В 1796 – 1797 годах, после смерти Екатерины, когда, как это часто бывает при переменах царствования, в крестьянстве снова пошли слухи об освобождении от крепостного права и началась полоса восстаний, Тайная экспедиция сыграла крупную роль в их подавлении. Восстания охватили губернии: Белорусскую, Владимирскую, Вологодскую, Воронежскую, Калужскую и многие другие. В течение почти двух лет экспедиция вела розыск по этим делам и заканчивала их вынесением жестоких приговоров, значительную часть которых приводила в исполнение в районах восстаний.
Одновременно с функцией подавления народных движений Тайная экспедиция, как в своей время Тайная канцелярия, ведала политическими преступлениями по «первым двум пунктам» указа 1731 года. Деятельность Тайной экспедиции в этой области началась сразу же после вступления Екатерины на престол.
В сентябре 1762 года в дни коронации новой императрицы, в Тайной экспедиции производился предварительный розыск по крупному политическому процессу – делу гвардейских офицеров, братьев Гурьевых, Петра Хрущёва и коллежского асессора Алексея Хрущёва, замышлявших путём дворцового переворота возвести на престол Ивана Антоновича. К вынесению приговора по этому делу Тайная экспедиция имела слабое отношение. Решение было вынесено Сенатом. Пётр Хрущёв и Семён Гурьев, после лишения чинов и публичного шельмования, бьии сосланы на Камчатку в Болыперецкий острог. В Якутск сослали Ивана и Петра Гурьевых. Алексею Хрущёву было предписано «жить в своих деревнях, не выезжая в столицы». В январе 1764 года императрица пересмотрела решение и предписала Алексея Хрущёва сослать в Тобольск. Из ссылки братья Гурьевы были освобождены только в 1772 году, то есть ровно через 10 лет после их ареста.
Если в 1762 году розыск по этому крупному политическому делу вёлся в Тайной экспедиции лишь частично, то в следующем 1763 году по аналогичному делу солдата Преображенского полка Михаила Кругликова всё розыскное дело от начала до конца велось в Тайной экспедиции. Кругликова обвиняли в распространении слухов о состоявшемся якобы собрании пятисот Преображенских солдат, «которые другую ночь не спят для Ульриха» – отца бывшего императора Ивана Антоновича принца брауншвейг-ского Ульриха-Антона. Во время розыска выяснилось, что слова Кругликова были чистым вымыслом. Несмотря на это, Екатерина встревожилась. В записке к Панину она указывала: «… при наказании оного служивого прикажите хотя Шешковскому, чтобы ещё у него спросили, где оные 500 человек собираются и видел ли Он их или слышал от кого?»
Крутикова приговорили к наказанию батогами и ссылке в сибирский гарнизон.
В 1769 году по доносу «майорши» вдовы Анны Постниковой, было открыто намерение офицеров Преображенского полка Озерова, Жилина, Попова и Афанасьева совершить государственный переворот и возвести на престол Павла Петровича. После предварительного следствия это дело было рассмотрено судом особой комиссии в составе генерал-полицмейстера Чечерина, Елагина, генерал-прокурора Вяземского во главе с Паниным. Обвиняемые были приговорены к лишению всех чинов, дворянства и звания, к ссылке в Нерчинск на вечную работу, на Камчатку и заключению в Дианементскую крепость.
Вся эта группа дел свидетельствует, что во второй половине XVIII века чиновники политического розыска не видели разницы между умыслом, т. е. намерением совершить преступление, и фактом его совершения. Обвиняемые только высказывали намерение, но в действительности решительно ничего не предприняли для организации переворота. Вся их антигосударственная деятельность практически свелась к одному: разговорам на эту тему в узком кругу. Действия участников всех этих «заговоров» не представляли опасности для правительства. Несмотря на это, им было придано большое значение.
