Та война, которая вошла в историю как Великая Крестьянская война под руководством Томаса Мюнцера, началось в феврале 1525 г. в Швабии, откуда она перебросилась в другие немецкие земли. С самого начала войны среди участников и руководителей ее не было единства. Руководители отдельных военных отрядов по-разному понимали «божественное право»: одни понимали его как установление полного социального равенства, другие - как ликвидацию крепостной зависимости. Весной 1525 г. создается в Швабии крестьянская организация «Христианское объединение». В Швабии действует и другое, враждебное ему объединение - бюргерский «Швабский союз».
Поскольку «Швабский союз» был гораздо сильнее «Христианского объединения», представители последнего решили пойти на переговоры со «Швабским союзом», подготовив для этого идейную платформу - знаменитые «Двенадцать статей». Эта программа была разработана цвинглианскими реформаторами. «Двенадцать статей», обоснованные Св. Писанием, подчеркивали мирный характер намерений и требований крестьян, но некоторые из них в глазах светских и духовных феодалов носили далеко не мирный характер. В этот документ были включены реформационные статьи: необходимость Реформы Церкви, обязательная выборность и сменяемость священников.
«Двенадцать статей» еще раз продемонстрировали тесную связь Крестьянской войны и движения Реформации. Наряду с реформационными требованиями в «Двенадцать статей» были включены и экономические требования, в первую очередь необходимость отмены крепостного права. Несмотря на свою умеренность, требования «Двенадцати статей» касались самых злободневных вопросов крестьянской жизни и стали общей программой восставшего немецкого крестьянства. Однако наиболее революционно настроенная часть крестьян не была удовлетворена этой программой и отказалась от нее, начав действовать и бороться за революционные преобразования в Германии в духе «Статейного письма», более революционной по характеру программы Крестьянской войны.
«Швабский союз» не смог уничтожить «Христианское объединение» в Швабии. В германских землях все более сгущалась грозовая атмосфера, назревала необходимость вооруженной борьбы, которую и начал «Швабский союз» весной 1525 г. Основные силы восставших крестьян в Швабии были разбиты. Тогда «Швабский союз» перенес свои действия в другие немецкие земли, где бушевала Крестьянская война - во Франконию. Здесь в это время действовали несколько повстанческих соединений, в руководство которых проникло зажиточное бюргерство со своей умеренной программой, умеренной тактикой и стратегией. Был создан сводный отряд восставших под руководством получившего печальную известность рыцаря Геца фон Берлихенгена, которому спустя века посвятит свою поэму Гете. После назначения Геца фон Берлихенгена руководителем сводного отряда он предал восставших крестьян. После этого революционно настроенные руководители были оттеснены умеренными бюргерами, использовавшими крестьянскую войну для реализации своей собственной, бюргерской программы.
Вместо общепринятой программы «Двенадцати статей» бюргерским руководством была подготовлена новая программа, получившая название Гейльброннской программы. Это был, в первую очередь, проект имперской реформы, направленной против немецких князей. Гейльброннская программа предлагала лишить князей их титулов, независимости и превратить немецкого князя в обыкновенное должностное лицо государства. Не отвергая сословных привилегий, программа вводила общее для всех «естественное и Божеское право» и обеспечивала политическое влияние бюргерства. Как и в «Двенадцати статьях», в этой программе на первом месте стояли реформационные требования: выборность пастырей, их ответственность перед паствой, лишение духовенства светской власти, закрытие монастырей, роспуск монашеских и духовно-рыцарских орденов, секуляризация церковной, прежде всего земельной, собственности. Гейльброннская программа намечала ряд буржуазных преобразований: введение во всех немецких землях единой монеты, отмену внутренних таможень, ограничение торгово-ростовщического капитала и др. Эта бюргерская программа была направлена на создание единого немецкого государства.
После того, как на территорию Южной Франконии вторглись войска «Швабского союза», Франкония становится вторым, после Швабии, театром военных действий. Как и в Швабии, здесь вновь предает восставших Гец фон Берлихинген, а также некоторые другие руководители войны. Предает восставших и патрициат. Восставшие терпят поражение, за которым следует жестокая расправа. Летом 1525 г. восстание во Франконии было подавлено. После того, как очаг военных действий был погашен во Франконии, он снова разгорается в Швабии. Тем же летом 1525 г. война заканчивается.