Весной, до того, как война под руководством Томаса Мюнцера была окончательно проиграна, Мюнцер планировал сделать главным регионом Крестьянской войны Северную Франконию и Тюринго-Саксонские районы. Здесь война проходила организованно, военными действиями руководил сам Мюнцер. Но осуществить свои замыслы ему не удалось. Против него выступили средне-германские князья, и основным театром военных действий снова стала Швабия. Во время нового периода войны Мюнцер был тяжело ранен, захвачен в плен и после жестоких пыток казнен.
После гибели Мюнцера военные действия еще продолжались в глухих местах Священной Римской империи - в альпийских владениях Габсбургов крестьянские выступления были довольно значительными. В Тироле вспыхнуло крестьянское восстание, которое возглавил сподвижник Мюнцера, один из выдающихся руководителей Крестьянской войны Михаил Гайсмайер, вместе со своими соратниками мечтавший создать в Тироле народную республику. Первое время Михаил Гайсмайер вел удачные войны с постоянно действующим «Швабским союзом». Но «Швабский союз» был сильнее, и несмотря на свои удачи Гайсмайер был вынужден отступить в Венецианскую область, где начал готовиться к новому наступлению, которое, однако, не удалось осуществить - в 1530-х гг. Гайсмайер погибает от руки убийцы, подосланного Габсбургами.
Летом 1525 г. Великая Крестьянская война под руководством Томаса Мюнцера заканчивается поражением. Причины ее поражения типичны для любой крестьянской войны: отсутствие союзников, разобщенность в действиях, локальность, отсутствие единого центра и т.п. Потеря выдающихся руководителей Томаса Мюнцера и Михаила Гайсмайера сыграла существенную роль в общем поражении этой изначально обреченной войны.
В начале XV в. в Чехии развернулось широкое оппозиционное движение против католической церкви и прежде всего немецкого засилья. Чехия входила в состав Священной Римской империи, была ее окраиной, и хозяйничали здесь немцы. Во главе чешского оппозиционного движения становится профессор, ректор Пражского университета Ян Гус (1371-1415).
Как и крестьянская война под руководством Т. Мюнцера и М. Гайсмайера, движение, возглавляемое Яном Гусом, также проходило в рамках Реформации. В своих проповедях и лекциях Ян Гус требовал коренной реформы Церкви и резко обличал класс богатых. Это создавало ему широкую популярность среди обездоленных масс, но с другой стороны, настраивало против него представителей того общественного класса, к которому он сам принадлежал. Гус был хорошо известен не только как обличитель богатых, но и как проповедник-реформатор, причем он проповедовал, в основном, среди крестьян и бедноты, всеми своими помыслами и чаяньми обратившись к защите обездоленных и угнетенных. В качестве реформатора он считал неприемлемым очень многое в практике католической церкви - например, индульгенции. Он также призывал к отмене платы за церковные требы, обличал симонию духовенства, с которой еще в XI в. начали бороться клюнийские монахи. Естественно, Ян Гус не мог пройти мимо наболевшего для Чехии национального вопроса, выступая против немецкого засилья во всех областях общественной жизни Чехии.
Ян Гус перевел Библию на чешский язык. У него были многочисленные и очень талантливые последователи и ученики. Как это часто бывает, ученики Яна Гуса оказались настроенными еще более радикально, чем их великий учитель. Среди самых ярких, выдающихся последователей Гуса следует назвать Иеронима Пражского (1380-1416), который относился к радикальному крылу его последователей. Он призывал уже не к реформационным преобразованиям католического мира, а к расправе над католическим духовенством. Иероним Пражский отвергал иконы, св. мощи, католические обряды и т.д. Он отвергал католицизм in tota.
Папа Римский обвинил Яна Гуса в ереси и потребовал его выдачи и самого сурового наказания. В 1414 г. Ян Гус был вызван на Констанцский собор. Он отправился туда, имея при себе охранную грамоту, которая была ему выдана императором Священной Римской империи Сигизмундом I. Папа не принял во внимание охранную грамоту. На соборе Яна Гуса даже не стали слушать. Его обвинили в ереси, арестовали и сожгли в Констанце в 1415 г. Та же участь постигла и его ученика, Иеронима Пражского.
Таким образом, гуситское движение, которое развернулось в это время в Чехии, потеряло своего лидера. В ответ на расправу с Яном Гусом по всей Чехии прокатились волнения. Дворянство направило протест Констанцскому собору. Народные проповедники в Чехии начали по-своему интерпретировать учение Гуса, придавая ему более радикальную направленность, в своих проповедях сближая Гуса с радикально настроенным Иеронимом Пражским.