Однако реставрированный шейбанидский Сибирский юрт ничем не напоминал Шейбанидское государство XV в. Теперь это было вассальное Сибирское ханство, входившее в состав Шейбанидской державы, подобно, например, Балхскому ханству. Правитель Сибирского ханства признавал свою зависимость от верховного хана Шейбанидского государства, который в значительной степени контролировал положение в своем новом владении и имел право назначения ханов: например, в 1564 г. на место Кучум-хана был назначен его старший брат Ахмад Гирей-хан, а Кучум-хан стал его соправителем. Однако Сибирские Шейбаниды не стремились к независимости: получение постоянной поддержки с юга было для них жизненно необходимым. Шейбанидское Сибирское ханство без поддержки со стороны Шейбанидского государства в Центральной Азии не смогло бы существовать из-за непрекращающегося сопротивления местной сибирско-татарской знати и угорской родовой аристократии. В борьбе с этой знатью в 1567 г. погиб Ахмад Гирей-хан, которому наследовал Кучум-хан. В конечном итоге Сибирское ханство Шейбанидов наследовало структуру Тайбугидского государства: оно состояло из отдельных фактически независимых владений местной знати номинально подчинившихся хану. Центром государства остался Искер: Чимги-Тура после гибели Шейбанидского государства в начале XVI в. была заброшена и не восстанавливалась.
Население ханства было сравнительно невелико — в 1555 г. в нем насчитывалось 30700 черных людей [Долгих, 1960, с. 28–77] — и расселено на значительной площади. Эффективного административного аппарата создано не было. В источниках засвидетельствовано только две должности, существовавшие в Сибирском юрте: карачи — «думный царев», первое лицо после хана, вероятно, представлявший интересы местной аристократии (на этот пост был назначен правитель Джалаирского улуса на Нижнем Тоболе Кадыр Али-бек), и даруга, отвечавший за сбор дани. Чтобы сохранить хоть какой-то контроль за местными феодалами, строились укрепленные пункты на важных путях и в центрах отдельных улусов. К числу таких крепостей относились укрепления, защищавшие непосредственные подступы к Искеру: Бицик-Тура, Сузге-Тура; Яулу-Тура, ставшая опорным пунктом на пути в Среднюю Азию, Кызыл-Тура — древний центр приишимских татар, заново укрепленный во второй половине XVI в.; ряд безымянных крепостей в Барабе, на р. Туре и др.
Военной опорой Кучум-хана были среднеазиатские наемники: доверять местному войску хан не мог. Их отряды размещались в основных укрепленных пунктах на территории ханства. Кроме того, целям укрепления своей власти, по мнению Кучум-хана, должно было служить присвоение местной знати званий и должностей (мурз и сотников — насколько можно проследить, эти должности не были связаны ни с какими конкретными обязанностями и носили характер почетных званий) — это касалось как татарской, так и угорской, прежде всего, Пелымской аристократии, — а также усиленное внедрение ислама на территории Сибирского ханства.
Изменилась и внешнеполитическая линия сибирских правителей. Во второй половине XVI в. она приобрела ярко выраженную антирусскую направленность. Если в 1557 г. Ахмад Гирей-султан направил миссию в Москву, пытаясь нейтрализовать русское государство в условиях борьбы с Тайбугидами [Небольсин, 1849, с. 35–36], то после победы отношения резко ухудшились. Уже 2 января 1564 г. Иван IV писал об угрозе шейбанидского нападения на пермские земли [Дополнения, 1846, № 117]. Формально Ахмад Гирей и Кучум подтвердили даннические обязательства Йадигар-бека по отношению к Русскому государству, но выполнять они их не собирались: отныне Сибирский юрт был вассалом не Русского, а Шейбанидского государства, а правители его ориентировались на Центральную Азию.
Политика исламизации Сибирского юрта получила решительную поддержку центральных властей Шейбанидского государства, прежде всего самого Абдаллаха II. В 1572 г. им была направлена первая духовная миссия в Сибирь.