XVI—XVII вв. стали периодом рождения новой науки. Средневековая наука исходила из того, каким должен быть мир, созданный Богом. Поэтому основой ее были теология, наука о Боге, и логика, понимаемая как наука о вечных и неизменных законах разума, дарованного Богом человеку. В конце Средних веков произошел поворот от небесных к земным ценностям, рост интереса к земному, реальному миру — мы видели это на примере нового искусства, — произошло небывалое расширение пределов известного мира, — мы видели это на примере Великих географических открытий.
Новый взгляд на мир, отказ от привычных авторитетов воодушевляли создателей новой науки. Надо отметить, что первые из них были не столько создателями, сколько разрушителями старого. Средневековая медицина основывалась на изучении книг античных авторов. Немецкий врач и естествоиспытатель Парацельс (1493—1541) подверг все идеи древних критическому пересмотру, настаивал на непосредственном, не по книгам, изучении больных. При этом сам он объяснял все болезни нарушением в организме человека равновесия «элементов» — горячего и холодного, сухого и влажного, не чуждался алхимии.
Особо драматичной была история развития астрономии, ибо в этой сфере знания новые идеи натолкнулись на мощное сопротивление традиции. Великий польский ученый Николай Коперник (1473—1543) высказал предположение о том, что не Солнце обращается вокруг Земли, как это считалось тогда и находило подтверждение в Писании и трудах античного астронома Клавдия Птолемея, но Земля вокруг Солнца. Суть его научного подвига, однако, не в том, что он это предположил — подобные мысли высказывались еще в Античности, — а в том, что он математически доказал невозможность обращения Солнца вокруг Земли. Именно так, невозможность обращения Солнца вокруг Земли, ибо его описание движения Земли вокруг Солнца оказалось неточным. Он полагал, как и многие мыслители Средних веков и Возрождения, что круг есть идеальная фигура, поэтому в его картине Солнечной системы орбиты планет, в том числе и Земли, были круговыми. Только в начале XVII в. немецкий астроном Иоганн Кеплер (1571—1630) вывел законы движения планет, показав, что они перемещаются относительно Солнца по эллипсам.
Копернику было ясно, что его гелиоцентрическая (т.е. предполагающая центр системы на Солнце) система противоречит не только привычной геоцентрической (т.е. предполагающей центр на Земле), но и всей традиционной картине мира. Мы помним, что в Средние века пространство представляли себе неоднородным — самое святое место должно было располагаться в центре мира. Перемещение центра мира с Земли, где родился, умер и воскрес Христос, на Солнце как бы умаляло центральное событие всей мировой истории — Крестную Смерть и Искупление. Поэтому основной труд Коперника «Об обращении небесных сфер» был опубликован, согласно его воле, только после его смерти. Книге было предпослано предисловие немецкого богослова Осиандера, который писал, что гелиоцентрическая система есть всего лишь остроумная математическая гипотеза. Но даже и в этом стремлении обезопасить идеи Коперника от обвинений в ереси проявились элементы нового подхода к знаниям. Средневековая научная мысль была никак не абсолютно единой и монолитной; споры, диспуты являлись характерной чертой университетской жизни. Но любое предположение должно было быть определено в конечном счете либо как истина, т.е. то, что ведет к спасению, либо как ложь, т.е. то, что ведет к погибели. Здесь же, в предисловии Осиандера, выдвигалось право на гипотезу, т.е. такое предположение, которое должно быть исследовано на соответствие не писанному авторитету, а природной действительности, и признано верным или неверным, независимо от отношения к Спасению. Выдвигалось право на научный поиск.
Церковь — оплот традиционной картины мира — встретила новую систему мироздания весьма сурово, и судьба сторонников этой системы оказалась тяжелой. В 1600 г. в Риме был сожжен на костре по приговору инквизиционного трибунала итальянский мыслитель и поэт Джордано Бруно (1548—1600). Он отстаивал идею бесконечной Вселенной, множественности миров, в каждом из которых есть свои обитатели. Таким образом, оказывалось, и даже более явно, чем у Коперника, последователем и почитателем которого был Бруно, что Земля не есть центр Космоса, что могут существовать другие миры, для которых Грехопадение и Искупление не имеют значения. Такое, разумеется, могло быть воспринято только как ересь, хотя Бруно обосновывал свои взгляды теологическими аргументами. Он считал, что если Бог действительно всемогущ, то Он не мог ограничиться однократным творением только одного мира. Он творит непрерывно, и звезды — это далекие Солнца, вокруг которых обращаются планеты, населенные другими людьми. Джордано Бруно отказался отречься перед судом от своих взглядов и был осужден на смерть. При всей своей новизне такие взгляды были созвучны эпохе. Разве Великие географические открытия не показали, что кроме Старого Света существует Новый? Что в этом Новом Свете обитают люди, которых современники Бруно считали то ли не принадлежащими к роду человеческому, то ли неподвластными первородному греху?