Несмотря на своё «отвращение» к Чрезвычайной комиссии, в полном противоречии с либеральной фразеологией своих манифестов, «Наказа» и пр., Екатерина такую комиссию создала, и Тайная канцелярия сейчас же возродилась под названием Тайной экспедиции. Никакого специального указа об этом не было, а на основании слов манифеста 19 октября 1762 года, что делами по «первому» и «второму» пунктам должен ведать Сенат, при нём была создана экспедиция, всецело заменившая прежнюю канцелярию. Впрочем, может быть, более правильным будет считать, что начало существования Тайной экспедиции было положено за 17 дней до манифеста 19 октября, так как ещё 2 октября 1762 года на имя генерал-прокурора А.И.Глебова был дан следующий рескрипт: «По делам важным, кои касаются до первых двух пунктов и кои принадлежали до Тайной канцелярии, а вступают из разных мест в Сенат, оные распечатывать и определение чинить по оным с ведома нашего вам общее с тайным советником Н.И.Папиным, и дела кои между тем явятся маловажные, оные сжечь, не делая на всё то сенатских определений».
Одновременно с этим, на основании устного приказа императрицы от 3 октября 1762 года, особая комиссия в составе графа Разумовского, сенатора Вас. Суворова и генерал-поручика Ф.Вадковского начала «секретно, по самой справедливости, ближайшими способами к открытию правды и без розысков» производить следствие по делу Хрущёвых и Гурьевых. Это была чрезвычайная комиссия, действующая негласно: т. е. как раз такая, против которой высказывалась Екатерина II в названной выше записке.
Этими двумя распоряжениями императрицы был определён порядок рассмотрения политических дел, который продержался в течение всего её царствования. Менялись несколько лица, но порядок прохождения и решения этих дел оставался всё тот же.
Первые два года царствования Екатерины II генерал-прокурорскую должность исполнял А.И.Глебов. Он был назначен на эту должность при Петре III 25 декабря 1761 года и уволен с этой должности 3 февраля 1764 года. Своим возвышением он был обязан родственным связям и особен но покровительству графа П.Шувалова, клевретом которого был. «Глебов, – писал о нём князь М.М.Щербатов в своём сочинении „О повреждении нравов в России“, – угодник графу Шувалову, умный по наружности человек, соединяющий в себе все пороки, которые сам он, Пётр Иванович, имел». Щербатов писал, что Шувалов и Глебов присоединили себе людей, которые ни в какой степени не могли претендовать на звание «законодателей и благотворителей своего отечества», сочинили уложение, которое они наполнили «неслыханными жестокостями пыток и наказаний». Императрица Елизавета, уже готовая его подписать, перебирая листы, попала на главу пыток, «ужаснулась тиранству» и велела переделать. «Так чудесным образом избавилась Россия от сего бесчеловечного законодательства». А вот отзыв о Глебове, как о генерале-прокуроре, его позднейшего биографа: "…судебная часть, вверенная его надзору, представляла в себе тогда крайнее расстройство… Императрица неоднократно убеждала словесно и письменно не идти по следам своего предшественника князя Трубецкого… наконец, решилась удалить его от должности генерал-прокурора, назначив на его место князя Вяземского. Доводом для этого послужило дело иркутского следователя П.Крылова, вскрывшего грандиозную картину злоупотреблений и хищений, в которых главное место принадлежало Глебову. Тем не менее потом он был генерал-аншефом и смоленским наместником. И вот в руках такого человека в течение двух лет – последние полтора года, правда, так сказать, под контролем графа Н.И.Панина – было руководство разбором политических дел и вынесение приговоров по ним. Сформирование штата Тайной экспедиции последовало, по-видимому, только 10 декабря 1763 года, когда указом Сенату сенатский секретарь Шешковский был назначен состоять «по некоторым поручениям от нас делам при наших сенаторе тд.с. Панине, генпрокуроре Глебове», с жалованьем 800 рублей в год. «Да при тех же делах, – говорилось в указе, – быть протоколисту Зотову, канцеляристам Зряхову и Волокову и копиисту Казину». С этого времени Степан Иванович Шешковский делается бессменным фактическим главой Тайной экспедиции в течение 30 лет. Известны многочисленные свидетельства современников об истязаниях людей, попавших в руки Шешковского, и его различных приёмах, которыми он добивался «раскаяния» и «сознания» у привлечённых к следствию.
