Рекомендованный III Отделению самим московским генерал-губернатором Тучковым, Шипов явился в январе 1862 года, имея «конфиденциальное письмо» от генерала
Потапова к жандармскому штаб-офицеру по Московской губернии, полковнику Воейкову, которому заявил, что «имеет намерение сблизиться с лицами, занимающимися тайными литографиями и печатанием разных запрещённых сочинений» и в этих видах думает «объясниться с знакомым ему литографщиком и предложить нанять ему отдельную комнату, в которую поставит станок для означенной цели…»
Полковнику Воейкову «прожект» этот не мог не понравиться, но к осуществлению его встретилось препятствие: Шипов спросил «для устройства сего… денег от 30 до 50 р». Полковник, не считая себя в праве "делать такие расходы (доброе старое время!), мог только предложить агенту «сначала хорошенько удостовериться в справедливости начинаемого им дела», после чего обещал дать «на необходимые расходы».
Шипов, вполне убеждённый «в справедливости» своих замыслов, не пожелал ждать и обратился с предложением услуг к местной полиции. Московский обер-полицмейстер, граф Крейц, направил его в распоряжение пристава Городской части Шляхтина, занимавшегося розысками. В то время наблюдениями этого полицейского уже было обнаружено, что "граф Толстой, проживая в Москве, имел постоянные сношения со студентами, и у него весьма часто бывал студент Осфальд, который был впоследствии замешан в деле распространения «Великоруссов». Шляхтин, зная, что «граф Толстой сам много пишет», и полагая, что «может быть, он был редактором этого сочинения», приказал Шилову следить за Толстым даже и в том случае, если он будет проживать в Ясной Поляне, хотя последняя и находилась за пределами ведения столичной администрации.
Шипов был типичным «сотрудником». Его дебют у Войкова и последующие подвиги доказали, что он обладал всеми доблестями, свойственными людям его профессии. Но ему не повезло прямо-таки на редкость: в феврале 1552 года Шипов был командирован в Тульскую губернию, а 1 июня того же года полковник Муратов донёс III Отделению следующее:
"Галицкий почётный гражданин Михайло Иванович Зимин прибыл в город Тулу 17-го минувшего февраля с тамбовским мещанином Гирос, распустил слухи, что он агент правительства и что ему поручены важные секретные дела.
По требованию полиции г. Зимин представил свидетельство, выданное ему приставом московской полиции Городской части г. Шляхтиным от 15 февраля 1862 года за № 101, сроком на два месяца, у г. Гироса был паспорт, выданный ему тамбовской городской управой.
Г. Зимин все время пребывания своего в Туле вёл разгульную, нетрезвую жизнь, посещая гостиницы низшего разряда, и, наконец, дошёл до такой крайности, что заложил часы товарища своего г. Гироса без его позволения, и через этот поступок они поссорились и разошлись.
Между тем Зимин болтливостью своею обнаружил секретное поручение, данное ему будто бы правительством, следить за действиями графа Льва Толстого и за лицами, живущими в с. Ясная Поляна.
Узнав об этом, я пригласил к себе г. Гироса, который подтвердил все относящееся до г. Зимина и прибавил, что г. Зимин обещал ему дать б тысяч рублей серебром, если он откроет что-нибудь о графе Толстом, но во все это время г. Гирос ездил в с. Ясную Поляну только два раза, не открыв ровно ничего. Г. Гирос живёт ещё в Туле, а Зимин выехал в Москву 22 мая, не заявив никому о своём отъезде".
По поводу донесения полковника Муратова управляющий III Отделением написал такую резолюцию: «Хорош агент! Но я удивляюсь, как можно было его выбрать, – это простой сыщик для мелких воришек, которого я знаю лично».
Нетрудно догадаться, что под видом «почётного гражданина» Зимина отличался дворовый человек князя Долгорукова Михайло Шипов.
Предчувствуя грозу, шпион поспешил в Петербург под тем предлогом, что туда выехал и граф Толстой. Не найдя своего наблюдаемого, агент явился в III Отделение «для узнания, не имеют ли они адреса графа». На приёме генерал Потапов осведомил Шилова о донесении тульских властей относительно его похождений и предупредил, что ему будет «нехорошо».
