Учение катаров сложно. В нем были сильны дуалистические представления. Многое в учении катаров заимствовано у болгарских богомилов, или павликиан, учение которых уходило корнями в древнейшие дуалистические религии Востока - прежде всего в манихейство и зороастризм, которые представляли мир как борьбу света и тьмы, добра и зла, где побеждает зло и тьма.
Помимо своего собственного учения, катары создали и свою церковную организацию, также, как и их учение, довольно сложную. Она состояла как бы из двух кругов. Первый круг, или внутренний круг, был кругом совершенных - perfecti. Им был предписан обязательный уход от мира и строжайшая аскеза. Они не должны были никак себя проявлять во внешнем мире. Второй круг, в который входило большинство катаров, был открыт во внешний мир. Все действия катаров второго круга, вплоть до выбора профессии, были в обязательном порядке предписаны их ересиархами. Катары второго круга являлись проводниками и связующим звеном между perfecti и внешним миром. Во внешнем мире perfecti имели еще и особых тайных агентов, от которых также получали нужную информацию обо всем, происходящем в Европе, в ее светской и церковной жизни.
На ранних этапах своего существования ересь катаров широко распространилась во всех странах Южной Европы, где катары часто сливались с другими ересями. Такое слияние, хотя и более ограниченное, характерно для катаров и в более поздние времена.
Другим еретическим учением, получившим широкое распространение, было хилиастическое учение Иоахима Флорского (Калабрийского) (1132-1202), монаха цистерцианца. Учение иоахимитов пользовалось огромным авторитетом в Европе ХII-ХIII вв. Это учение можно рассматривать как богословскую ересь. Центральным и важнейшим моментом в еретической теологии Иоахима Флорского было толкование учения о Св. Троице, которая рассматривалась им как мистическое воплощение трех эр мировой истории. Вначале господствовала власть Бога Отца, которой свойственна суровость и требование рабского себе подчинения. Эту эру «регулировал» древний закон Моисея, воплощенный в Ветхом Завете. Вторая эра - более мягкая - власть Бога Сына, основанная на Евангелии, Новом Завете. И третья эра - эра Святого Духа, или «вечного Евангелия» - царство подлинной любви, полной свободы и вечной справедливости. По учению Иоахима Флорского, это царство должно было наступить в результате вселенского переворота, причем очень скорого. Иоахим Флорский даже устанавливал его точные даты - между 1200 и 1260 гг.
Учение Иоахима Флорского отличалось строгостью, но в то же время обещало людям скорое избавление от страданий, причем не в горнем мире, а еще в земной жизни. Поэтому оно было таким привлекательным и обрело большую популярность в Европе. Это учение было близко учению Франциска Ассизского, также проповедовавшего «святую нищету» и аскетизм. Учение Иоахима Флорского выражало протест против социального и духовного гнета церкви и государства. Осужденное на Латеранском соборе в 1215 г., учение Иоакима Флорского в дальнейшем оказало влияние на учение и деятельность Т. Мюнцера.
В это же время в Европе получает широкое распространение и влияние ересь вальденсов, основателем которой был богатый лионский купец Пьер Вальд. Отказавшись от привычного ему образа жизни, он начал проповедовать идеалы бедности и аскетизма. Его последователи, как это принято у всех еретиков, критиковали католический клир и католическую догматику. Они отрицали трехчастное представление о загробном мире, т.е. отрицали чистилище. Они отрицали большинство церковных таинств, отрицали иконопочитание, богослужение, культы святых, церковную иерархию, церковную десятину, налоги, воинскую службу, феодальный суд, смертную казнь и т.д. Очень многие положения из учения вальденсов сближали их с катарами. Поэтому не случайно в конце XII в. катары и часть вальденсов, которые проповедовали в Южной Франции, объединились и получили общее название альбигойцев. Это название происходит от южно-французского города Альби, бывшего центром французских катаров.
В XIII в. секта вальденсов, как самостоятельная, распалась, но они не исчезли, а ушли в другие секты. Часть из них пошла на сближение с официальной католической Церковью и осталась в истории под названием «католических бедняков». Католическая церковь признала некоторые особенности их культа и право на проповедь.
Другая часть вальденсов переселяется в немецкие земли, Австрию, Чехию, Польшу, и там в XIV в. это учение широко распространяется среди крестьян и мелких городских ремесленников. Часть вальденсов, стремившаяся к монашескому, отшельническому идеалу, не сливалась с другими сектами, а ушла в труднодоступные места Западной Европы. Таких мест в ту пору было немало в Швейцарии и в Савойе.