Иеромонах Варсонофий занимался благотворительной деятельностью для тюрьмы – Рогожского этапа, служил много лет в тюремной церкви, за что имел шесть благодарностей от митрополита Московского Филарета в 1855–1861 годах. Вскоре по вступлении в должность настоятеля Варсонофий обеспечил поступление в монастырскую казну дополнительных доходов в сумме 2603 рубля и покрыл долги монастыря, появившиеся при его предшественнике иеромонахе Ионе, за что 10 января 1866 года получил особое одобрение5 митрополита Филарета (Дроздова).
Настоятельствовал в Екатерининской пустыни он до лета 1870 года. Внешне дела при нём шли вполне благополучно: в документах отражены хозяйственные и строительные работы, в числе которых возведение келейного корпуса, текущие богослужения и молебны по особым случаям. Немалые хлопоты были связаны с оступившимися священнослужителями и мирянами, традиционно посылаемыми в пустынь на исправление. В 1870 году среди них был угрешский иеродиакон Ефрем6, отбывавший епитимью за нетрезвость с запрещением в служении на один месяц. 8–9 августа 1869 года Екатерининскую пустынь посетил святитель Иннокентий, митрополит Московский. Братия устроила ему торжественную встречу. Во время осмотра обители владыка сделал несколько замечаний по благоустройству, в частности, по застройке промежутка между двумя братскими корпусами. Строитель – иеромонах Варсонофий взялся за дело с присущей ему тщательностью и, кроме того, хотел открыть при монастыре училище для мальчиков…
Вид Екатерининской пустыни. Хромолитография. Конец XIX в.
Казалось, ничто не предвещало беды. Однако, будучи занят хозяйственно – административными делами, о. Варсонофий стал всё меньше внимания уделять вверенной ему пастве, очерствел душой. Его увольнение было связано с трагическим событием: 11 мая 1870 года пропал келейник настоятеля, 16–летний крестьянский юноша Григорий Иванов. О. Варсонофий проявил беспечность, никому не сообщив об этом. Спустя две недели, 25 мая, рясофорный монах Павлин и послушник Николай Ростовцев во время прогулки по берегу пруда увидели в воде утопленника, о чём тут же сообщили настоятелю. Однако о. Варсонофий торопился в Москву по делам и поручил дело казначею о. Арсению. Иеромонах Арсений немедленно сообщил о происшествии и об исчезновении юноши полиции и благочинному общежительных монастырей архимандриту Пимену. Оказалось, что пропавший келейник был убит и брошен в пруд неизвестными лицами. 27 мая судебный пристав прислал это сообщение на имя о. Арсения, поскольку строителя не было в обители несколько дней. Такое поведение настоятеля, противоречащее заповеди о любви к ближнему, возмутило архимандрита Пимена. При его участии 18 июля 1870 года было сделано соответствующее представление: митрополит Иннокентий распорядился об отстранении Варсонофия от должности строителя. Указом МДК от 15 сентября 1870 года он был уволен «ввиду полного равнодушия к печальному и возмутительному событию, произошедшему в пустыни». Указом митрополита от 29 сентября 1870 года о. Варсонофий переведён в Покровский монастырь на больничную вакансию при богадельне7. Это было очень мудрым решением дела, ведь служение больным и страждущим наверняка было душеспасительно для о. Варсонофия. На этой скромной должности он находился до своей кончины в 1874 году.
Совершенно иначе поступал его преемник – строитель – иеромонах, а позднее игумен Арсений8. Архимандрит Пимен любил вести с ним духовные беседы и очень тепло о нём отзывался. 26 ноября 1870 года в пустыни не ночевал пьянствующий иеродиакон Ефрем, присланный на исправление из Николо – Угрешского монастыря. О. Арсений на следующее утро послал работника Ивана Терентьева, который объехал на лошади окрестные сёла и нашёл беглеца. Однако Ефрем в пустынь возвращаться отказался, ещё два дня пьянствовал и пришёл к поздней литургии 29 ноября9. Об этом происшествии о. Арсений в тот же день сообщил архимандриту Пимену как благочинному общежительных монастырей. Это была не первая и не последняя отлучка пьяницы – иеродиакона из монастыря. В архивном деле имеется больше десятка докладных записок о нетрезвом поведении Ефрема10. Намучился с ним игумен Арсений, но всякий раз приказывал разыскивать «невозвращенца» по деревенским трактирам, чтобы не сгинул во грехе.
Деревянная часовня во имя Знамения Креста на Небеси, где был погребён прп. Пимен 1890-е гг.
Особой заботой преподобного Пимена было духовное просвещение. Учреждение в 1866 году Николо – Угрешского народного училища привело к быстрому росту грамотности в окрестных сёлах. Например, в деревне Гремячево в 1869 году, по данным переписи населения11, из 657 человек грамоте были обучены только 5,6 % – 30 мужчин и 7 женщин, а в 1881 году из 642 человек грамотными были уже 19,6 %: 102 мужчины и 24 женщины, а 13 мальчиков и одна девочка учились. Девочкам в округе было учиться тогда негде. Только в 1888 году открылось земское училище в Капотне, куда стали принимать и мальчиков, и девочек. В монастыре была также школа для послушников, в которой преподавал выпускник народного училища иеромонах Филофей12, впоследствии архимандрит.