После гибели Валленштейна объединенные императорские и испанские войска вели бои со шведами на территории между Дунаем и Майном. В сентябре 1634 г . шведам, покинутым своими саксонскими «союзниками», было нанесено тяжелое поражение в битве при Пёрдлингене, вслед за чем победившие императорские и испанские войска начали опустошительный поход по территориям протестантских князей в Западной Германии. Среди немецких протестантских князей началось движение за примирение с императором. Теперь, наконец, Франция решила вмешаться в войну и возглавить антигабсбургскую коалицию.
После Пёрдлингенской битвы и последовавшими за ней событиями соотношение сил воюющих стало меняться в пользу Габсбургов. Саксонский курфюрст заключил в Праге с императором мир, к которому затем присоединились и другие протестантские князья. По условиям этого мира император сделал немецким князьям ряд уступок, важнейшая из которых заключалась в отказе от проведения реституционного эдикта в Саксонии и в тех немецких княжествах, которые присоединятся к Пражскому миру. Саксонский курфюрст получил и некоторые территории, причем в перешедшей к нему части Силезии, как и в других своих землях, он имел право ввести протестантизм. Пражский мир 1635 г . продемонстрировал новую тактику Габсбургов, рассчитанную на отрыв немецких протестантских князей от Швеции и Франции. Перспектива усиления Габсбургов в Германии побудила Францию в том же 1635 г . возобновить свой союз с Швецией и открыто вступить в войну. К франко-шведскому союзу вскоре присоединились республика Соединенных провинций, Савойя и Венеция, Перевес сил антигабсбургской коалиции становился очевидным.
В последнем, самом длительном периоде Тридцатилетней войны было сравнительно мало крупных сражений, преобладали бои местного значения, шедшие с переменным успехом.
В 1640-1645 гг. определилось господствующее положение шведов в Северной Германии и французов на Рейне и в Южных Нидерландах. Талантливый шведский полководец Торстентсон одержал крупную победу над императорскими войсками во втором сражении при Брейтенфельде 2 ноября 1642 г . Шведы заняли также ряд пунктов в Силезии и в Моравии. В Южных Нидерландах французские войска под командованием принца Конде одержали верх над испанцами и нанесли им в 1643 г . поражение при Рокруа. Осложняющим моментом в ходе военных действий было то, что Швеция, стремившаяся к господству на Балтийском море, вступила в 1643 г . в войну с Данией, продолжавшуюся около двух лет (1643-1645). Франция, испытавшая в эти годы некоторые военные затруднения в Юго-Западной Германии, была заинтересована в прекращении шведско-датской войны и освобождении сил Швеции для борьбы с Габсбургами, Поэтому Мазарини, преемник умершего в 1642 г . Ришелье, содействовал заключению мира между Данией и Швецией, по которому последняя, получив острова Эзель и Готланд, укрепила свои позиции на Балтийском море.
После мира с Данией шведская армия стремительно направилась на юг; в марте 1645 г . она нанесла решительное поражение императорским войскам при Янкове в Южной Чехии и проникла в австрийские земли, расположенные севернее Дуная. В дальнейшем перед шведской армией стояла задача форсировать Дунай и создать вместе с французскими войсками угрозу Чехии, Австрии и Западной Венгператорских войск, но и в значительной степени из-за тактики Мазарини, который, продолжая политику Ришелье, не хотел допустить победы шведов, равно как и торжества их протестантских союзников в Германии. Мазарини вступил в переговоры с Максимилианом Баварским и заключил с ним сепаратный мир, что задержало вторжение шведских войск в Чехию. сепаратный мир между Францией и Максимилианом Баварским соблюдался, однако, недолго. Шведская армия после возобновления союза Швеции с Саксонией вновь развернула наступательные операции в Чехии, продвигаясь к стенам Праги, и в Верхней Австрии. Энергичное сопротивление шведам оказало население чешских городов, особенно Праги, где шведы были задержаны длительными и упорными боями. К концу Тридцатилетней войны чехи убедились, что как австро-испанская, так и шведско-французская армии занимаются преимущественно грабежом населения. В Чехии развернулась партизанская война, усилившаяся также во многих районах Германии, опустошенных «своими» и чужими армиями.