Однако Андрос, как и его коронованный хозяин, был совершенно бестактным. Что бы он ни делал, все встречало мрачное и упорное сопротивление.
Андрос принялся силой принуждать колонии признать его власть официально и заставить их согласиться отказаться от прежних хартий. 12 января 1687 года он заставил это сделать Род-Айленд.
Затем, 31 октября 1687 года, он отправился в Хартфорд требовать от Коннектикута отказаться от старой хартии, которая и так уже была аннулирована. Колонисты Коннектикута, не признавшие этого аннулирования, не захотели отказаться от письменного документа, подтверждающего их права.
В ту ночь возник громкий и сердитый спор, и внезапно погасли свечи. Когда их снова зажгли, хартия, которую Андрос приказал принести на место собрания, исчезла. По легенде, хартию спрятал в дупле большого дуба (впоследствии названного «Дубом хартии») капитан Уильям Уордсуорт, чтобы сохранить там до тех времен, когда ее можно будет достать, и она продолжит служить основным документом правительства Коннектикута.
Несмотря на это, Андрос распустил правительство Коннектикута 1 ноября 1687 года.
Но в 1688 году Джеймса II свергли с трона, и на его место взошли его дочь Мария II и ее муж Вильгельм III (который был также королем Нидерландов).
Новость о падении Джеймса достигла Новой Англии 4 апреля 1688 года, и сразу же началось радостное восстание. Андроса арестовали 18 апреля и выслали назад в Англию (позже он служил губернатором Виргинии и Мэриленда). Колонии, входившие в недолговечный Доминион Новой Англии, вернулись к раздельному существованию через месяц после свержения Андроса.
Массачусетсу дали новую хартию 7 октября 1691 года, и по ней он поглотил колонию Плимут, которая существовала уже семьдесят лет. Тем не менее не все могло быть так же, как прежде. По новой хартии, Массачусетс предоставил свободу вероисповедания всем протестантским сектам.
Времена Кромвеля и Реставрации не были спокойными и для Виргинии.
В 1642 году сэр Уильям Беркли (брат того Беркли, который через двадцать лет получил Нью-Джерси от Карла И) был назначен губернатором Виргинии. Он оказался популярным губернатором. Во-первых, он поощрял колониальную промышленность и посевы других культур, кроме табака, и в целом Виргиния процветала. Потом он так же твердо держался против индейцев, подавив в 1644 году восстание опечанкано.
Гражданская война в Англии еще только начиналась, когда он стал губернатором, и его прочная позиция роялиста соответствовала общим чувствам в колонии и способствовала его популярности. Он порицал пуританство, и когда Карлу I отрубили голову, быстро признал его сына королем Карлом II. Беженцы-роялисты стекались в сочувствующую им Виргинию, и эта колония начала быстро набирать численность населения впервые со времен основания за полвека до того.
Однако так как режим Кромвеля оставался у власти, его давление стало ощутимым. Беркли заставили уйти в отставку в 1652 году, и сторонникам пуритан удалось захватить Виргинию. Они и Мэриленд захватили в 1654 году, выгнали Балтиморов, отменили Акт о веротерпимости и поставили католиков вне закона.
Тем не менее так не могло продолжаться, и после смерти Кромвеля все начало возвращаться в нормальное состояние. В 1659 году Виргиния на целый год опередила Реставрацию, объявила Карла II королем и позвала обратно губернатора Беркли. В 1662 году его власть распространилась и на Мэриленд.
Возвращение роялистов привело к выборам Палаты бюргеров в 1661 году, которая так подчинялась Беркли, что он мог править, почти не советуясь с ней. Собственно говоря, его настолько удовлетворили эти выборы, что он не позволял больше их проводить в течение пятнадцати лет.
Но он старел, и эпоха Кромвеля так настроила его против вмешательства общественности в дела правительства, что он начал ценить невежество. В то время, когда население Виргинии достигло 45 000 (включая 2000 черных рабов), Беркли открыто радовался в 1671 году, что в колонии нет ни школ, ни печатного станка, так как считал и то и другое источниками подрывной деятельности.
Возрастающая авторитарность и раздражительность при контактах с людьми начала подрывать его популярность. Вдобавок возникли экономические трудности. Несмотря на усилия Беркли, Виргиния по-прежнему очень зависела от табака. Когда обильное выращивание табака привело к перепроизводству и когда Навигационный акт и войны между Британией и Нидерландами стали мешать торговле, началась серьезная депрессия.