1990 г. в Баку состоялся хорошо подготовленный съезд Народного фронта. На нем очень острой критике подвергся первый секретарь республиканской партийной организации Везиров. Его критиковали за “раболепие перед Москвой” и требовали его отставки. Другим требованием съезда было проведение референдума по вопросу об отделении от СССР. После этого огромные толпы, среди которых было много азербайджанских беженцев из Армении, начали охоту за армянами, которые пока что оставались в Баку. Комментатор московского радио заметил по этому поводу, что, казалось, будто современный город вернулся в средневековье. Вначале Советская Армия не предпринимала никаких действий, но через несколько дней, когда погромы начали уже затихать, ввела военное положение, вошла в город и с невиданной жестокостью восстановила в нем порядок. По официальным данным, за эти дни в городе было убито по меньшей мере 150 человек.
Время, которое было выбрано для проведения этой акции, совершенно недвусмысленно позволяет утверждать, что ее целью было не прекращение этнического конфликта, но стремление предотвратить приход к власти Народного фронта. Из всех попыток сохранить власть коммунистов, предпринятых в ходе перестройки, эта обошлась дороже всего. Новый коммунистический вождь Азербайджана Муталибов воспользовался военным положением для того, чтобы сковывать действия Народного фронта. Чтобы привлечь на свою сторону избирателей, он использовал старую систему патронажа. Тем временем в Карабахе каждая из враждующих сторон создала собственные вооруженные формирования, располагавшие весьма сложным оружием, — его в изобилии поставляла им деморализованная Советская Армия. По мере ослабления советской и российской власти карабахский конфликт начал принимать международный характер, угрожая распространиться не только на весь Кавказ, но и дальше, на Средний Восток.
У грузин не было одной всеобъемлющей проблемы, подобной Карабаху, — скорее, это было множество болезненных вопросов. Их волновало, что древние монастыри Грузии пребывают в запустении и используются не по назначению, что русский язык все больше вытесняет грузинский в правительственных органах, что растет русская иммиграция в республику, что долине Арагви грозит разрушение из-за строительства Горно-Кавказской железной дороги, что нефтеперегонные заводы Баку загрязняют окружающую среду. Другим поводом для беспокойства был антигрузинский сепаратизм некоторых меньшинств в самой республике, прежде всего, абхазов. Коммунистическая партия не смогла предложить конструктивной программы разрешения ни одной из этих, проблем. Поэтому общественные симпатии устойчиво перемещались в сторону противоположного, непримиримого края политического спектра Грузии. Его занимало Общество Ильи Чавчавадзе (названного так в честь писателя XIX в., убитого, как теперь полагают, большевиками) и Национально-демократическая партия. Последняя заявила, что возрождение независимости Грузии исправит великую историческую несправедливость, и это то, за что “стоит жить, бороться и умереть”.