Дело в том, что Гурьевы и Хрущёв выражали недовольство порядками, установившимися в гвардии для офицеров. То же самое говорил и Кругликов, имея в виду солдат. Попов жаловался на пренебрежение правительством интересами дворянства, на финансовые трудности, вызванные войной с Турцией, и чрезмерную любовь Екатерины к Орловым. Императрица не могла не считаться с настроениями той самой гвардии, штыками которой она была возведена на престол. Получив власть из рук гвардии, Екатерина была не прочь её обуздать и вытравить из сознания офицеров самую мысль о возможности таких переворотов в будущем.
Таинственный узник
Значительно более опасными для правительства Екатерины были другие заговоры, в частности, заговор поручика Смоленского пехотного полка Мировича, предпринявшего в июле 1764 года попытку освободить Ивана Антоновича и возвести его на престол.
Дед Василия Мировича был приверженцем Мазепы, отец тоже в чём-то замешан. В обвинительном заключении Мирович назван внуком и сыном изменников. Было ему 24 года. Картёжник, мот, постоянный должник. Что называется, без царя в голове. Он всё время добивался возвращения конфискованного отцовского имущества.
У отставного барабанщика из крепости Мирович случайно узнал, что в Шлиссельбурге заточён Иван Антонович. И у него возникает мысль освободить его. Зачем? Да кое-что изменить в России. Что же? На допросе Мирович изложил причины, побудившие его пуститься в такое рискованное предприятие. Их четыре: 1) что «он не имел свободного входа при высочайшем дворе в те комнаты, где Её Императорское Величество присутствовать изволит, и в кои только штаб-офицерского ранга люди допускаются»; 2) что "в те оперы, в которых Её Императорское Величество сама присутствовать изволила, он равномерно допущаем не был; 3) что «в полках штаб-офицеры не такое, какое следует офицерам по своей чести отдают, и что тех, кои из дворян, с теми, кои из разночинцев, сравнивают и ни в чём преимущества первым против последних не отдают»; 4) что «по поданной им Её Императорскому Величеству челобитной о выдаче из отписанных предков его имений, сколько из милости Её Императорского Величества пожаловано будет ему, в резолюции от Её Величества написано было: как по прописанному здесь проситель никакого права не имеет, потому отказать…».
Мирович вошёл в сговор с поручиком Аполлоном Ушаковым. Они порешили таю Мирович постарается быть посланным в караул в Шлиссельбургскую крепость, а Ушаков, надев штаб-офицерский мундир, должен был в крепость приплыть на шлюпке и, представившись Мировичу при всех подполковником Арсеньевым, предъявить указ императрицы: арестовать коменданта крепости, заковать его в кандалы и с таинственным узником везти в Петербург. А там они намеревались, пристав в шлюпке к выборгской стороне, показать Иоанна артиллеристам и прочитать составленный Мировичем манифест о настоящем государе. После присяги новому государю полки должны были захватить Сенат, правительственные учреждения.
Наивные заговорщики и не предполагали, насколько их план наивен. Правда, Ушакову не суждена была публичная казнь. Воистину, кому суждено быть повешенным, тот не утонет. Военная коллегия послала Ушакова с казной к генералу князю МВолконскому, и он по пути утонул в реке.
Мирович продолжал начатое дело один. Он дождался, когда Екатерина уехала в Прибалтику, и явился в крепость как караульный офицер Смоленского полка. Караульные офицеры дежурили неделю, потом сменялись другими.
Мирович попытался в крепости прощупать офицера Власьева. Но тот, почувствовав неладное, сразу известил графа Панина.
«Сего июля 4-го дни, после полудня, вышел я для прогулки в крепости и сошёлся со мною караульный обер-офицер Смоленского пехотного полка и начал мне говорить: „Ежели дозволите мне вам довериться, не погубите меня“. Приметил я из тех разговоров, что клонился он до нашей комиссии».
Ночью от коменданта крепости пришёл посыльный: в крепость нужно было пропустить гребцов. Спустя несколько минут пришёл он опять: следовало пропустить канцеляриста. Потом нужно было гребцов выпустить. Это не то, что необычное, а прямо удивительное оживление насторожило Мировича. Он понял, что Власьев донёс на него.