Москвичи на импровизированном земском соборе избрали царем Василия Шуйского. Василий на кресте поклялся править в согласии с боярами, никого не казнить без суда, не отнимать у родственников осужденных их вотчины, а у купцов — их имущество «крестоцеловальная запись». Патриархом избрали казанского митрополита Гермогена, отличавшегося непримиримостью к иноземцам. Для политики «боярского царя» характерен указ о введении 15-летнего срока сыска беглых крестьян.
Многие приверженцы самозванца бежали в южные уезды ил Речь Посполитую и сразу начали искать новую кандидатуру на роль Дмитрия. Один из таких приверженцев выдал себя за «царя» бывшему холопу Ивану Болотникову, который возвращался через Польшу на Русь из турецкого плена, и поручил ему собрать силы для борьбы с Шуйским. Болотников, прибыв в пограничный город Путивль, где воеводой был другой сторонник самозванца, собрал вокруг себя всех недовольных политикой Василия Шуйского. В своих грамотах Болотников призывал бедных бороться с богатыми. 2 декабря 1606 г. войско Болотникова подошло к селу Коломенскому под Москвой. Однако некоторые дворяне из его войска перешли к Шуйскому. Болотниковцев разбили, они ото шли к Калуге, а затем к Туле.
Осенью 1607 г. войска во главе с Василием Шуйским, нанеся повстанцам ряд поражений, осадили Болотникова в Туле. Была насыпана дамба через реку Упу, что привело к наводнению в Туле и последующей сдаче восставших. Шуйский, ранее обещавший Болотникову пощаду, расправился с ним.
Значительная часть войска Болотникова отступила на юг, где появился новый самозванец неизвестного происхождения Лжедмитрий II. К нему стеклось множество людей. Лжедмитрий II нанес поражение войскам Шуйского и дошел до Москвы, где у села Тушино расположился лагерем, отчего получил прозвище Тушинский вор. Армия самозванца увеличивалась за счет поляков и казаков. В Тушино из Москвы приехало много представителей знатных семей, некоторые умудрялись служить обоим царям («тушинские перелёты»). В Тушине оказалась и Марина Мнишек, признавшая «мужа». Отряды тушинцев грабили села, города. Троице-Сергиева лавра была осаждена отрядом Яна Сапеги. Все это отвратило население от Лжедмитрия II.
Однако и положение Шуйского оставалось тяжелым. Авторитет его падал. Стремясь освободиться от польско-литовских захватчиков, царь заключил договор о помощи со Швецией, которой обещал за это ряд земель. Племянник царя М. В. Скопин-Шуйский во главе русско-шведского войска двинулся к Москве. Против него Лжедмитрий посылал все новые и новые силы, и все они терпели поражение от молодого полководца. Тогда же отряд рязанцев во главе с Прокопием Ляпуновым очистил от тушинцев рязанские города.
Осенью 1609 г. польский король Сигизмунд III открыто вступил в войну с Россией, осадив Смоленск. Многие поляки покинули Тушинского вора, поспешив под Смоленск. Лжедмитрий II бежал в Калугу. Некоторые бояре, находившиеся в Тушине, объявили о своем желании иметь царем сына Сигизмунда Владислава.
С крушением лагеря Тушинского вора Москва в 1610 г. освободилась от осады. В нее торжественно въехал М.В. Скопин-Шуйский, народ приветствовал его как освободителя и наследника бездетного царя Василия. М.В. Скопин-Шуйский готовился выступить против поляков, но внезапно умер. Говорили, что его отравили завистливые братья Василия Шуйскorо, мечтавшие о престоле.
Решающее сражение войска Шуйского с войсками Сигизмунда под предводительством гетмана Жолкевского состоялось у деревни Клушино между Москвой и Можайском. Русская армия была разбита. Наемное шведское войско перешло на сторону поляков. Тогда же перешел в наступление на Москву Лжедмитрий II. В этой обстановке заговорщики свергли царя Василия Шуйского и насильно постригли его в монахи.
Управление перешло к боярскому совету во главе с князем Мстиславским (Семибоярщина). Жолкевский заключил с боярами договор о передаче российского престола Владиславу и с войском вступил в Москву. Большая часть русских городов присягнула Владиславу, кроме тех, кто еще поддерживал самозванца. Но Сигизмунд III решил не сажать на московский трон сына, а завладеть Россией. В декабре 1610 г. был убит своими приближенными Лжедмитрий II, но казаки провозгласили царем сына Марины Мнишек малолетнего Ивана. Смута продолжалась.