Некоторые колонисты также занимались обращением индейцев в свою веру. Возглавлял их Джон Элиот, который прибыл в Массачусетс в 1631 году и провел там много лет в качестве миссионера. Он начал свою деятельность среди индейцев, живущих на месте современного городка Ньютон. Он даже издал Библию, переведенную на язык индейцев, в 1663 году — первую Библию, напечатанную в Северной Америке.
Элиот и другие миссионеры добились значительных успехов. Целых 4000 индейцев на юге Новой Англии были обращены в христианство. Однако большинство индейцев оставались необращенными, и их все больше тревожило вторжение чужих обычаев. Этому еще больше способствовал тот факт, что пуритане (с обычной грубостью слишком уверенных в своей праведности людей) применяли собственные религиозные законы даже к необращенным индейцам, штрафуя их за несоблюдение воскресенья, чего они не понимали.
Пока был жив Массасойт, сохранялся мир. Он приветствовал пилигримов в Плимуте, куда они прибыли сначала, и прожил еще сорок лет. Он гордо привел двух своих сыновей в Плимут, чтобы им дали английские имена. Жители Плимута, вспомнив о великих воинах древней Македонии — а отчасти в насмешку, — назвали старшего сына Александром, а младшего Филиппом.
Когда в 1661 году Массасойт умер, Александр стал его преемником, и его тут же заставили явиться в Плимут и поклясться в верности в унизительной для него обстановке. Он правил недолго, и его сменил его брат Филипп («король Филипп», как его презрительно звали поселенцы). Филипп, под градом оскорблений, которые вынуждены были терпеть он и его индейцы, задумал отомстить. Он знал, что месть должна наступить быстро, так как в Новой Англии было уже 40 000 белых поселенцев против всего 20 000 индейцев, и число поселенцев увеличивалось с каждым годом.
Филипп постепенно создал лигу индейских племен по всей Новой Англии и 24 июня 1675 года атаковал Суонси, Род-Айленд, и это нападение ознаменовало начало самой кровавой и яростной войны с индейцами на территории колоний.
Она началась, как всегда начинались войны с индейцами, с неожиданных нападений индейцев и с кровавых потерь среди поселенцев. Но, как обычно, у индейцев были свои роковые слабости, и они как никогда ясно проявились в Войне короля Филиппа, как ее назвали.
Во-первых, индейцы не сражались зимой и не выставляли сторожевые посты по ночам. У них самих это было всеобщим правилом и не мешало воевать. Когда поселенцы начали предпринимать неожиданные атаки на рассвете зимой, поражение индейцев стало неминуемым.
Далее, индейцы так и не научились строить хорошо укрепленные позиции, организовывать линии снабжения и создавать продовольственные склады. Они никогда не устраивали долгих осад и не могли выдержать долгую осаду, так как им всегда нужно было ежедневно охотиться, чтобы прокормить себя.
Хотя они научились пользоваться огнестрельным оружием (а индейцы Новой Англии эффективно использовали его в первый раз в Войне короля Филиппа), они так и не создали промышленной базы, поэтому не умели его делать, а всегда зависели от врагов в вопросе пополнения запаса ружей и патронов.
Более того, индейцы никогда не объединялись и не выступали против белых поселенцев единым фронтом, разве что временно и только частично. Всегда находились отдельные люди и племена индейцев, которые сражались на стороне белых, хотя практически никогда не было белых, готовых сражаться на стороне индейцев.
В случае Войны короля Филиппа обращенные в христианство индейцы, так называемые «молящиеся индейцы», могли служить поселенцам в качестве шпионов и проводников.
Первые атаки индейцев в этой войне обрушились на поселенцев, и к концу 1675 года большинство самых западных поселений было уничтожено. Новая Англия не могла никого позвать на помощь. Англия была далекой и равнодушной. Единственная близкая колония, Нью-Йорк (только что возвращенная англичанам голландцами, которые временно ее захватили), была не в том положении, чтобы оказать помощь. Фактически ее губернатор, Эдмунд Андрос, был больше заинтересован в том, чтобы воспользоваться бедствиями Новой Англии, оторвать часть Коннектикута и присоединить его к собственной колонии. (Это ему не удалось.)