Уже после смерти Яна Гуса, на горе Фавор близ Прати собралось несколько десятков тысяч крестьян, и летом 1419 г. начинается вооруженная борьба гуситов и католиков. В столице Чехии, Праге, поднимается городской плебс. Каждый месяц в восстание втягивались новые и новые города и деревни Чехии. В одних городах гуситы одерживали победу, в других терпели поражение от католиков, в третьих побеждал пронемеций патрициат. В это время происходит событие, изменившее ход гуситского восстания - умирает король Чехии Вацлав IV (1361-1419), и королем Чехии объявлен его брат - император Священной Римской империи Сигизмунд I (1419-1421). Но Чехия не приняла Сигизмунда, и в конце 1419 г. по стране прокатывается новая волна восстаний. В 1420 г. папа объявляет Крестовый поход против гуситов, во главе которого встал император Сигизмунд I. В Чехию вторгаются немецкие крестоносцы. Тогда в окрестностях Праги гуситы под руководством выдающегося полководца Яна Жижки (1360-1424) вступают в сражение с немецкими крестоносцами и одерживают победу.
Первый Крестовый поход против гуситов окончился неудачей, а проблема престолонаследия в Чехии осталась нерешенной. По Чехии снова прокатывается волна восстаний, и в 1421 г. папа объявляет Второй Крестовый поход против гуситской Чехии. И на этот раз армии Яна Жижки снова удалось обратить крестоносцев в бегство. Но в одном из сражений Ян Жижка был ранен и в результате ранения ослеп. Тем не менее он продолжал руководить движением гуситов.
В 1419 г. единый до этого времени лагерь гуситов раскололся на два крыла - умеренное и революционное. Умеренное крыло представили собой так называемые чашники (они требовали причащения из чаши для всех мирян, а не только для духовенства). По социальному составу это была чешская шляхта, панство, патрицианская верхушка городов. Программа чашников изложена в документе «Четыре пражские статьи», составленном в реформационном духе. Главное требование в этой программе - богослужение на чешском языке, одинаковое причащение для мирян и духовенства, лишение духовенства привилегий и бесплатные церковные требы.
Гуситы, принадлежащие к революционному крылу, называли себя таборитами (от названия горы Табор). В 1420 г. в южной Чехии возле этой горы был основан город с таким названием, ставший центром революционного движения гуситов. По социальному составу табориты были крестьяне, а также часть бюргерства и городской плебс. К таборитам примкнула и часть обедневшего дворянства. В программу таборитов входила не только реформа церкви, но и переустройство всей общественно-политической системы Чехии. Будущее государство представлялось им как царство равенства. Они требовали свободного толкования Св. Писания, уничтожения всех преимуществ католического культа, уничтожения католических церквей и монастырей в Чехии и секуляризации церковно-монастырской собственности. Табориты выступали против культа святых и почитания мощей, не признавали пышного облачения священнослужителей и считали, что богослужебный обряд может совершать любой человек, знающий Писание - даже женщина.
Такое радикальное настроение обычно не выдерживает собственного напряжения, и в лагере таборитов начался неизбежный раскол. Табориты раскололись на умеренных и радикально-хилиастических. Представители хилиастического направления учили о скором наступлении Царства Божия на земле, установлении социального равенства, отрицали собственность и семью. В ходе раскола хилиасты были изгнаны из табора умеренными таборитами, главой которых становится Ян Жижка. Многие руководители хилиастов, обвиненные в ереси, были сожжены.
Все эти расколы подрывали революционное движение в Чехии в целом. К тому же между чашниками и таборитами шла постоянная идеологическая борьба, которая порой заканчивалась вооруженными столкновениями. Чашники попытались убить Яна Жижку, но попытка не удалась. Волнения в Чехии не прекращались, и это были уже волнения не только против католиков или немецкого засилья, но и между самими гуситами. В 1422 г. организуется Третий Крестовый поход против гуситов. Он также потерпел неудачу, но при этом борьба между чашниками и таборитами вспыхнула с новой силой, углубляя раскол в гуситском движении. В 1424 г. табориты под руководством Яна Жижки нанесли чашникам жестокое поражение. Вскоре Ян Жижка умирает от чумы, и его преемником становится Прокоп Большой, один из крупнейших деятелей гуситского и реформационного движения Чехии. Под его руководством табориты одержали множество побед над иноземными, главным образом, немецкими войсками. В 1427 г. они разгромили войска императора Сигизмунда I, и после этого, в том же 1427 г. папа направляет в Чехию Четвертый Крестовый поход, который также терпит полный провал. После победы над крестоносцами гуситское войско покидает пределы своей страны и входит на территорию немецких земель в Австрию и в Венгрию. Гуситы доходят до Балтики, неся с собой идеи гуситской революции и гуситской Реформации, которые католики называли «богемским ядом».