Этим целям служила и основанная на республиканских принципах кальвинистская церковно-политическая организация. Институт священства упразднялся. Община верующих избирала пастыря, пресвитеров, ведавших административными делами, и дьяконов, занимавшихся сбором и распределением милостыни. Высшим органом кальвинисткой церкви была консистория, которая ведала не только церковными делами, но и подчиняла и светскую власть. В Женеве, в 1536 г., Кальвин практически установил теократию, причем в самой жесткой форме. Это вызвало недовольство влиятельной буржуазии, заставившей его покинуть Женеву. Тем не менее в 1541 г. те же круги, которые изгоняли Кальвина из Женевы, вынуждены были попросить его вернуться обратно. Это означало, что кальвинистская Реформация одержала там полную и окончательную победу. До конца своей жизни Кальвин пользовался самой неограниченной властью над городом и близлежащими кантонами, и над всей кальвинистской церковью, которая все шире распространялась и на самые удаленные кантоны Швейцарской конфедерации.
Кальвина не без основания называли «женевским папой». Как и в своих богословских учениях (в частности, об абсолютном предопределении), он был таким же нетерпимым во всем - в человеческих отношениях, в том числе по отношению к своим бывшим друзьям гуманистам. Когда начали выходить книги Франсуа Рабле о похождениях Гаргантюа и Пантагрюэля, Кальвин разразился самой непристойной бранью в адрес автора. Такой же бранью он разражался и в адрес других гуманистов, своих бывших друзей, и по отношению к своим единомышленникам реформаторам. Он был человеком резким и абсолютно нетерпимым ко всякого рода инакомыслию, и часто вел себя как настоящий католик-инквизитор. По его личному настоянию в 1553 г. на костре был сожжен испанский ученый, врач и гуманист Мигель Сервет, который отвергал учение о Троичности Бога. Столь же жестоко он обращался и с анабаптистами. В Женеве были введены самые жестокие порядки. Очень скоро при Кальвине Женева и многие кантоны превратились в самую молчаливую, замкнутую и «зажатую» часть страны. На этих территориях не только была запрещена всякая роскошь, но даже количество и качество женских украшений и платьев было строго регламентировано. Были запрещены празднества, народные увеселения. При Кальвине высшей добродетелью была ультрапуританская строгость нравов, преследовалось самое малейшее отклонение от нормы (установленной самим Кальвином), поощрялась бережливость, накопление. Один из исследователей писал, что действия Кальвина выжгли духовность Швейцарии на несколько столетий, при нем иссяк ее творческий родник. Только двести лет спустя, в конце XVII в., на этой выжженной почве появился первый ее цветок - Жан-Жак Руссо.
В Англии Реформация началась значительно позже, чем на континенте - во время правления Генриха VIII, в 30-е годы XVI в. Реформационные идеи в Англии начали оформляться еще в XIV в. Идеологом ранней английской бюргерской Реформации был Джон Виклеф. Виклеф отрицал пиетет папства и требовал секуляризации земель.
В Англии XVI в. Реформация началась сверху, исходила от короля. Главной целью королевской Реформации являлось освобождение от Ватикана и прямое подчинение английской церкви королю. Важное, если не главное, значение имело стремление короля секуляризировать монастырские земли.
Английская буржуазия была заинтересована в «дешевой и простой» церкви. Богатые церковно-монастырские земли не давали покоя светским феодалам. Весь этот комплекс причин положил начало английской Реформации.
Поводом к Реформации послужил отказ папы Римского расторгнуть брак Генриха VIII с Екатериной Арагонской, что позволило бы королю вступить в новый брак с фрейлиной королевы Анной Болейн.
Екатерина Арагонская приходилась теткой Карлу V Габсбургу, католическому оплоту в Германии. Поэтому неудивительно, что папа был на ее стороне, и развод не санкционировал. Развод Генриха VIII с Екатериной Арагонской был оформлен английским парламентом, после чего Генрих женился на Анне Болейн. В 1534 г. Генрих VIII издает «Акт о супрематии», которым король объявляется главой Английской церкви. Отношения с Ватиканом были решительно разорваны. «Акт» Генриха VIII не был проявлением борьбы с католицизмом, он знаменовал, в первую очередь, борьбу с папой. В «Акте» специально оговаривалась неприкосновенность всех католических догматов и обрядов. Менялся глава церкви - место папы занял король. Католический епископат оставался опорой складывающейся в это время в Англии новой формы монархии - аболютизма. Новая английская церковь, отрицая главенство папы, уже перестала быть абсолютно католической, но еще не стала протестантской. Она получила название англиканской, и англиканство, на первых порах, заняло среднее положение между католицизмом и протестантизмом.