Действительно, когда Шипов вернулся в Москву, его немедленно арестовали и посадили в городскую часть. Тогда, чтобы как-нибудь реабилитироваться, Шипов начал рассказывать о своих «открытиях» по делу Толстого, причём, как в басне, «к былям небылиц без счета прилагал». В показаниях, данных подполковнику Шеншину, чиновнику особых поручений при генерал-губернаторе, Шипов повествует, между прочим: «При графе находится более 20 студентов разных университетов и без всяких видов… На четвёртой неделе прошедшего великого поста привезены были к нему в имение из Москвы камни для литографии, шрифты, краска для печатания каких-то запрещённых книг, но не знаю вследствие каких причин, печатание не состоялось, и все к оному принадлежности отправлены в другое имение, принадлежащее ему в Курской губернии, но потом предположено, чтобы раньше августа месяца работы не начинать… В числе показанных мною учителях находится ещё курьер, должность его состоит в частных поездках по трактам к Харькову и к Москве, также у его сиятельства часто бывают продавцы разного товара из Стародубенских слобод, которые у него иногда ночуют и живут по 1 и по 2 дня. Кроме ж всех сказанных, приёму бывает очень лично даже ближним соседям и знакомым. Также мне известно, что в августе месяце настоящего года предполагается у его сиятельства печатание какого-то манифеста по случаю тысячелетия России, и оный манифест был у них на просмот-рении и отправлен для чего-то за границу, но куда – мне неизвестно… К тому ж в доме его сиятельства из кабинета в канцелярии устроены потайные двери и лестницы, и вообще дом в ночное время всегда оберегается большим караулом… К этому имею присовокупить, что мной от господина подполковника Дмитрия Семёновича Шеншина с 1 февраля по настоящее время получено в разное время на расходы триста пятнадцать руб. серебром, о ста руб. из оных представлен отчёт в феврале месяце. А в остальных тоже обязуюсь дать полный добросовестный отчёт, если же вашему благородию угодно будет отложить до августа месяца вышеупомянутое дело, то обязуюсь содействовать к его наискорейшему открытию. К сему показанию временно обязанный князя Долгорукова дворовый человек Михаил Иванов Шипов руку приложил».
Чтобы развязаться с неприятной историей, московские лекоки решили сплавить «почётного гражданина» Зимина в Петербург. «Препровождаю к вам, почтеннейший Александр Львович, – писал генерал-губернатор Тучков 26 июня 1862 года генералу Потапову, – бывшего секретного агента Михаилу Шилова со всеми показаниями, сделанными им по известному вам делу графа Льва Толстого. Хотя Шипов есть такого рода личность, на которую полагаться совершенно нельзя, но важность показаний его требует особенного внимания».
Несмотря на предупреждение Тучкова и на очевидную вздорность сообщений Шилова, III Отделение, само бывшее о нем весьма нелестного мнения, решило все-таки произвести по его доносам особое расследование. Через неделю, 2 июля, жандармский полковник Дурново получил от князя Долгорукова предписание, которое, помимо дословного изложения шпионских измышлений, гласило: «Находя по настоящим обстоятельствам сведения эти важными и признавая необходимым удостовериться, в какой степени оные справедливы, я предписываю Вашему высокоблагородию отправиться в Тульскую и потом, если окажется нужным, в Курскую губернии и сделать надлежащее дознание по сему предмету».
Полковник Дурново начал исполнение данного ему поручения с производства обысков в Ясной Поляне, которые были сделаны в отсутствие Толстого, с подобающей помпой и продолжались целых два дня. Результат экспедиции не оправдал ожиданий: самый «тщательный и всесторонний» осмотр всего имения обнаружил только… полную лживость донесений Шилова.
Вернувшись в Петербург, полковник Дурново представил шефу рапорт о своей поездке. Он доложил, что в Ясной Поляне проживают только 9 молодых людей, причём «все они имели свидетельство на жительство», ни у кого из них «предосудительного не оказалось». Лишь у студента Фон-Боля, управляющего имением, обнаружили выписку из журнала «Колокол».
В школах также, «кроме общеупотребительных учебных материалов и книг, ничего не найдено». Также «в доме графа-Толстого, устроенном весьма просто, не оказалось ни потайных дверей и лестниц, ни литографских камней и телеграфа». В бумагах Толстого нашлось лишь несколько писем 1856 года от Тургенева (писателя), по которым «можно было судить, что он находился в коротких отношениях с Герценом. Кроме того, при просмотре корреспонденции выяснилось, что в одном из собственноручных писем (от 25 января 1862 года, к Сердобольскому) Толстой жаловался на жившего у него студента Соколова, осуждая его за то, что любит заниматься литографией, слушает бредни Герцена, но делом не занимается».