Услуги Стилихона понадобились скоро. Хотя готы были усмирены и война с ними окончилась, но были другие варварские народы, которые постоянно тревожили римские владения то в том, то в другом месте, и совершенное усмирение которых возможно было только под условием совершенного их истребления. Конечно, этого выполнить было нельзя, если бы даже и захотел Феодосий, при том расслаблении, в каком находилась тогда Империя, и при том потоке варваров, который с всесокрушающей силой устремлялся на неё; но тем не менее Феодосий не мог оставаться равнодушным к их набегам на Империю. Сам лично он не мог предпринять против них экспедиции: потому что, с одной стороны, важные дела призывали его на Запад, а с другой потому, что всё его внимание устремлено было на главных варваров - готов, которые своим поселением в Империи образовали первое германское военное государство. Он надеялся, что готы в следующем же поколении изменят свой характера и сольются с римлянами в одну нацию по духу и образованию, и , без сомнения, для осуществления этой надежды он должен был постоянно находиться внутри Империи или по крайней мере недалеко от пределов её и бдительно наблюдать за ними, предотвращая между ними всякое волнение.
В этом случае, Феодосий имел настоятельную нужду в человеке, искусном в деле борьбы с варварами и преданном ему.
Кто же мог быть таким, кроме Стилихона? Стилихон был в душе солдат; он без сожаления оставлял удовольствия Двора, при котором, как супруг молодой родственницы императора, занимал самое видное место, и улетал на поле брани. Он особенно быть полезен Феодосию в том отношении, что не требовал от него много войска, а обыкновенно, получив от императора весколько взводов римских создат, пополнял этот небольшой отряд целыми когортами варваров, им самим набранных, и находил средства содержать их без особенных издержек для государственной казны [9]; впрочем, главным правилом Стилихона было иметь при себе небольшое войско, но зато из отборных молодцов, преданных ему и готовых идти с ним, куда он ни захочет. Такин образом с немногочисленной армией он расположился по берегам Дуная, где главным образом происходили неустройства, и начал громить нестройные толпы варваров; где ни показывались их дружины, он быстрым натиском или рассеивал их или поставлял в такое положение, что им оставалось или погибнуть или положить оружие. Стилихон стал грозой для варваров и они присмирели [10]. Он пробыл там до 393 года, когда события, потрясшие Запад Империи и заставившие Феодосия принять в них участие, призвали туда и его.
Это было возмущение Арбогаста [11]. Отношения Феодосия к Западу начались вскоре по заключению договора с готами.
В 383 г. британские легионы провозгласили Максима, военного сподвижника и соотечественника Феодосия, императором и немного спустя он утвердился в Галлии. Грациан, император в этой части Империи, был вероломно оставлен всеми, и во время своего бегства в Галлию к своему брату Валентиниану был убит солдатами Максима, посланными за ним в погоню. Феодосий, озабоченный делами на Востоке, согласился на признание Максима в сане императора в Галльской префектуре; но тот не удовольствовался этими владениями и, пользуясь враждой Юстины (она держалась арианизма), правившей Италией и Африкой, вместо малолетного своего сына Валентиниана, с епископом Амвросием и вооружавшей тем против себя православных, вознамерился лишить юного императора принадлежащей ему части, и в 387 году перешел Альпы. Феодосий явился защитником Валентиниана и с войском, составленным из готов, гуннов и алан, двинулся к Аквилее, где была главная квартира Максима. Война кончилась скоро. Максим не был приготовлен к обороне и, когда его приверженцы увидели свою опасность, то почли за лучшее заслужить милость Феодосия и выдали своего императора. Солдаты, мстя за смерть Грациана, умертвили его. Чтобы предотвратить возмущения, Феодосий остался на Западе и управлял им до 391 года, когда он возвратился на Восток, оставив Валентиниану, достигшему теперь совершеннолетия, государство в хорошем устройстве. Вскоре молодой император поссорился со своим министром Арбогастом. Желая освободиться из-под его зависимости, — потому что Арбогаст захватил всю власть в свои руки, — Валентиниан хотел дать ему отставку; но тот, умертвив его, возложил корону на своего прежнего секретаря, ритора Евгения, достигшего, по его милости, чина Magistri officiorum. Феодосий не признал его императором и в 394 году вооружился. Сознавая, однако ж, трудность борьбы, — потому что и Арбогаст делал сильные приготовления, - Феодосий вызвал Стилихона с берегов Дуная и, после надлежащего приготовления, в августе явился лицом к лицу пред мятежником, занявшим с Евгением твердую позицию между Альпами и Адриатическим морем. Ни один писатель не определает степени и рода заслуги Стилихона в происшедшей здесь битве; но, без сомнения, он занимал трудный и важный пост и много содействовал победе Феодосия: потому что Феодосий, соединивший после этой победы Восток с Западом, сделал Стилихона главным конюшим и главнокомандующим конницей и пехотой (Magister utriusque militiae) и, следовательно, возвёл его в самый высший чин [12]. Вскоре Феодосий умер и Стилихон является главным деятелем в Империи.