Этот новый механизм борьбы с ересями начал разрабатываться папой Иннокентием III и его последователями. Нищенствующие ордена воплощали новое воззрение на монашескую аскезу, которое отчасти восходило к идеалу регулярных каноников. Первый нищенствующий орден - орден францисканцев создан в Италии. Основателем его был сын богатого купца из Ассизи - Франциск Ассизский (1181/2 - 1226). Он странствовал по Италии, питаясь милостыней, и его идеалом была «госпожа Бедность». Очень быстро Франциск обрастает последователями, которых называют миноритами, т.е. «меньшими братьями». От своих учеников Франциск Ассизский требовал отказа не только от богатства, но и от какого бы то ни было имущества, жизни милостынью, аскезы и послушания. Франциск Ассизский критиковал монашество, но при этом не отрицал монашества как института. Он только призывал монахов покинуть стены монастыря и начать жить так, как живет францисканский орден - милостыней, проповедью и послушанием в миру. После смерти Франциск был канонизирован католической церковью. К середине XIII в. францисканский орден отошел от первоначальных идеалов и превратился в один из самых богатых монашеских орденов, и во главе его стоял уже не бедняк и бродяга «не от мира сего», но генерал, назначенный папой. Одной из основных задач ордена становится борьба с ересью. Орден быстро распространился по всей Европе, и в XIII в. в нем уже насчитывалось более тысячи богатейших монастырей некогда нищенствующего францисканского ордена. Кроме борьбы с еретиками, этот орден занимался подготовкой католических богословов, а также играл большую роль в политике и дипломатии папства.
Второй нищенствующий орден - орден доминиканцев - возникает в XIII в. в Испании и получает название также по имени своего основателя - монаха Доминика (1170-1221) (в миру Доминик де Гусман). Этот орден сразу же, с момента своего основания подчиняется папе. Доминиканцы придавали большое значение искусству проповеди и схоластическим богословским спорам. Братья-проповедники (так называли доминиканцев) при поддержке папы очень скоро заняли богословские кафедры крупнейших университетов Европы. Из доминиканского ордена вышли крупные теологи, такие как Альберт Великий и Фома Аквинский. Доминиканцы играли огромную роль в политике папства, но главной их задачей была борьба с ересью. На их знамени была изображена собака с факелом в зубах, а самих себя они называли псами Господними, выгрызавшими ересь. Некоторые исследователи считают, что доминиканцы и были создателями, по приказу папы, инквизиции. Другие исследователи считают, что большинство инквизиторов были доминиканцами. Сорбонна, богословский факультет Парижского университета, возглавляемая доминиканцами, становится высшим судом в определении отклонения неортодоксальных учений от ортодоксальных. Доминиканцы и лично сам Доминик приняли непосредственное участие в подавлении движения альбигойцев.
Оба «нищенствующих» ордена широко занимались политикой и дипломатией, а также экспансией католицизма. Особенно преуспел на этом поприще орден доминиканцев. Вектор экспансии был направлен на Восток. В XIII в., еще до татаро-монгольского нашествия, доминиканцы основывают под Киевом свой монастырь. Они проникают в Китай, Японию и другие восточные страны.
Однако ни преследования еретиков, ни инквизиция, ни нищенствующие ордена не привели к обновлению, реформированию католицизма и не смогли предотвратить кризис папства в XIV-XV вв. Еретические движения ХII-ХIII вв. способствовали ослаблению его авторитета. Во времена борьбы с еретиками происходит серьезное событие, которое повлекло существенные изменения ситуации.
XIV век - время формирования и создания централизованных государств. Если раньше короли находились в духовно-политической зависимости от главы Ватикана, то теперь, когда формировались национальные государства, король пытался освободиться от папской зависимости. Первым такую независимость от папского престола продемонстрировал король Франции Филипп IV Красивый (1285-1314), который уничтожил во Франции орден тамплиеров. При Ватикане и при королях существовал постоянно действующий корпус юристов, который был чрезвычайно влиятелен. Один из юристов короля Филиппа, Ногарэ, в ходе конфликта между Филиппом и папой Бонифацием VIII нанес пощечину главе римско-католической церкви. Бонифаций VIII не перенес позора и вскоре скончался. После этого Филипп IV, чей авторитет в Европе стремительно возрастал, переносит резиденцию пап из Рима во Францию, в г. Авиньон. Так начинается 70-летнее «авиньонское пленение пап» (1309-1378). После переноса папской резиденции в Авиньон Филипп тут же назначает папу французского происхождения - Климента V. В этот период папы немало способствуют укреплению королевской власти и созданию единого централизованного государства во Франции.