При Генрихе II (1519-1559) создается чрезвычайный трибунал, получивший название «Огненной палаты», специально для борьбы с кальвинистским движением.
Несмотря ни на Сорбонну, ни на «Огненную палату», Реформация во Франции распространялась, находя сторонников и в городах, и в деревнях. В середине XVI в. на Юге страны широко распространился кальвинизм. На Юге, издавна считавшемся котлом ересей, к кальвинизму присоединились наемные рабочие, ремесленники, дворянство. На Севере кальвинизм получил значительно меньшее развитие (Нормандия).
Французские протестанты получили название гугенотов.
К концу XVI в. Север и Юг Франции окончательно размежевываются на два вероисповедания. Такое размежевание привело к созданию двух религиозно-политических партий, оказавших в дальнейшем серьезное влияние на характер государственного развития страны.
Ведущим реформационным направлением на Севере было лютеранство. И на Севере же создается крупная католическая партия, которую возглавили герцоги Гизы. Эта партия определяла политику короля и жизнь страны. Кальвинистская или гугенотская партия возглавлялась на юге страны домом Бурбонов. Лидерами гугенотов были король Наварры Антуан Бурбон, его сын Генрих (будущий французский король Генрих IV) и принц Конде, а также представитель старинного французского рода Шатильонов адмирал Гаспар де Колиньи.
Гугенотское движение дало видных теоретиков Реформации - историка де Ту и поэта Агриппу д'Обинье. Они были сподвижниками и единомышленниками Генриха Наваррского.
Религиозное размежевание страны привело к длительным (1562-1598 гг.) гражданским войнам, которые принесли стране огромные бедствия. Кровавым и страшным символом этих почти 40-летних войн стала Варфоломеевская ночь 14 августа 1572 г., когда было уничтожено значительное число протестантов и католиков Франции.
Гражданские войны не прекращались до конца XVI в., пока Генрих Наваррский, ставший королем Франции Генрихом IV (1589-1610) (с ним к власти во Франции пришла династия Бурбонов), не издал Нантский эдикт (1598), уравнявший религиозные, государственные и политические права гугенотов и католиков. После подписания Нантского эдикта через три года во Франции прекратились гражданские войны. В 1685 г., при Людовике XIV, Нантский эдикт был отменен, и гонения на гугенотов возобновились. Гугеноты, к тому времени составлявшие экономическую основу страны, бежали за границу, в Англию и Голландию.
В первой половине XVI в. Реформация распространилась в Англии, в Шотландии, в Скандинавских странах. Она проникла во Францию, Польшу и Венгрию. Католическая церковь терпеть такую ситуацию долго не могла, поэтому она перешла в наступление на реформационное движение. Одним из основных механизмов борьбы были соборы. Папа в 1545 г. созывает Тридентский собор, который заседал, с перерывами, до 1563 г. Этот собор провел некоторые реформы, его решения имели довольно значительные последствия. Тридентский собор запретил плюрализм, т.е. сосредоточение в одних руках нескольких церковных бенефициев, и абсентеизм - получение доходов с церковных должностей лицами, которые не исполняют эти должности. Был несколько сокращен аппарат папской курии. На последнем заседании собора взяли верх «ультрамонтане», наиболее реакционные прелаты-иезуиты, выступившие против любых изменений в догматике, требовавшие запретить чтение Библии на национальных языках и возврата к Библии на латинском языке (Вульгате), выступившие против изменений в организации католической церкви. Под их влиянием собор подтвердил все догматы католицизма, в том числе и принцип папского верховенства.
Но попытки вернуть курии прежнее господство над епископатом и светскими властями встретили сопротивление ряда католических государей и закончились полным провалом. Используя решения собора и опираясь на иезуитов, папство на какое-то время смогло упрочить свое положение, укрепить церковную организацию и сохранить позиции католицизма даже в тех странах, где прежде имела успех Реформация. В самом Риме был создан инквизиционный трибунал, который возглавил борьбу с ересями в католическом мире. Жертвами этого трибунала стали очень многие инаковерующие и инакомыслящие.
По решению Тридентского собора был составлен «Индекс запрещенных книг», в который попали сочинения многих европейских гуманистов (в частности, «Гаргантюа и Пантагрюэль» Франсуа Рабле).
Создается боевой орден католической реакции, орден иезуитов. Основателем этого ордена был Игнатий Лойола (1491-1556) - воинственный испанский идальго, получивший тяжелое ранение на поле битвы, лишившее его возможности продолжать военную карьеру. После ранения Лойола решил посвятить себя служению Иисусу и, в частности, борьбе с ересями. Изучать богословие он отправился в Сорбонну, где какое-то время спустя создает «Общество Иисуса». В 1540 г. папа утверждает устав нового ордена и берет его под свое покровительство. Иезуиты давали 4-й обет монашества: сугубое послушание папе. Благодаря иезуитам в католической церкви распространился обычай тайной исповеди. Орден иезуитов получает строго организованное устройство. Его генерал (первым генералом был Игнатий Лойола) вместе с совещательным органом - советом ордена - жил в Риме, руководя оттуда «провинциями ордена». Иезуиты раскинули свои сети по всему миру, включая не только католические окраины Европы, но и некатолические, и даже не христианские страны. В отличие от других монашеских орденов, члены ордена иезуитов жили в миру и вели светский образ жизни, выступая в роли политиков, дипломатов, придворных, воспитателей, врачей и т.п. Ради торжества дела Христова они выполняли задания ордена, руководствуясь знаменитым принципом «цель оправдывает средства». В своей деятельности они пользовались любыми средствами - лестью, ядом, интригами, клеветой, заговорами и убийствами. Отпущение грехов им было обеспечено заранее.