Первые попытки искоренить коррупцию предпринимались при Андропове в 1983 г. К концу 1986 г. были заменены все пять первых секретарей республиканских партийных организаций. Расследованием их деятельности и деятельности их ближайших сотрудников занялись следственные органы. Расследование продвигалось трудно — возможной причиной этого стало раскрытие связей среднеазиатских деятелей с коррумпированными московскими чиновниками, что стало очевидным после суда над зятем Брежнева Юрием Чурбановым.
Чужеземные инквизиторы столкнулись в Средней Азии с сопротивлением. Первая вспышка произошла в декабре 1986 г., когда первый секретарь парторганизации Казахстана Кунаев был заменен русским, Геннадием Колбиным. Почему Горбачев пошел на столь вопиющее нарушение правила, по которому первым секретарем республиканской партийной организации должен быть представитель местного населения, остается непонятным, — может быть, просто потому, что не было ни одного казаха, не замешанного в коррупции. Но какими бы соображениями Горбачев ни руководствовался, его действия спровоцировали двухдневный бунт в столице Казахстана Алма-Ате. Зачинщиками выступлений были студенты, самый этнически сознательный элемент казахского общества, к тому же чрезвычайно чувствительный к любым покушениям на этнический протекционизм.
Общинные волнения 1989–90 гг. были гораздо серьезнее. Распределение жилья, вопросы землевладения, водоснабжения и занятости в Средней Азии имели характер куда более взрывоопасный, чем где бы то ни было на территории СССР. В Ферганской долине молодые узбеки напали на турок-месхетинцев, депортированных туда в 1944 г. Сталиным. Месхетинцы считались искусными торговцами, и в последнее время их подозревали в завышении цен. После того как в Душанбе распространились слухи о том, что армянские беженцы получают жилье, которого долго ждали местные жители, толпы таджиков устроили погромы приезжих. В Киргизии, в городе Ош, этнические волнения начались после того, как нескольким киргизам были отданы для поселения участки земли, традиционно возделываемой узбеками. Во всех этих случаях негодование местных жителей по отношению к приезжим, занимавшим доминирующие позиции в обществе и совершенно равнодушным к местным жителям, усиливалось предчувствием нависшей над Средней Азией экологической катастрофы, нехваткой жилья, земель и рабочих мест. Ходили также слухи, что беспорядки специально провоцировались местным партийным начальством и мафией.
Вместе с тем подобные народным фронтам гражданские ассоциации развивались в Средней Азии медленнее, чем где бы то ни было. Это было следствием сельской по преимуществу, слабо урбанизированной социальной структурой региона, продолжавшей оставаться чрезвычайно архаичной. Самым влиятельным среди народных движений такого рода стал “Бирлик” (“Единство”), созданный в Ташкенте в мае 1989 г. Его политическая программа была светской и либеральной, однако, под давлением рядовых членов организация стала проводить более популистскую и исламистскую политику, чем это было предусмотрено принятой программой. Но в перспективе самым мощным политическим движением Средней Азии могла стать Партия Исламского Возрождения, основанная в Астрахани в июне 1990 г. Она имела своих членов во всех регионах Советского Союза. Несмотря на фундаменталистский и вполне умеренный характер ее политической программы, Партия Исламского Возрождения была запрещена в Средней Азии практически повсеместно.
В целом по мере того, как грядущий распад СССР становился все более очевидным, лидеры среднеазиатских республик попадали во все более затруднительное положение. Раньше они всегда могли рассчитывать на поддержку из Москвы — теперь такой поддержки почти не было. Но и движения, выступавшие за независимость, были слишком слабы и не могли выдвинуть альтернативных лидеров. Единственным исключением была Киргизия, где прежний коммунистический лидер был крайне непопулярен, и потому к власти смог прийти Аскар Акаев, президент Академии наук Киргизии. Высшие аппаратчики Средней Азии не хотели выходить из состава СССР. Но действия, которые они предприняли, чтобы избежать такого развития событий, нельзя признать удачными — они, так сказать, оседлали одновременно лебедя, рака и щуку, направление движения коих, как известно, сильно разнится. Используя для поддержки своей политики традиционную систему клиентелы, манипулирование местным национализмом, они умоляли специалистов славянского происхождения не покидать их республики. Заигрывая с Исламом, они в то же время не давали ему слишком усилиться.