Показания современников тоже говорят, что телесные наказания в Тайной экспедиций применялись. Потёмкин, встречаясь с Шешковским, спрашивал его, как он «кнуто-бойничает».
В делах Тайной экспедиции имеются прямые указания на применение пытки к подследственным. Так, например, поприказу Екатерины в 1762 году был ей подвергнут «для изыскания истины с пристрастием под батожьём расспрашивай» Пётр Хрущёв, а потом и Семён Гурьев.
На сознание и «раскаяние» людей, попавших в Тайную экспедицию, должна была также оказывать сильное влияние вся та атмосфера, в которой протекала деятельность экспедиции, та репутация, которой она пользовалась у населения.
Всё следствие протекало в обстановке большой таинственности с угрозами и запугиванием, у подсудимого и свидетелей бралась подписка, что они никогда, никому, ни при каких обстоятельствах не будут рассказывать, что слышали и о чём говорили. Ни защитника, ни прокурора, ни судей обвиняемые не видели. По окончании следствия им сообщался приговор, вынесенный генерал-прокурором.
Из многих отзывов о Тайной экспедиции современников, познавших на себе её силу и воздействие, приведу слова В.В.Пассека. Описывая своё освобождение в марте 1801 года, он рассказывал, что встретил в Петербурге двух лиц (А,С.Макарова и Е.Б.Фуиса), «облегчавших, сколько было в силах их, впадавших оклеветанными в ужасную и самую невинность в содрогание приводящую тайную эксибдицию. Сей гидры главы я нашёл уже отсечёнными и превращёнными в прах божеством севера».
Практика Тайной экспедиции очень рано выработала стереотипную норму приговора. Начиная с даты ссылки на высочайшее повеление и указания на лиц, его постановивших (Глебов и Панин, Вяземский и Панин и т. п.), приговор обычно в очень сильных выражениях изображал вину осуждённого, однако в очень общей форме, без указания на конкретные деяния, место, время и обстановку их совершения; в ряде случаев сущность вины того или другого осуждённого и совсем не объявлялась. Так, тот же Пассек был сослан в Казань по обвинению «в признании важных непристойных слов, о коих Её Императорскому Величеству известно».
Не случайно именно Тайная экспедиция и её московская контора возглавили розыск по делам участников пугачёвского восстания, которым они исключительно занимались в течение всего 1774 и большей части 1775 года. Этим же розыском занимались и другие учреждения – губернские канцелярии, главным образом, районов, охваченных движением, и временные секретные комиссии из гвардейских офицеров, названные Оренбургской и Казанской. В состав комиссий наряду с гвардейскими офицерами входили и чиновники Тайной экспедиции. В этих комиссиях на следственные дела составлялись экстракты, которые направлялись в Сенат, где по ним в Тайной экспедиции выносились решения после получения соответствующих указаний от Екатерины, которая принимала самое деятельное участие в розыске. Приговоры Тайной экспедиции приводились в исполнение секретными комиссиями на месте. Все остальные дела участников восстания, не попавшие по тем или иным причинам в сферу деятельности этих секретных комиссий, рассматривались в обычном порядке в Тайной экспедиции.
Первым по времени, судя по протоколам, было дело лейб-гвардии сержанта Петра Бабаева. Он обвинялся в том, что при взятии Сорочинской крепости войсками восставших публично именовал Пугачёва «Величеством Петром Фёдоровичем… целовал у него руку. А после, смотря на него пристально и по разным сходным с покойным государем Петром приметам, признал его точно за истинного Петра, о чём всюду и всем сказывал и уверял».
Комиссия «всячески старалась извлечь из него признание, увещевала его сама и через священника и, наконец, водила в застенок для устрашения пыткою, но ни тем, ни другим до желаемого сведения он не был доведён, а утвердился на своём показании». Трудно сказать, что побудило старого солдата стоять на своём. Возможно, здесь сказалась огромная вера в справедливого «надежду-государя». По приговору Тайной экспедиции, утверждённому Екатериной, Бабаев был наказан кнутом в «четырех местах, в том числе напоследок в Сорочинской крепости, где от него вышесказанное разглашение последовало».
