В 1049 г. германский император Генрих III выдвинул на папский престол кандидатуру графа Бруно Эгисхейм-Дагсбурга из Эльзаса, немецкого епископа. Он был избран папой под именем Льва IX.
С папы Льва IX (1049-1054) начинается эпоха немецкого папства. В проведении своих реформ Лев IX следовал клюнийцам: запрещение симонии, введение целибата духовенства и борьба со светской инвеститурой.
Размах реформ Льва IX был шире, чем у клюнийцев, и осуществлялись они сверху. Папа начинает реформы с перестройки папского аппарата управления, который стал называться римской курией. Лев IX создает коллегию кардиналов-реформаторов, причем по новому принципу: эта коллегия существовала и раньше, но в нее входили исключительно итальянцы. Коллегия Льва IX, созданная им из числа клириков из разных стран, явилась символом универсальности папской власти. Многонациональная коллегия была призвана укрепить и распространить авторитет центральной власти католицизма, авторитет папства и Ватикана.
В процессе реформирования религиозной жизни Западной Европы продолжает оформляться догматический корпус католицизма, основы которого вырабатывались еще первыми Отцами Церкви (Августином, Амвросием Медиоланским, Иеронимом и Григорием I Великим). Пути католичества и православия расходятся все дальше и серьезнее. В XI в. папа утверждает добавление к Никео-Царьградскому Символу веры нового догмата - filioque. Оформляется учение о загробном мире, и в XIII в. будет утвержден догмат о чистилище. Учение о чистилище разрабатывалось еще папой Григорием I Великим.
Для проведения реформ папе Льву IX несколько раз пришлось собирать соборы. В рамках реформаторской деятельности он начал борьбу с представителями неортодоксальных учений, в частности он осудил учение Беренгария Турского, французского философа и богослова, представителя рационалистического направления в ранней схоластике, ратующего за приоритет разума. В своем сочинении «О Святой Троице» Беренгарий выступил против церковного учения о Евхаристии. Лев IX собирает собор, на котором учение Беренгария было признано еретическим. Беренгарий официально отрекся от своего учения, но продолжал тайно разрабатывать его, находясь всю жизнь под надзором церковных властей.
Проводя свои реформы, Лев IX пытался сохранить власть и авторитет папства - в частности, он заботится об усилении влияния католицизма в Сицилии, население которой было, в основном, греческим. Это привело к столкновению интересов Ватикана и Константинополя. Многие историки считают, что именно сицилийский конфликт способствовал полному разрыву отношений между Римом и Константинополем. Во всяком случае сицилийский конфликт несомненно способствовало углублению противоречий между Восточной и Западной Церковью.
Из обширной программы реформ папе Льву IX удалось успешно осуществить только одну: введение целибата духовенства, за который боролись еще клюнийские монахи. С этого времени целибат официально вводится по всей Западной Европе. Однако искоренить симонию и решить проблемы инвеституры Льву IX не удалось.
Тем не менее клюнийские реформы и реформы папы Льва IX привели к определенным изменениям в церковной жизни Западной Европы. Все больше углубляются теолого-догматические расхождения между православием и католицизмом.
В конце 50-х гг. XI в., также в контексте клюнийских реформ, в Италии оформляются новые этапы обновления Церкви Запада. В реформу включаются римские реформаторы, которые в первую очередь ставят вопрос о светской инвеституре, т.е. об освобождении Церкви от светской власти. Они считали, что надо начинать борьбу не с симонии, а именно с инвеституры, потому что именно в ней они видели истоки симонии. По их убеждению, ликвидация инвеституры приведет к исчезновению симонии. В 1059 г. на Латеранском соборе в Риме один из главных вождей реформаторского движения этого времени клюнийский монах Гильдебранд (будущий папа Григорий VII) добивается принятия решения о новом порядке выбора пап.
Гильдебранд предлагает такую систему, которая должна была исключить вмешательство светской власти в избрание папы. По предложению Гильдебранда, папы должны избираться только кардиналами, без вмешательства императора или какой бы то ни было иной светской власти.
Гильдебранд, став папой под именем Григория VII (1073-1085), продолжал действовать в рамках клюнийских реформ, но уже на более высоком уровне, решительно и целенаправленно. Он начинает осуществлять программу папской теократии: верховенства папской власти над властью светских государей. Проводя свои реформы, Григорий VII вступил в ожесточенную борьбу с германскими императорами, как носителями высшей светской власти. Особенно непримиримой была борьба Григория VII и императора Генриха IV. В этой борьбе Григорий VII, талантливый реформатор, первое время одерживал победы. Он практически заставил Генриха IV отказаться от вмешательства в дела духовной власти и признать духовную инвеституру. Борьба между папой и императором была длительной: то папа отлучал императора от Церкви, то император собирал войска и посылал их против Ватикана. Широко известен знаменитый трагический эпизод в Каноссе (Северная Италия), которая была резиденцией Григория VII, когда перед замком, отлученный папой от Церкви, в рубище стоял на снегу босой император Генрих IV, ожидая решения своей участи (1077). Ему пришлось простоять так несколько дней, после чего он был допущен к папе. Начались переговоры. Папа и император пришли к согласию, но ненадолго. Вскоре борьба начинается вновь, и спор об инвеституре возобновляется с прежней силой. Однако папа и император вынуждены были пойти на взаимные уступки: император вручает епископу скипетр, как знак светской власти, а папа - кольцо и посох, как знаки власти духовной.