Террор Альбы вызвал ответную реакцию не только в протестантских, но и в католических регионах. Началось массовое народное движение, принявшее форму партизанской борьбы; участники ее назвали себя «гёзами». Во главе движения встал Вильгельм Оранский, умный, изворотливый политик. Вильгельм умело лавировал между умеренными, опиравшимися на городской патрициат, и крайними, искавшими поддержки у народных низов.
В 1572 г. ряд городов на севере открыл ворота гёзам. Вильгельм Оранский прибыл в Нидерланды с войсками, набранными в Германии. В ответ Альба прошел по стране, уничтожая все на своем пути. Генеральные Штаты Нидерландов объявили войну, но не Филиппу (формально они признавали его своим монархом), а Альбе. Вильгельм Оранский был избран статхаудером нескольких провинций, в частности Голландии, и ему были вручены верховное командование и высшая исполнительная власть. Жестокости Альбы не принесли ему победы и он был отозван в Испанию, но война продолжалась.
В 1579 г. произошел раскол. Юг страны признал испанское владычество, северные провинции заключили так называемую Утрехтскую унию, по которой союз северных провинций становился практически независимым государством. Провозглашалась свобода вероисповедания, но вместе с тем были запрещены публичные богослужения католиков. В 1581 г. была провозглашена Республика Соединенных провинций (часто называемая Голландией по крупнейшей из провинций). Война с Испанией продолжалась до перемирия в 1609 г., когда новое государство было фактически признано Испанией. Юг Нидерландов оставался под властью Испании.
Республика Соединенных провинций представляла собой довольно рыхлое образование. Каждая из провинций была почти независима во внутренних делах, формально имела своего статхаудера, но фактически большинство из них избирало одного общего, и он же был верховным главнокомандующим страны. Первым статхаудером стал Вильгельм Оранский, после его убийства испанским агентом республику возглавил его сын, и фактически власть в Республике Соединенных провинций стала наследственной в Оранской династии.
Формирование голландской нации началось, в сущности, только после Нидерландской революции. Разделение страны по религиозному признаку привело к тому, что возникло два народа — голландский и фламандский, говорящие на одном языке, но исповедующие разные религии.
Тридцатилетняя война (1618—1648) являлась одновременно и внутригерманским, и общеевропейским конфликтом. Внутри самой Германии, давно уже не обладавшей государственным единством, образовались две коалиции княжеств — Протестантская уния и Католическая лига. Конфликт между ними начался в Чехии, а потом распространился на всю Германию, и в этот конфликт втянулся ряд европейских государств. Католиков поддерживала, естественно, Испания, протестантов — Англия, Дания, Швеция, причем последние стремились и к захватам германской территории. Религиозная сторона дела явно уступала территориально-политической. Ряд протестантских князей оказывался союзниками императора-католика, а сам он иногда не поддерживал Католическую лигу, боясь ее усиления. Франция, управляемая кардиналом римско-католической церкви, поддерживала немецких протестантов, дабы ослабить австрийских и испанских Габсбургов. Война, в сущности, кончилась ничем. Был произведен не очень значительный передел территорий, Швеция и Франция усилили свое влияние в Германии, еще более ослабла общегерманская власть императора. Окончательно был подтвержден принцип: «Чья страна, того и вера», т. е. право князей определять религию своих подданных, знаменующее окончательную победу государства над церковью, политики над религией. Но это стоило Германии тридцати лет страданий, потери почти трети населения от военных столкновений, голода, эпидемий и падения рождаемости.