3 апреля 1952 года Игнатьев направил Сталину обвинительное заключение, копии которого были посланы Маленкову и Берии.
В сопроводительном письме высказывалось предложение о мере наказаниям — расстреле для всех обвиняемых, за исключением Штерн.
Дело было направлено 7 апреля 1952 года в военную коллегию Верховного Суда СССР, где рассматривалось с 8 мая по 18 июля 1952 года под председательством председателя военной коллегии АА Чепцова, без участия представителей государственного обвинения и защиты.
Военная коллегия приговорила Лозовского, Фефера и других — всего 13 человек — к расстрелу, а Штерн — к лишению свободы на 3 с половиной года и к последующей ссылке на 5 лет.
Имеются объяснения Чепцова об обстоятельствах, сопутствовавших вынесению этого приговора. Суть их сводилась к тому, что обвинение невиновных людей и подписание им несправедливого приговора было предопределено заранее вышестоящим руководством. Как утверждал Чепцов в объяснении, направленном 15 августа 1957 года члену Президиума ЦК КПСС Г. К Жукову и — в копии — другим членам Президиума ЦК: Н.С. Хрущеву, Н.А Булганину, М А Суслову, Л.И. Брежневу, КЕ. Ворошилову, Н.М. Швернику и А.И. Микояну, — еще до начала процесса С.Д Игнатьев и его заместитель М. Д Рюмин сообщили ему, что по их докладу на Политбюро ЦК ВКП(б) было принято решение о расстреле всех обвиняемых, кроме Штерн.
В этом и последующих объяснениях в КПК при ЦК КПСС Чепцов указывает, что у состава суда возникали сомнения в полноте и объективности расследования дела, в связи с чем оно подлежало направлению на доследование, но сделано этого не было.
Согласно объяснениям А.А. Чепцова, о необходимости проведения дополнительного расследования он докладывал Генеральному прокурору СССР Г.Г. Сафонову, председателю Верховного Суда СССР А.А. Волину, Председателю Президиума Верховного Совета СССР Н.М. Швернику, секретарю ЦК ВКП(б) П.К. Пономаренко, председателю КПК при ЦК ВКП(б) М.Ф. Шкирятову, однако поддержки у них не получил. Все они рекомендовали ему обратиться по этому вопросу к Маленкову.
Как указывает далее Чепцов, он в присутствии Игнатьева и Рюмина был принят Маленковым и высказал соображения о необходимости направления дела на дополнительное расследование. Однако Маленков ответил: “Этим делом Политбюро ЦК занималось 3 раза, выполняйте решенине ПБ”.
Объяснения Чепцова находят свое подтверждение. Так, 24 июня 1953 года Рюмин, принимавший участие в расследовании дела Лозовского и других, будучи допрошен в качестве обвиняемого, признал:
“Когда суд пытался возвратить это дело на доследование, я настаивал на том, чтобы был вынесен приговор по имеющимся в деле материалам”.
Бывший помощник Рюмина Гришаев на допросе по делу Рюмина показал:
“Со слов Рюмина мне известно, что во время разбирательства дела ЕАК т. Чепцов обращался в инстанцию, где говорил о недостатках и нарушениях, допущенных по делу, однако, как мне говорил Рюмин, т. Чепцов критиковал это дело не за то, что оно вообще сомнительно, а за то, что арестованные не разоблачены и корни преступлений не вскрыты”.
В 1948 — 1952 годах, в связи с так называемым делом Еврейского антифашистского комитета, были арестованы и привлечены к уголовной ответственности по обвинению в шпионаже и антисоветской националистической деятельности многие другие лица еврейской национальности, в том числе партийные и советские работники, ученые, писатели, поэты, журналисты, артисты, служащие государственных учреждений и промышленных предприятий — всего 110 человек.
Из числа репрессированных было приговорено к высшей мере наказания — 10 человек, к 25 годам исправительно-трудовых лагерей — 20, к 20 годам — 2, к 15 годам — 11, к 10 годам — 50, к 8 годам — 2, к 7 годам — 1, к 5 годам — 2, а к 10 годам ссылки — 1, умерло в ходе следствия — 5, прекращены дела после ареста в отношении 5 человек.
В 1955 году была организована дополнительная проверка уголовного дела Лозовского, Фефера и других. В ходе ее изучались документальные материалы, хранящиеся в партийных и государственных архивах, были опрошены многие лица, причастные к событиям тех лет, изучены уголовные дела на бывших следственных работников, производивших расследование данного уголовного дела и осужденных в 1952 — 54 годах за фальсификацию следственных материалов.
В результате дополнительной проверки установлено, что дело по обвинению Лозовского, Фефера и других является сфабрикованным, а признания обвиняемых на следствии получены незаконным путем.