Москва в 1774 году полна была слухами о Пугачёве. В такой напряжённой обстановке Тайная экспедиция, и особенно её московская контора, развернули активную деятельность против всяких проявлений сочувствия к восставшим. К 1774 году относится много дел о привлечении к следствию дворовых, ремесленников и другого люда за распространение слухов. В апреле в розыск был взят крестьянин Панкрат Абакумов, говоривший: «…был он на низу, и что Томского полку целая половина пропала, а оставшаяся половина супротивляется».
Тогда же производился розыск по делу Федора Гориянова, дворового человека отставного поручика Усова. На вопрос целовальника: почему у него, Гориянова, сапоги худы, Гориянов убеждённо отвечал: «Дай Бог здоровья Петру Фёдоровичу, а у него сапоги будут». Во время розыска выяснилось, что и другие дворовые часто говорили между собой о Пугачёве, что он подлинно Пётр III, что у него много войска, что он скоро будет в Москве и «они все будут за него стоять, и если бы они были отданы в солдаты, то они бы все пошли к нему на службу». Повар Ремесленников добавлял, что Пугачёв не только скоро будет в Москве, но что он ещё «белопузых дворян всех перерубит». Дворовых людей били плетьми.
В июне 1774 года Тайную экспедицию поступил донос от отставного прапорщика Зубова на крестьянина Петра Пономарёва, работавшего у него плотником. На вопрос Зубова, почему он в худом кафтане, плотник ответил, что «взять негде, потому что часто с него на казначейские расходы сходится по рублю. Вот уж придёт государь, то что-то им будет», – добавил он. На вопрос, какой государь придёт, Пономарёв отвечал: «Государь наш и новый царь».
Солдаты Нарвского пехотного полка Ларион Казаков и Никита Копнин в мае 1774 года были осуждены Тайной экспедицией к наказанию шпицрутенами «через полк шесть раз», что фактически означало верную смерть, за намерение бежать из полка к Пугачёву.
Солдаты Преображенского полка, расположенного в Петербурге, Ляхов, Мясников и Филиппов были пойманы уже в Новгородской губернии. В Тайной экспедиции они сознались в намерении «идти на службу… к Пугачёву… чая получить от него… награждение». Они были наказаны в экспедиции плетьми и отправлены на каторгу в Таганрог, где должны были употребляться «в тяжких казённых работах».
Оброчный крестьянин Пётр Емельянов, находясь по торговым делам своего помещика в Голубенской станице на Дону, говорил местным крестьянам: «У нас де ныне большая попутка, разве у вас не слышно, что государь Пётр Фёдорович явился в Оренбург и набрал до семисот тысяч. Пишет он, чтобы государыня не дожидалась его, а шла в монастырь. А крестьян он всех хочет от бояр отобрать и иметь их только своим именем». Схваченный за такие разговоры в Воронеже, Емельянов был доставлен в Казанскую секретную комиссию и умер под кнутом.
Те же надежды высказывал и другой крестьянин Ульян Филатов, называя Пугачёва государем и говоря: «Он всех бояр будет казнить, и ежели бы де была его, Филатова, воля, и он бы боярский род перевёл». По розыску стало известно, что подобные разговоры Филатов вёл уже несколько недель. В последнем разговоре он делился: «Слава де Богу, недолго нам за господами жить, потому что ныне идёт к нам Пётр Фёдорович и всех крестьян отпишет на себя, а господ перевешает».
Распространение крестьянской войны на внутренние губернии и успехи повстанцев вызвали панику среди правящих кругов России.
«Мысли о Пугачёве не выходят у всех у нас из головы, – писал Андрей Болотов, – и мы все удостоверены были, что вся… чернь, а особливо все холопство и наши слуги, когда не въявь, так втайне, сердцами своими были злодею сему преданы, и в сердцах своих вообще все бунтовали, и готовы были при малейшей возгоревшейся искре произвести огонь и пламя. Пример бывшего незадолго в Москве страшного мятежу был у нас ещё в свежей памяти, мы не только подобного тому опасались, но и ожидали того ежеминутно… Мы на верность и самих наших слуг не могли никак полагаться, а паче всех их, и не без основания, почитали ещё первыми и злейшими нашими врагами, а особливо, слыша, как поступили они в низовых местах со своими господами, и как всех их либо сами душили, либо предавали в руки и на казнь…»