Это был загадочный человек, волей капризного случая поднятый из низов на вершину чиновничьей лестницы. В молодости он много учился, писал стихи, брал уроки живописи и очень недурно набрасывал модные в то время амурные пасторали.(одна из них, «Психея у ручья», хранится в Эрмитаже). Одно время Шешковского даже считали вольнодумцем и при Елизавете Петровне он едва не попал в ссылку.
Июньский переворот сыграл в жизни Степана Ивановича роль кризиса. Платон Зубов, твёрдо ставший у трона, оценил достоинства скромного чиновника, приблизил его к себе, представил императрице, и через несколько лет имя Шешковского в Петербурге произносили шёпотом, с почтением, смешанным со страхом. Приказание «явиться к Шешковскому» повергало в трепет даже людей, занимавших видное положение, украшенных орденами.
Имя Шешковского было окружено непроницаемой дымкой таинственности. Жил он на углу Садовой и Итальянской (где, кстати, спустя сто с лишним лет народовольцы будут делать подкоп для взрыва царской кареты), в небольшом особняке, некогда принадлежавшем Бирону. Люди, которые проходили мимо этого домика, приветливо выглядывавшего из-за палисадничка, переходили на другую сторону и пугливо косились. Никто из побывавших «в гостях» у Степана Ивановича не рассказывал, что ему там пришлось пережить. На расспросы все только отмалчивались, а наиболее откровенные скрежетали зубами и обещали «стереть в порошок» Шешковского. Во всяком случае, Шешковский за свои «старания» имел, очевидно, основание бояться должного возмездия. Он решался обедать только во дворце, когда его приглашали к царскому столу, а дома ел лишь яйца, которые пекли в его присутствии, да просфоры, приносимые ежедневно настоятелем приходской церкви. Очевидно, несмотря на высокий чин и всевозможные награды, ему жилось далеко не сладко…
Майор Бехтерев, которому пришлось посетить Шешковского «по особому приглашению», описал в дневнике его наружность:
«За столом, заваленном грудами бумаг между двух восковых свечей, я разглядел прямо сидевшую против меня добродушную фигуру невысокого, сгорбленного, полного и кротко улыбавшегося старика. Ему было под семьдесят лет. В таком роде я встречал изображения некоторых, прославленных тихим правлением, римских пап. Жирный, в мягких складочках, точно взбитый из сливок, подбородок был тщательно выбрит, серые глаза глядели вяло и сонно; умильные, полные губы, смиренно и ласково сложенные, казалось, готовы были к одним ободряющим привет и ласку словам. Белые, сквозящие жирком руки в покорном ожидании были сложены на животе…»
Этот «добрый старичок» не стеснялся, когда к нему попадал человек, чем-либо провинившийся перед фаворитами государыни или просто не поладивший с ними. Он начинал допрос вкрадчиво, мягко, под видом дружеской беседы, затем в его голосе начинали звучать резкие, стальные нотки, глаза загорались недобрым огнём, белая рука тянулась к серебряному колокольчику, вбегали несколько рослых гайдуков, и здесь же, в кабинете, начиналась расправа…
По приблизительному подсчёту современников, принимавших в расчёт число посетивших таинственный особняк на Садовой, Шешковский за 15 лет своей «работы» высек не менее двух тысяч человек, среди которых были особы генеральского чина и даже дамы, пользовавшиеся почётом в обществе. Старый камердинер Степана Ивановича, переживший своего господина, перед смертью показывал, что не проходило дня, когда в кабинете Шешковского кого-нибудь не истязали.
Избитые, даже генералы, молчали, потому что не хотели сознаваться в своём позоре, но бывали случаи, когда посещение Шешковского влекло за собой суровые последствия. Не раз случалось, что тёмной ночью к «чёрному» крыльцу на Садовой подкатывала фельдъегерская тележка или, если допрос у Шешковского кончался особенно печально для допрашиваемого, простая кибитка, крытая рогожей. С крыльца сводили или сносили, кого указано, и бодрая тройка мчалась к заставе. Верные люди, снабжённые «открытым листом», быстро и без огласки доставляли порученного им человека в какой-нибудь захудалый городишко, где он попадал под опеку привыкшего не рассуждать городничего или гарнизонного начальника. Таким образов Шешковскйй избавлялся от людей, которых нельзя было образумить ни угрозами, ни плёткой.