Обитателям Новой Англии пришлось сражаться без посторонней помощи. Конфедерация Новой Англии теперь доказала свою пользу, так как разные колонисты объединились в союз. В декабре 1675 года им удалось организовать контрнаступление и нанести удар по укрепленному лагерю индейцев в болотах Род-Айленда.
Тысяча поселенцев, проводниками которых стали «молящиеся индейцы», проникли в болота до самого лагеря, и там, в яростной схватке 19 декабря (Битва на Большом болоте), индейцы были полностью разгромлены. Примерно две трети погибло. Восемьдесят поселенцев также погибло, а те, кто уцелел, понесли серьезный урон во время следующей зимы.
Победа на Род-Айленде стала поворотным моментом, и с того времени поселенцы неумолимо шли к окончательной победе. Старый Роджер Уильям, все еще живой, пытался заключить мир, справедливый для обеих сторон, но страсти слишком уж разыгрались. Это была война не на жизнь, а на смерть.
Наконец, в августе 1676 года, индейцев оттеснили в последнюю крепость. Король Филипп был окружен и убит 12 августа одним из них. Война закончилась, и власть индейцев в Новой Англии была сломлена навсегда.
Однако это дорого обошлось Новой Англии. Из поселенцев, способных держать оружие, погиб каждый семнадцатый. Из девяноста поселений в Новой Англии двенадцать были полностью разрушены, а еще сорок пострадали в различной степени. Прошло почти полвека, прежде чем колонисты восстановили те границы, до которых они дошли до войны.
И после войны закончились попытки обратить индейцев в христианскую веру. На них смотрели как на закоренелых врагов, единственной судьбой для них было изгнание и окончательное уничтожение. (Голова короля Филиппа в течение двадцати лет была выставлена на шесте в Плимуте как напоминание индейцам о том, чем заканчивается сопротивление белому человеку.)
Англия вовсе не пыталась помочь пострадавшей Новой Англии, она усмотрела ухудшение положения в этом районе как удобный случай раздробить ее еще больше. 24 июля 1679 года Нью-Гэмпшир получил хартию и был официально признан отдельной колонией. Массачусетсу, который только что приобрел права на Мэн у наследников Горгеса, удалось удержать эту часть Новой Англии.
Так как каждая только что ставшая отдельной часть Новой Англии стремилась сохранить свое самоуправление, а угроза со стороны индейцев практически исчезла после гибели короля Филиппа, Конфедерация Новой Англии, которая сослужила такую хорошую службу этому району во время войны с королем Филиппом, перестала выполнять свои функции. 5 сентября 1684 года в Хартфорде состоялось последнее собрание Конфедерации.
Но Англии даже этого было мало. Пока в Массачусетсе действовала хартия, полученная в 1630 году, которая давала ему практически полное самоуправление, она представляла собой пуританскую угрозу для родины. Во-первых, Массачусетс не соблюдал Навигационный акт и вел обширную контрабандную торговлю, а так как правительство колонии отказывалось принимать меры, то с этим ничего нельзя было поделать.
Поэтому 23 октября 1684 года Англия просто аннулировала Массачусетскую хартию. Колония превратилась в королевские владения, где все чиновники были подотчетны королю.
Затем, 6 февраля 1685 года, умер Карл И, и его брат, Джеймс Йоркский, стал королем Джеймсом II (что сразу же сделало и Нью-Йорк королевской колонией).
Джеймс II был католиком, первым католическим монархом, правящим в Лондоне, со времен Марии I за век с четвертью до него. Более того, он был ограниченным и бестактным человеком, которого невозможно было заставить понять, что без оглядки настаивать на своем мнении значит провалить дело.
Естественно, отношение Джеймса II к пуританскому Массачусетсу было еще более жестким, чем у его брата. Теперь, когда он сам управлял этим районом по новой системе, не осталось причины делить его на отдельные колонии. Против индейцев можно собрать больше сил, а управление можно облегчить, если вместо нескольких колоний будет одна. Поэтому Джеймс создал Доминион Новой Англии, в который входило шесть колоний: Нью-Гэмпшир, Массачусетс, Коннектикут, Род-Айленд, Нью-Йорк и Нью-Джерси.
Править Доминионом от своего имени Джеймс II выбрал Андроса, который был губернатором Нью-Йорка во время Войны короля Филиппа и тогда не приложил никаких усилий, чтобы помочь Новой Англии. Если различные колонии не одобряли потерю самоуправления, то этот выбор губернатора они не одобряли еще больше.
Идея создать объединенную, крупную колонию была удачной во многих отношениях, и некоторые действия Андроса по современным меркам были правильными. Например, он старался положить конец религиозной нетерпимости в Массачусетсе, настаивал на том, чтобы разрешить другие формы протестантской веры, и основал англиканскую церковь в Бостоне 15 марта 1687 года.