Бойня не остановила, а подхлестнула гражданскую войну. На юге полыхало восстание гугенотов. Не надеясь более на утверждение своей религии по всей стране, они создали нечто вроде государства в государстве, мощную политическую и военную организацию. Ее возглавил бежавший из Парижа и снова вернувшийся к протестантству Генрих Наваррский, человек умный и по убеждениям бывший куда ближе к «политикам», нежели к своим фанатичным братьям по вере.
После смерти Карла IX в правление бездетного Генриха III возникла опасность того, что после его смерти трон перейдет к ближайшему родственнику — Генриху Бурбону. Лидер католиков Генрих Гиз создал в 1576 г. в противовес организации гугенотов Католическую лигу, массовое движение с военной дисциплиной.
Напуганный ростом влияния Католической лиги Генрих III объявил главой Лиги самого себя, но парижане не доверяли ему. Король приказал стянуть в Париж войска. В ответ 12 и 13 мая 1588 г. столица покрылась баррикадами («День баррикад»). Король бежал из Парижа в Блуа, вызвал туда герцога Гиза и приказал убить его. Это вылилось во всеобщее возмущение католиков. Лига стала центром антикоролевского движения. Генрих III не только примирился с Генрихом Наваррским, но и бежал со своим окружением к нему в лагерь. Там он был убит в 1589 г. фанатиком-католиком. Генрих Бурбон стал по праву наследования королем Франции Генрихом IV (1589—1610). Союз Лиги с Филиппом II, введение в Париж испанского гарнизона возмутили национальное чувство французов. Со своей стороны, Генрих IV понял, что страна не примет короля-протестанта и в 1593 г. вторично перешел в католичество, сказав: «Париж стоит мессы» (месса, т.е. обедня, была отличительным признаком католичества). Действительно, в 1594 г. столица открыла ему ворота.
Умный и осторожный политик, Генрих IV стремился не репрессиями, а богатыми подарками умиротворить католических вельмож, в том числе Гизов. Удовлетворил он и своих союзников-гугенотов. В 1598 г. был издан Нантский эдикт, регулирующий религиозные и политические права гугенотов. Католическая религия объявлялась государственной, но протестантское богослужение разрешалось на территории всей страны, кроме Парижа и нескольких городов; протестанты получили право занимать любые государственные должности наряду с католиками. Но не забудем, что в XVI в. полное отделение религии от государства было еще невозможно, религия занимала слишком большое место в сознании людей. Поэтому любые религиозные права сопровождались политическими привилегиями. Гугеноты, по Нантскому эдикту, получили право созывать собрания, наподобие Генеральных штатов, держать при дворе своих представителей, а в залог выполнения эдикта им передавалось несколько крепостей, главной из которых был город Ла-Рошель на побережье Бискайского залива.