Большое значение Мюнцер придавал революционному подъему, нараставшему в горных районах не только Саксонии и Тюрингии, но и в соседних с Саксонией районах Чехии. Об объединении назревавшего в Германии революционного взрыва с движением в Чехии, где еще живы были революционные традиции таборитов, Мюнцер мечтал еще в 1521 г ., когда он, направляясь в Прагу, посетил горные районы Северо-Западной Чехии, в том числе и прославившийся тогда новый горный город Яхимов. Особенностью народного движения в горных районах как Чехии, так и соседних германских земель была его направленность против режима на промыслах, обеспечивавшего установившим его герцогам и графам значительную часть богатой добычи серебра и меди, но препятствовавшего свободному развитию этой переживавшей тогда эру бурного расцвета отрасли промышленности.
Во второй половине апреля 1525 г . Мюнцер считал, что объединение усилившегося антикняжеского движения в горных районах Саксонии и Северо-Западной Чехии с Крестьянской войной во Франконии и Тюрингии имело бы решающее значение в общей борьбе за устранение тиранов и угнетателей народа. В своем обращении к тюрингскому городу Альштедту Мюнцер призвал присоединиться к общему восстанию «деревни и города и особенно горнорабочих и других добрых друзей», т. е. другие слои горного населения, также заинтересованные в устранении княжеского режима. На такой широкой основе Мюнцер хотел создать в Тюрингии революционный центр для всей Крестьянской войны.
По призыву Мюнцера все его сторонники собрались у Франкенхаузена в Тюрингии и образовали здесь военный лагерь. Туда же из Мюльхаузена во главе вооруженного отряда прибыл и сам Мюнцер. Ближайшей задачей концентрировавшихся у Франкенхаузена восставших было объединение (по плану Мюнцера) с сильнейшими отрядами франконских крестьян до прихода войск Трухзеса в Среднюю Германию, для того чтобы отбросить Трухзеса, разбить его войска, а затем слиться с остатками разгромленных сил крестьян в Южной Германии.
Наблюдая военные приготовления князей и попытки местных графов внести разложение в ряды восставших путем переговоров, Мюнцер старался поднять боевой дух Франкенхаузенского лагеря. Он призывал своих бойцов к стойкости и непримиримости и самым беспощадным образом пресекал проявления слабости и деморализации. С воодушевлением Мюнцер рисовал перед восставшими величественную картину «царства божия на земле», под которым он понимал справедливый общественный строй без князей, без господ и без эксплуататоров и призывал крестьян проникнуться сознанием великой цели, которую они призваны осуществлять, и действовать решительно, не боясь превосходящих сил врагов.
Князья Средней Германии спешно создали войско, которое под командованием ландграфа Филиппа обрушилось на Франкенхаузенский лагерь. В неравном бою 15 мая 1525 г . отряды восставших были разбиты. Мюнцер был схвачен и подвергнут жестокой пытке в присутствии князей, но никого из своих живых сторонников не выдал. После пыток он был казнен. 25 мая сдался Мюльхаузен, и движение в Тюрингии было подавлено.
После этого крестьянские силы продолжали еще некоторое время сопротивляться в славянских землях Австрии – Штирии, Каринтии и Крайне. Наиболее же ярким фактом после подавления восстания в основных германских землях была борьба крестьян в Тироле, где австрийский эрцгерцог был вынужден пойти им на уступки и созвать ландтаг.
Замечательным предводителем восставших крестьян Тироля, боевые действия которых продолжались в 1526 г . и позже, был Михаил Гайсмейер, революционер и мыслитель. В начале 1526 г . Гайсмайер составил для Тироля «Земское устройство» (Landesordnung) – программу коренных политических преобразований, один из выдающихся документов Великой Крестьянской войны. Цель этой программы – установление в Тироле народной республики на глубоко демократической основе. Наряду с общими антифеодальными требованиями «Земское устройство» Гайсмайера содержало пункты о демократизации суда, о призрении бедных за счет десятины, о роспуске монастырей и превращении их зданий в госпитали и приюты для детей. Предусматривалось, что государство, устранив и истребив господ и угнетателей народа, должно будет запретить крупные купеческие компании и развить большую хозяйственную деятельность по организации горного дела, по подъему сельского хозяйства и развитию новых культур, по строительству дорог и мостов. Государство должно регулировать использование полей, лугов и недр земли.