Как уже указывалось, Сибирский юрт не представлял собой сколь либо целостного государственного объединения. Непосредственно под властью хана находились только несколько крепостей на стратегически важных путях — Искер, Яулу-Тура, Сузге-Тура, Кызыл-Тура, Тон-Тура и др. Большая часть территории государства находилась во власти угорских племенных объединений, важнейшими из которых были мансийский Пелым и хантыйская Кода.
Пелым во второй половине XVI в. уже находился на грани складывания феодальных отношений и был наиболее тюркизированным из всех племенных объединений угров Зауралья. Триединая территория Пелыма (собственно Пелымское княжество, Кондинское княжество и Таборы) по татарскому образцу делилась на сотни и десятки. Местная мансийская знать, равно как и татарская аристократия Западной Сибири, носила титул мурз [Бахрушин, 1935, с. 34–36], широко были распространены имена тюркского происхождения. Не случайно, что именно пелымский правитель князь Патлик был одним из наиболее последовательных сторонников Кучум-хана и в борьбе против русских. Сходную позицию занимал и кодский князь Алач — сильнейший среди хантыйских правителей этого времени.
Вторжение незначительного по численности казачьего отряда Ермака в первый момент не казалось хану серьезной угрозой для Сибирского юрта: он считал, что вторжение это не может быть продолжительным, т. к. войска Сибирского ханства во главе с Али-султаном б. Кучум-ханом и пелымским князем Патликом перешли Уральский хребет и начали военные действия в Перми. Хан рассчитывал, что Строгановым, владевшим огромным массивом земель в Приуралье и оказавшим огромную поддержку казакам Ермака, придется отозвать казачий отряд на защиту своих владений. Тем не менее, поход продолжался.
Русское правительство потребовало от Строгановых остановить поход: в условиях войны со Швецией, постоянных столкновений с Крымом и ногаями начинать новую войну на восточных границах государства представлялось Ивану IV нецелесообразным. Однако царская «опальная грамота» запоздала: 1 сентября 1582 г. отряд уже покинул владения Строгановых (грамота датирована ноябрем 1582 г.).
Поход отряда Ермака носил молниеносный характер. Во многом судьбу первого этапа войны решил именно фактор стремительности: Ермак наступал на Искер, не задерживался для упрочнения своей власти на пройденных землях. Возможно, что первоначальный план похода предусматривал только разграбление центральных районов Сибирского ханства для того, чтобы на продолжительное время парализовать активность ханства по отношению к пермским землям Русского государства. Кучум-хан передал руководство военными действиями Мухаммад Кули-султану, который рассчитывал использовать преимущества конницы сибирских татар. Несомненная распорядительность и военный талант Мухаммада Кули-султана помогли на какое-то время консолидировать разрозненные вооруженные силы северных татарских и угорских феодалов (южные, прежде всего Кадыр Али-бек карачи джалаир, защищали свои владения, оказавшиеся на пути отряда Ермака). Однако и Мухаммад Кули-султан не смог преодолеть враждебность местной аристократии по отношению к Шейбанидам, что выяснилось при первых же крупных столкновениях казаков с сибирцами: во время ничейного по своему результату Чувашского сражения (в районе Искера в урочище Чувашский мыс) Мухаммад Кули-султан был ранен, что вызвало немедленное бегство хантыйских князей и их отрядов с поля боя. Лишившийся армии Кучум-хан вынужден был покинуть крепость Искер, где не было источников питьевой воды, и 26 октября 1582 г. Искер был занят казаками, захватившими при этом огромные запасы пушнины, хранившиеся в крепости.
Реально владения казаков в конце октября 1582 г. ограничивались только самыми ближними окрестностями Искера. Но уже 30 октября князец Бояр с р. Демьянки прибыл с данью к новому беку Искера — Ермаку (Йармак-бек). Примеру Бояра последовал еще ряд местных угорских князцов.
Положение казаков осложнилось в декабре 1582 г. — после возвращения войска Али-султана из набега на Чердынь. Кучум-хан передал это войско Мухаммад Кули-султану и приказал выбить противника из Искера. Однако сражение под Абалаком 5 декабря 1582 г. принесло новый успех Ермаку: Мухаммад Кули-султан был разбит, после чего последовало признание власти Ермака — искерского бека — татарскими феодалами как района Искера, так и более отдаленных районов — например, Ермака признавали мурзы с р. Тавды Иш Берди и Суклем. На подчинившихся Ермак налагал ясак, чаще всего собольими шкурами.