Общие стратегические положения внешнеполитического курса второй администрации Клинтона стали закладываться еще в первое четырехлетие. В августе 1993 г. по поручению президента в рамках Совета национальной безопасности США была начата работа по выработке новой стратегии страны на период после окончания «холодной войны». После ряда «пробных» выступлений ответственных представителей администрации с изложением отдельных положений этой стратегии в июле 1994 г. был обнародован документ «Стратегия национальной безопасности участия и расширения», положенный в основу предложенного администрацией внешнеполитического курса страны.
После победы Клинтона на выборах 1996 г. эта стратегия приобрела законченную концептуальную и авторизованную самим президентом форму. В своем окончательно сформулированном виде она предусматривала сочетание отправных неоизоляционистских положений с принципом ограниченного (или выборочного) участия США в выработке совместно с другими государствами (прежде всего своими союзниками) решений по спорным международным проблемам, но при обязательном сохранении американского лидерства.
Убедительное выражение эта стратегия нашла в ходе развития начавшегося еще в 1993 г. Боснийского кризиса. Руководимый М. Олбрайт Государственный департамент настоял на необходимости решительного вмешательства США при поддержке других стран Запада в развитие событий на Балканах. Глава американского внешнеполитического ведомства заявила, что «нежелание США возглавить разрешение военного кризиса в сердце Европы поставило бы под угрозу лидерство США в мире после окончания «холодной войны». В марте — июне 1999 г. при активном участии Вашингтона и в обход Совета Безопасности ООН был создан прецедент использования НАТО военной силы, противоречащий не только международному праву, но и документам, лежавшим в основе создания ООН и НАТО. Расхождение позиций руководства ООН и Соединенных Штатов в отношении межплеменных столкновений в Руанде (1994) привело к замене под давлением Государственного департамента США Генерального секретаря ООН Бутроса Гали, отрицательно относившегося к предпочитаемому США военному решению кризисов в Руанде и Боснии. Столь же однозначно была подтверждена госсекретарем решительная позиция США по вопросу о «скорейшем подключении стран Центральной и Восточной Европы к евроатлантическим структурам», т. е. о принятии их в члены НАТО.
В годы второй администрации Клинтона было принято несколько важных внешнеполитических решений, к числу которых относилось восстановление в полном объеме торгово-экономических отношений между США и КНР и возвращение 31 декабря 1999 г. Панамской республике прерогатив управления и контроля над Панамским каналом и всей его зоной. Вместе с тем внешнеполитические результаты, с которыми администрация Клинтона вступила в последний год своего пребывания у власти, несли на себе некий отпечаток промежуточности. Оказалось утраченным или растерянным многое из того, что было достигнуто в предшествующие десятилетия, и даже то, что администрации Клинтона удалось добиться в первое четырехлетие ее пребывания у власти; оставалось нерешенным множество внешнеполитических проблем первостепенного значения как для самих США, так и для всего мирового сообщества. К этому времени проявилась явная неспособность оставшейся в единственном числе мировой сверхдержавы добиться мира на Ближнем Востоке, где с новой силой разгорелся палестино-израильский конфликт и участились вспышки насилия. Заметно охладились российско-американские и американо-китайские отношения, так и не ослабла и даже возросла напряженность на Ближнем Востоке. Продолжалась конфронтация с Ираком: в ответ на отказ Багдада допустить инспекторов ООН на свои оружейные предприятия США и Великобритания в конце 1998 г. в течение четырех дней подвергали бомбардировке с воздуха территорию Ирака. В августе 1998 г. Соединенные Штаты нанесли ракетные удары по Судану и Афганистану в качестве меры возмездия за террористические акции, предпринятые против американских вооруженных сил в Кении и Танзании. Их исполнителями были названы террористы из группировок боевиков, руководимых саудовским миллионером Усамой бен Ладеном.